Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  309  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91581189--91581404
64
3.4
64
94
1
357
46
6
5
41
1.53
91584619--91584686
18
3.8
17
71
21
50
44
2
13
39
1.59
91591492--91591559
18
3.8
18
70
14
59
47
5
14
32
1.69
91598505--91598578
26
2.7
27
70
16
62
35
5
0
59
1.20
91598558--91598606
21
2.2
24
85
10
68
32
0
2
65
1.04
91598687--91598724
2
18.5
2
94
5
67
47
0
2
50
1.15
91598948--91599001
28
2.0
27
81
3
63
55
9
7
27
1.58
91603912--91604017
40
2.6
40
84
1
140
30
16
2
50
1.59
91608181--91608206
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
91608331--91608392
25
2.4
26
84
7
74
32
24
16
27
1.96
91609269--91609341
36
2.0
36
100
0
146
24
27
8
39
1.84
91611945--91611981
2
19.0
2
94
5
67
48
0
0
51
1.00
91612732--91612764
2
17.0
2
93
6
59
48
0
0
51
1.00
91614564--91614614
10
5.1
10
81
9
59
50
9
0
39
1.35
91614575--91614613
21
1.9
20
89
5
60
46
10
0
43
1.37
91615719--91615828
26
4.2
26
88
0
175
33
5
23
37
1.78
91617596--91617882
137
2.1
137
96
0
529
24
18
24
32
1.97
91619378--91620411
528
2.0
528
97
0
1960
48
20
11
19
1.79
91629925--91629963
5
7.8
5
88
0
51
64
23
10
2
1.37
91629925--91629966
10
4.2
10
87
0
57
66
21
9
2
1.32
91629925--91629966
15
2.8
15
85
0
57
66
21
9
2
1.32
91631738--91631797
31
1.9
32
82
3
77
48
40
3
8
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91632900--91632935
3
12.0
3
87
0
54
27
5
0
66
1.13
91645763--91646113
74
4.8
73
80
7
349
27
15
23
34
1.94
91646185--91646348
55
3.0
52
81
5
166
26
14
18
40
1.89
91646005--91646290
126
2.3
123
84
6
362
25
14
23
36
1.93
91646208--91646348
55
2.6
54
87
3
203
27
16
20
35
1.94
91646307--91646524
88
2.5
87
85
5
289
24
16
21
36
1.94
91646479--91646688
56
3.8
54
85
6
278
29
14
19
36
1.91
91646925--91647020
45
2.1
45
96
0
174
22
27
27
22
1.99
91647520--91647580
32
1.9
32
82
0
77
47
40
3
8
1.49
91648699--91648730
12
2.7
12
90
0
55
21
9
0
68
1.17
91655540--91655600
29
2.1
29
96
0
113
47
8
16
27
1.75
91656831--91656928
51
1.9
51
93
4
171
34
6
23
35
1.80
91661024--91661278
40
6.4
40
77
12
226
24
23
27
24
2.00
91661065--91661278
119
1.8
118
84
3
295
23
23
27
24
2.00
91661065--91661278
79
2.7
79
83
3
261
23
23
27
24
2.00
91672067--91672217
43
3.5
44
80
3
164
33
25
14
26
1.94
91677931--91677977
23
2.0
23
100
0
94
31
21
21
25
1.98
91682983--91683145
41
4.1
40
76
14
174
27
27
21
23
1.99
91685049--91685231
79
2.3
81
85
7
241
25
27
22
24
2.00
91685028--91685231
40
5.1
40
83
8
247
25
27
22
24
1.99
91693082--91693264
79
2.3
81
85
7
241
25
27
22
24
2.00
91693061--91693264
40
5.1
40
83
8
247
25
27
22
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91694497--91694531
14
2.6
14
90
4
54
0
14
0
85
0.59
91694496--91694531
10
3.7
10
92
3
56
0
16
0
83
0.65
91694448--91694578
62
2.1
62
81
5
149
16
18
11
54
1.71
91697239--91697496
40
6.5
40
89
2
342
22
23
28
25
1.99
91705627--91705767
40
3.5
41
80
3
153
27
27
21
22
1.99
91721906--91722133
40
5.7
40
88
4
291
24
27
23
24
2.00
91721906--91722130
79
2.8
77
84
9
276
24
28
24
23
2.00
91729994--91730289
40
7.5
40
86
7
324
24
28
23
23
2.00
91730027--91730289
40
6.6
40
90
3
345
25
28
23
22
1.99
91734128--91734153
11
2.4
11
100
0
52
34
19
15
30
1.93
91740793--91740941
39
3.8
39
96
1
264
23
32
20
23
1.98
91745089--91745135
20
2.3
20
83
16
62
34
0
2
63
1.06
91745090--91745135
21
2.3
21
85
14
62
34
0
2
63
1.07
91745174--91745204
13
2.3
14
94
5
55
41
0
6
51
1.27
91745376--91745437
24
2.7
23
80
9
63
29
1
4
64
1.23
91745400--91745445
24
1.9
24
82
8
58
30
2
2
65
1.16
91757781--91758128
74
4.8
71
77
9
339
28
15
22
33
1.95
91757800--91758080
142
1.9
145
84
5
370
28
16
22
31
1.96
91758230--91758420
56
3.5
55
89
2
267
31
16
16
35
1.91
91758384--91758446
26
2.6
25
90
7
94
42
19
3
34
1.67
91758340--91758500
82
2.0
79
90
3
250
35
16
13
34
1.88
91758428--91758567
49
2.7
50
80
10
176
30
15
19
35
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91760080--91760107
10
2.8
10
100
0
56
46
0
0
53
1.00
91760533--91760579
21
2.3
21
85
10
62
34
0
2
63
1.06
91760618--91760648
13
2.3
14
94
5
55
41
0
6
51
1.27
91760902--91760944
21
2.1
20
86
4
59
34
11
4
48
1.60
91762004--91762047
14
3.1
14
90
0
70
29
27
18
25
1.98
91769891--91769960
35
2.0
35
100
0
140
31
14
17
37
1.89
91777069--91777119
14
3.6
15
87
12
81
41
0
0
58
0.98
91777069--91777122
21
2.6
21
86
13
76
42
0
0
57
0.98
91777077--91777122
7
6.6
7
90
9
76
41
0
0
58
0.98
91777072--91777114
5
9.0
5
80
19
56
39
0
0
60
0.97
91778389--91778430
15
2.9
15
96
3
77
35
0
11
52
1.38
91778810--91778896
21
4.0
23
80
10
101
14
20
25
39
1.91
91779346--91779440
18
5.3
18
76
0
91
35
10
14
38
1.81
91779346--91779449
36
2.9
36
83
0
127
35
9
14
40
1.79
91779346--91779453
18
6.1
18
75
1
83
35
10
14
39
1.80
91782384--91782440
18
3.2
18
97
0
105
26
22
17
33
1.96
91792164--91792236
34
2.1
35
84
2
94
38
21
12
27
1.89
91792297--91792386
27
3.4
27
78
1
92
33
16
14
35
1.89
91794211--91794236
10
2.6
10
100
0
52
61
26
0
11
1.30
91794381--91794409
2
14.5
2
100
0
58
51
48
0
0
1.00
91798967--91798999
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
91804535--91804585
21
2.4
21
83
0
66
29
7
19
43
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91806543--91806643
33
3.1
32
74
16
100
46
21
13
17
1.83
91806552--91806693
64
2.2
65
84
3
180
43
23
13
19
1.86
91806552--91806693
32
4.4
32
73
11
110
43
23
13
19
1.86
91810453--91810485
16
2.1
16
100
0
66
30
24
6
39
1.79
91817281--91817323
16
2.8
16
82
3
52
62
13
0
23
1.31
91822290--91822325
3
12.3
3
94
5
65
33
0
0
66
0.92
91822457--91822577
3
40.7
3
76
8
95
33
8
1
57
1.39
91822648--91822710
26
2.8
21
71
26
56
25
12
0
61
1.31
91824735--91824781
20
2.4
20
86
10
62
19
21
12
46
1.82
91826621--91826656
15
2.3
16
95
4
65
86
0
13
0
0.58
91826621--91826656
8
4.5
8
89
10
56
86
0
13
0
0.58
91827774--91827900
66
1.9
66
95
0
227
32
19
12
35
1.90
91827963--91829293
86
15.3
85
79
9
841
35
21
22
20
1.96
91828053--91828473
132
3.2
129
78
10
360
35
22
22
19
1.96
91827951--91829044
218
5.0
218
86
4
1433
35
21
22
20
1.96
91828271--91828515
132
1.9
129
84
4
330
34
22
22
20
1.96
91828578--91828786
44
4.7
43
71
13
165
36
20
21
21
1.95
91828489--91828863
132
2.9
130
83
7
431
35
21
21
21
1.96
91828399--91829299
86
10.4
85
83
7
853
34
21
23
20
1.96
91830781--91830822
3
14.3
3
95
5
77
33
0
0
66
0.92
91830954--91831074
3
40.7
3
76
8
86
33
9
1
56
1.41
91831013--91831045
17
1.9
17
93
0
57
30
3
3
63
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91831145--91831207
26
2.8
21
71
26
56
25
12
0
61
1.31
91837878--91837918
12
3.5
12
90
6
66
7
0
56
36
1.27
91837878--91837914
11
3.3
11
96
3
65
8
0
54
37
1.30
91837879--91837921
17
2.5
17
88
3
59
6
0
53
39
1.28
91837879--91837918
6
6.8
6
85
5
55
7
0
55
37
1.29
91840193--91840254
34
1.9
31
87
9
88
59
0
0
40
0.97
91842130--91842171
17
2.4
18
80
7
52
33
19
9
38
1.84
91842223--91842262
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
91844110--91844214
27
3.9
26
82
7
113
33
20
25
20
1.97
91844604--91844633
8
3.8
8
90
0
51
3
26
26
43
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335