genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  205  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61083286--61084182	98	9.2	96	93	1	1427	30	26	7	36	1.83
61083271--61084182	146	6.2	145	93	2	1436	30	26	6	35	1.83
61085190--61085224	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
61087208--61087246	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
61087208--61087247	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
61095746--61095897	40	3.8	40	81	5	155	23	26	22	26	2.00
61099260--61099332	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
61106541--61106613	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
61108891--61109060	46	3.7	46	78	7	191	30	30	18	20	1.97
61108898--61109070	93	1.9	93	91	0	283	29	30	19	21	1.97
61110780--61110851	25	2.9	25	91	0	108	26	19	23	30	1.98
61110896--61110934	10	3.8	10	93	6	69	30	20	17	30	1.96
61114211--61114342	42	3.1	42	80	8	140	29	28	16	25	1.97
61114224--61114342	44	2.8	43	83	6	143	31	27	16	24	1.97
61114172--61114331	86	1.9	85	81	3	196	28	26	18	26	1.98
61123414--61123465	26	2.0	26	100	0	104	42	11	11	34	1.77
61124348--61124526	86	2.1	86	96	0	331	30	23	14	31	1.94
61124286--61124510	43	5.2	43	84	1	272	28	26	15	28	1.96
61124304--61124544	43	5.6	43	83	2	225	30	25	14	29	1.95
61124489--61124601	56	2.0	56	84	0	145	38	22	10	29	1.87
61128561--61128727	39	4.3	39	91	0	262	29	16	27	26	1.97
61128561--61128760	78	2.6	78	86	0	231	29	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61134993--61135073	34	2.4	34	85	8	112	29	19	20	29	1.97
61142334--61142524	40	4.8	39	81	6	163	24	23	28	24	2.00
61142334--61142524	79	2.4	80	83	7	230	24	23	28	24	2.00
61142386--61142524	40	3.5	39	87	4	174	24	23	28	23	1.99
61150310--61150493	79	2.3	81	83	8	227	24	24	27	23	2.00
61150310--61150493	40	4.7	40	79	8	189	24	24	27	23	2.00
61150310--61150526	79	2.7	79	79	5	190	24	23	27	24	2.00
61155889--61156032	40	3.7	38	79	8	137	24	23	28	23	2.00
61155890--61156072	79	2.3	81	79	5	194	22	24	29	22	1.99
61157875--61157964	29	3.1	29	93	1	146	30	28	13	27	1.94
61160049--61160273	40	5.6	40	85	3	308	22	24	28	24	1.99
61160049--61160273	83	2.8	80	89	4	362	22	24	28	24	1.99
61162408--61162471	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
61162663--61162805	24	6.0	24	91	4	218	26	21	23	28	1.99
61162851--61162920	20	3.5	20	92	1	115	32	20	11	35	1.88
61164135--61164218	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
61164280--61164331	27	1.9	27	88	7	79	36	9	11	42	1.74
61164371--61164469	27	3.7	26	82	5	108	30	9	19	41	1.82
61164336--61164469	54	2.5	54	80	7	139	30	9	20	39	1.84
61164380--61164484	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
61167120--61167183	31	2.1	31	93	0	110	25	21	14	39	1.91
61167375--61167494	24	5.0	24	88	5	172	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61167375--61167494	47	2.5	47	89	5	170	26	21	23	28	1.99
61167539--61167609	20	3.5	20	92	0	115	33	19	11	35	1.88
61168760--61168843	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
61168909--61169066	27	5.8	27	77	8	95	31	8	18	42	1.79
61168995--61169094	27	3.7	27	85	2	121	30	9	20	41	1.83
61169005--61169109	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
61169941--61170098	46	3.4	46	76	14	180	28	29	20	20	1.98
61169978--61170121	46	3.1	45	72	11	130	29	28	20	21	1.98
61172480--61172568	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
61172480--61172559	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
61172491--61172568	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
61175523--61175694	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
61175515--61175690	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
61184818--61185082	40	6.6	40	82	4	327	22	23	27	25	2.00
61184818--61185082	123	2.2	120	83	6	331	22	23	27	25	2.00
61189359--61189431	26	2.7	27	76	4	76	35	23	9	31	1.87
61189413--61189822	27	15.3	27	88	2	576	32	22	21	23	1.98
61190249--61190313	22	3.0	22	76	13	62	20	23	21	35	1.96
61190472--61190573	27	3.8	26	87	5	123	19	23	20	36	1.95
61190710--61190788	31	2.6	32	88	8	119	20	16	13	49	1.79
61190732--61190797	6	10.8	6	73	15	55	21	16	15	46	1.83
61192827--61192903	29	2.7	29	87	2	111	31	28	11	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61193844--61193876	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
61199591--61199633	12	3.6	12	93	0	68	62	0	23	13	1.31
61203440--61203480	14	2.9	14	88	0	55	31	12	21	34	1.91
61209481--61209667	50	3.8	49	80	7	198	26	18	27	28	1.98
61211339--61211380	16	2.7	16	79	17	52	76	2	4	16	1.07
61219617--61219725	43	2.6	42	80	2	128	29	14	26	29	1.95
61221906--61221939	18	1.9	17	88	5	50	29	8	20	41	1.82
61225036--61225283	40	6.2	40	88	2	329	25	21	27	26	1.99
61228665--61228794	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
61236149--61236443	40	7.5	40	88	4	350	23	28	25	23	1.99
61244304--61244596	39	7.5	40	86	5	332	23	28	25	23	2.00
61244304--61244596	79	3.7	78	83	9	337	23	28	25	23	2.00
61253903--61253941	19	2.1	19	100	0	78	35	20	10	33	1.86
61254097--61254318	46	4.8	46	85	7	290	29	29	20	21	1.98
61257668--61258140	48	9.9	48	93	0	793	31	26	6	35	1.81
61266167--61266226	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
61273029--61273253	49	4.5	49	85	2	279	25	17	28	28	1.98
61273022--61273261	99	2.4	100	83	2	295	24	18	28	28	1.98
61276254--61276309	15	3.8	14	85	4	67	8	16	17	57	1.64
61276254--61276311	30	1.9	30	86	6	82	8	17	17	56	1.64
61277983--61278213	50	4.7	48	85	4	275	25	18	27	29	1.98
61277983--61278213	48	4.7	49	86	3	293	25	18	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61298543--61298679	45	3.0	45	85	2	184	21	14	24	38	1.91
61301412--61301527	42	2.8	41	77	7	119	28	14	25	31	1.95
61301614--61301660	20	2.3	20	85	0	67	34	2	29	34	1.70
61302988--61303159	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
61302981--61303156	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
61307180--61307278	28	3.5	28	83	4	101	28	15	25	31	1.95
61310322--61310391	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
61318393--61318462	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
61322588--61322617	10	3.0	10	90	0	51	56	0	0	43	0.99
61328554--61328665	43	2.6	42	81	10	147	28	16	25	30	1.96
61328751--61328789	20	2.0	20	89	0	60	28	2	30	38	1.70
61331840--61331869	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
61336122--61336205	5	15.2	5	70	18	51	4	21	0	73	1.01
61336119--61336202	28	3.0	27	84	8	107	4	21	0	73	1.01
61336127--61336207	17	5.0	18	70	25	56	4	22	0	72	1.03
61337929--61338002	36	2.1	36	94	0	130	33	13	21	31	1.92
61340646--61340748	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
61350548--61350604	30	2.0	28	86	6	78	14	29	3	52	1.58
61351664--61351702	12	3.2	12	88	3	60	23	5	10	61	1.48
61355223--61355292	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61363000--61363069	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61370417--61370443	11	2.5	11	100	0	54	7	7	0	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61372153--61372185	14	2.4	14	90	5	50	18	12	3	66	1.36
61373268--61373350	40	2.1	41	84	4	107	32	20	24	22	1.98
61373560--61373586	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
61373606--61373654	24	2.1	24	88	11	75	26	4	8	61	1.42
61373805--61373844	7	5.7	7	82	11	55	42	40	0	17	1.49
61373806--61373855	21	2.3	21	86	3	64	42	36	0	22	1.54
61373805--61373860	14	3.9	14	83	2	58	44	33	0	21	1.52
61374338--61374733	116	3.4	116	86	2	508	29	12	18	38	1.88
61375519--61375585	32	2.1	33	97	2	127	31	2	31	34	1.73
61378247--61378299	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335