Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  50  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17875393--17875599
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0
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201
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226
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23
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Indices
Period
Size
Copy
Number
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Percent
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Percent
Indels
Score
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C
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0
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17981772--17981878
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2.1
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207
25
16
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17996884--17996932
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1.9
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5.2
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5
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4.4
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0
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23
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2.2
26
77
11
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26
26
11
35
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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133
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1.97
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0
37
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18125551--18125581
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0
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1.22
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21
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4
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18164795--18164823
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
18176127--18176166
21
2.0
20
85
14
55
2
62
2
32
1.22
18176549--18176578
10
3.0
10
95
0
51
0
13
0
86
0.57
18185213--18185277
25
2.5
26
82
5
87
58
15
1
24
1.46
18194466--18194528
21
3.0
21
73
13
58
36
1
1
60
1.16
18195065--18195101
2
18.5
2
88
0
56
0
43
2
54
1.14
18201580--18201656
12
6.4
12
73
11
50
16
1
72
9
1.16
18201529--18201656
60
2.1
60
82
2
150
16
3
69
10
1.30
18201578--18201650
18
4.1
18
77
10
69
17
1
73
6
1.11
18201502--18201650
36
4.1
36
72
14
99
15
4
70
10
1.29
18202915--18202948
16
2.2
16
89
5
52
52
0
0
47
1.00
18203435--18203478
21
2.0
21
87
12
63
36
0
0
63
0.95
18210877--18210925
24
2.0
24
96
0
89
44
8
6
40
1.59
18214089--18214248
51
3.2
50
90
1
239
29
22
15
33
1.94
18216675--18216782
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18225067--18225174
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
18226090--18226257
84
2.0
84
100
0
336
36
17
7
38
1.78
18231862--18232021
51
3.2
50
91
1
248
29
23
15
32
1.95
18245039--18245111
37
2.0
37
83
0
92
56
0
5
38
1.23
18245209--18245268
18
3.4
17
71
13
50
51
0
25
23
1.48
18245343--18245401
29
2.0
30
90
6
93
40
0
38
20
1.53
18245501--18245562
30
2.1
30
84
6
81
45
0
35
19
1.51
18254480--18254520
20
2.0
20
85
0
55
24
2
2
70
1.11
18255278--18255311
2
17.0
2
87
0
50
47
0
5
47
1.26
18264565--18264601
19
1.9
19
88
0
56
21
0
2
75
0.92
18268508--18268537
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
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5
5.8
5
100
0
58
17
0
62
20
1.33
18280229--18280259
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
18281937--18281975
19
2.1
19
100
0
78
38
5
15
41
1.69
18288941--18288968
5
5.6
5
100
0
56
82
17
0
0
0.68
18297041--18297074
18
1.9
18
88
5
52
29
0
5
64
1.17
18298576--18298615
21
1.9
21
100
0
80
20
10
37
32
1.85
18299342--18299406
30
2.2
30
94
0
112
30
3
7
58
1.42
18300763--18300804
11
3.6
11
81
12
57
59
2
0
38
1.10
18305232--18305402
93
1.8
93
94
0
306
28
29
21
20
1.98
18305224--18305404
46
3.9
46
80
9
224
28
29
20
20
1.98
18317430--18317540
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18322298--18322448
53
2.8
53
89
4
214
29
27
16
25
1.97
18329813--18329963
53
2.8
53
89
4
214
29
27
16
25
1.97
18342280--18342315
18
2.0
18
88
0
54
55
38
2
2
1.29
18350290--18350323
18
1.9
18
94
5
61
8
5
5
79
1.05
18350745--18350769
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
18351555--18351605
6
8.5
6
95
0
93
35
15
31
17
1.92
18364047--18364080
17
2.1
17
89
10
54
41
0
0
58
0.98
18364182--18364220
21
1.9
20
89
5
60
61
0
2
35
1.10
18368420--18368460
6
6.5
6
83
10
55
80
4
0
14
0.87
18368480--18368592
9
12.6
9
74
7
86
31
7
14
46
1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335