genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62770564--62770695	40	3.3	39	90	1	174	25	25	22	26	2.00
62787940--62788096	27	5.8	27	76	8	124	36	19	13	31	1.90
62787931--62788095	54	3.1	54	74	5	154	35	20	13	30	1.91
62788050--62788115	27	2.4	27	77	5	71	39	15	16	28	1.89
62788414--62788473	22	2.7	22	78	0	66	21	25	21	31	1.98
62790857--62791057	80	2.5	80	82	3	217	27	22	24	24	2.00
62790857--62791057	40	5.0	39	80	4	197	27	22	24	24	2.00
62792641--62792673	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
62796019--62796122	27	3.9	27	76	8	88	35	19	14	30	1.91
62796115--62796203	27	3.3	27	84	4	99	35	11	15	37	1.84
62796002--62796161	53	3.0	52	78	9	180	35	18	13	32	1.90
62798412--62798568	40	3.9	40	93	0	260	28	29	19	22	1.98
62805713--62805867	39	3.9	40	94	2	260	29	29	18	23	1.98
62805713--62805867	79	2.0	79	92	2	258	29	29	18	23	1.98
62812989--62813144	40	3.9	40	95	0	278	28	29	19	22	1.98
62814031--62814090	27	2.2	27	79	5	68	21	20	26	31	1.98
62815464--62815520	25	2.3	25	93	6	98	36	5	38	19	1.74
62816496--62816652	6	25.8	6	76	16	137	47	13	17	21	1.81
62816525--62816652	55	2.3	55	91	2	204	46	14	17	21	1.83
62816770--62816843	27	2.8	27	74	13	73	37	21	22	17	1.94
62817154--62817236	27	3.1	26	86	5	103	37	20	21	20	1.95
62817429--62817623	27	7.3	27	85	0	239	25	18	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62817628--62818142	27	19.2	27	84	6	647	39	9	23	27	1.86
62820147--62820303	6	25.8	6	75	16	137	47	14	17	20	1.82
62820176--62820303	55	2.3	55	93	2	213	46	14	17	20	1.83
62820207--62820303	49	1.9	52	78	15	80	46	14	19	19	1.84
62820421--62820494	27	2.8	27	74	13	73	37	20	22	18	1.94
62821080--62821267	27	7.0	27	86	0	250	25	20	19	35	1.96
62821280--62821794	27	19.1	27	86	6	656	40	11	22	26	1.87
62823774--62823884	27	4.1	27	86	5	145	17	25	21	36	1.95
62826808--62826884	23	3.3	23	66	25	61	44	23	10	22	1.83
62826806--62826899	48	2.0	48	97	0	179	45	21	10	22	1.82
62830883--62831008	6	20.3	6	66	18	62	47	14	19	19	1.82
62830892--62830977	37	2.3	38	85	2	111	48	12	19	18	1.80
62830942--62831008	25	2.7	25	83	0	89	46	13	20	19	1.83
62831623--62831742	27	4.4	27	86	0	141	25	24	18	31	1.97
62831627--62831764	54	2.6	54	84	1	170	27	21	17	33	1.96
62831652--62831764	27	4.2	27	87	2	138	27	19	17	35	1.94
62831760--62831833	26	2.8	27	75	4	69	33	8	22	35	1.84
62841564--62841748	40	4.6	40	80	2	210	27	22	24	24	2.00
62841564--62841748	80	2.3	81	83	4	232	27	22	24	24	2.00
62846829--62846932	31	3.4	31	75	2	111	21	18	37	23	1.94
62846823--62846962	61	2.3	62	82	5	176	22	15	38	22	1.92
62846924--62846986	31	2.0	31	84	0	81	23	9	38	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62849636--62850045	48	8.6	48	93	1	655	36	6	25	31	1.81
62849636--62850523	96	9.5	96	82	9	948	35	6	26	32	1.81
62849636--62850523	144	6.3	144	84	7	1200	35	6	26	32	1.81
62850015--62850074	29	2.1	29	90	0	93	38	0	23	38	1.55
62849968--62850122	77	2.0	77	93	0	265	34	3	27	34	1.75
62850044--62850523	48	10.0	48	96	0	892	35	6	26	32	1.81
62850568--62850653	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
62851826--62852070	79	3.1	79	93	2	395	24	20	27	27	1.99
62851826--62852070	40	6.2	40	95	1	397	24	20	27	27	1.99
62855501--62856363	48	18.0	48	97	0	1620	34	6	26	32	1.82
62856408--62856493	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
62857668--62857915	40	6.2	40	94	0	397	25	19	27	27	1.99
62861349--62862295	48	20.0	48	94	2	1650	34	6	26	32	1.82
62862339--62862424	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
62871422--62871505	43	2.0	43	85	4	116	27	14	28	29	1.95
62879321--62879510	101	1.9	99	85	2	263	26	17	24	31	1.97
62879321--62879510	50	3.8	50	82	2	220	26	17	24	31	1.97
62886086--62886136	26	1.9	27	92	4	86	27	15	23	33	1.95
62890057--62890107	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
62896508--62896551	21	2.1	21	100	0	88	15	20	9	54	1.68
62897336--62897395	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
62903412--62903499	27	3.2	27	91	1	140	34	22	23	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62904737--62904782	23	1.9	25	86	8	69	63	0	32	4	1.14
62908553--62908604	23	2.3	23	84	15	65	21	7	3	67	1.32
62910769--62910841	35	2.1	35	94	0	128	38	21	5	34	1.77
62911680--62911799	58	2.1	56	82	10	145	40	16	16	25	1.89
62912987--62913153	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
62920989--62921154	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
62920989--62921138	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
62924102--62924184	29	2.9	28	78	7	96	28	15	19	36	1.93
62927698--62927827	43	3.0	43	83	4	147	30	27	16	25	1.97
62935560--62935689	43	3.0	43	74	4	127	31	23	16	29	1.96
62950151--62950189	3	13.0	3	88	0	60	64	5	0	30	1.15
62958135--62958316	38	4.8	38	84	0	238	13	19	30	36	1.90
62958135--62958316	76	2.4	76	88	0	274	13	19	30	36	1.90
62962511--62962862	40	8.8	40	95	0	605	25	29	21	23	1.99
62968855--62969014	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
62968855--62969014	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
62971395--62971457	30	2.1	31	96	3	119	47	12	9	30	1.73
62972139--62972168	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
62974391--62974479	27	3.3	27	83	7	119	41	14	12	31	1.83
62979434--62979944	49	10.6	49	91	3	763	31	8	30	29	1.86
62979434--62979944	145	3.5	144	89	3	769	31	8	30	29	1.86
62982465--62982494	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62984194--62984379	40	4.7	40	86	5	173	25	26	22	25	2.00
62984194--62984378	80	2.3	80	80	9	225	25	26	22	25	2.00
62985087--62985114	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
62995273--62995309	18	2.1	18	89	0	56	37	13	8	40	1.74
62998299--62998362	31	2.0	32	90	3	103	29	18	10	40	1.85
62999276--62999435	27	5.9	27	79	2	160	38	20	15	26	1.91
63006763--63006945	79	2.3	80	83	9	225	24	27	24	24	2.00
63006756--63006945	39	4.8	39	79	7	163	23	27	23	24	2.00
63014731--63014919	39	4.8	39	78	11	174	23	28	23	24	2.00
63014738--63014920	79	2.3	80	84	9	234	24	27	23	24	2.00
63020228--63020398	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
63020220--63020400	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
63026378--63026420	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
63027284--63027453	46	3.7	47	80	12	208	30	27	19	22	1.98
63027289--63027458	92	1.8	93	92	3	290	30	28	20	21	1.98
63030261--63030398	39	3.5	38	80	7	143	22	27	24	25	2.00
63030300--63030451	79	1.9	80	82	6	193	24	27	22	25	2.00
63038963--63039100	40	3.5	40	93	3	217	24	27	23	24	2.00
63046832--63046940	39	2.8	38	86	9	159	22	26	23	26	2.00
63046918--63046962	22	2.0	23	91	8	76	26	24	22	26	2.00
63046878--63047002	61	2.0	63	95	3	227	27	26	22	24	2.00
63046939--63047068	40	3.2	40	98	0	251	26	27	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63046841--63047042	101	2.0	101	93	5	347	26	26	22	24	2.00
63051770--63051813	21	2.1	21	100	0	88	20	9	20	50	1.75
63058372--63058829	47	9.7	47	88	1	607	32	9	29	27	1.89
63058444--63058519	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
63063034--63063277	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
63063246--63063584	123	2.8	123	95	0	588	33	25	11	30	1.90
63063356--63063547	64	3.1	64	59	15	139	34	26	11	27	1.91
63068057--63068135	40	2.0	40	87	0	113	43	11	18	26	1.84
63069249--63069278	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
63075600--63075776	92	1.9	93	83	7	229	30	20	24	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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