genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15315124--15315257	39	3.4	38	72	9	92	28	27	20	23	1.99
15315497--15315535	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
15316841--15316881	5	8.0	5	83	5	55	56	2	0	41	1.13
15319500--15319535	5	7.0	5	93	6	63	38	0	0	61	0.96
15319570--15319630	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
15321092--15321226	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
15325737--15325772	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
15325724--15325764	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
15326262--15326300	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
15326547--15326582	18	1.9	19	88	5	56	44	16	0	38	1.48
15327611--15327651	5	8.0	5	83	5	55	56	2	0	41	1.13
15333242--15333288	13	3.7	13	74	5	51	38	4	2	55	1.31
15333378--15333409	15	2.2	14	94	5	55	31	0	0	68	0.90
15333393--15333450	30	2.0	27	87	12	80	44	0	0	55	0.99
15333394--15333461	28	2.3	30	85	5	95	44	0	1	54	1.09
15340464--15340667	102	2.0	102	98	0	390	39	20	12	27	1.88
15344063--15344109	22	2.1	22	100	0	94	27	17	21	34	1.95
15350503--15350636	44	3.0	44	86	4	182	35	19	14	29	1.92
15362182--15362351	46	3.7	46	74	16	170	21	21	28	28	1.99
15362179--15362349	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
15362579--15362616	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
15364414--15364490	13	5.9	13	85	0	91	33	28	7	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15365335--15365391	24	2.5	23	77	8	71	61	0	1	36	1.07
15369581--15369688	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
15376968--15377075	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
15379674--15379784	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
15380539--15380569	4	8.0	4	92	7	55	0	25	0	74	0.82
15385706--15385743	15	2.5	15	86	4	58	78	0	21	0	0.74
15385708--15385747	19	2.2	18	86	13	55	75	0	25	0	0.81
15387128--15387170	21	2.0	21	100	0	86	32	23	4	39	1.75
15393677--15393757	33	2.3	36	85	6	114	49	8	2	39	1.47
15394976--15395002	13	2.1	13	100	0	54	14	33	14	37	1.88
15404803--15404849	16	2.7	18	80	9	53	34	2	2	61	1.20
15408616--15408662	24	2.0	23	84	12	60	53	2	0	44	1.12
15412609--15412635	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
15417026--15417082	30	1.9	30	82	13	73	45	3	0	50	1.18
15420566--15420615	25	2.1	23	81	7	55	18	6	6	70	1.29
15423016--15423048	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
15423484--15423590	26	4.2	26	90	1	171	33	6	23	36	1.81
15425030--15425105	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
15425209--15425349	27	5.2	27	83	6	180	17	24	23	34	1.95
15425209--15425349	54	2.6	54	92	2	230	17	24	23	34	1.95
15425209--15425367	27	5.9	27	80	11	166	18	25	22	34	1.96
15427464--15427584	47	2.6	47	86	1	163	26	14	27	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15430698--15430881	66	2.9	64	77	9	205	29	17	29	22	1.97
15431174--15431328	28	5.6	27	74	11	136	29	15	29	25	1.96
15431180--15431335	54	2.8	55	85	4	217	30	16	28	25	1.96
15431174--15431353	56	3.2	56	83	4	240	28	17	28	25	1.97
15431258--15431361	28	3.7	28	81	7	113	28	21	26	23	1.99
15433987--15434179	47	4.0	48	79	6	185	24	16	29	30	1.96
15442194--15442219	7	3.7	7	100	0	52	26	42	0	30	1.56
15442905--15442948	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
15449779--15449832	22	2.4	23	79	11	60	50	0	1	48	1.11
15462687--15462715	13	2.2	13	100	0	58	6	27	0	65	1.18
15471198--15471353	53	3.0	53	86	4	192	26	16	26	30	1.96
15482837--15483008	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
15482840--15483006	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
15482936--15483006	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
15484901--15484941	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
15497647--15497752	53	2.0	53	98	0	203	23	32	23	20	1.98
15499695--15499866	93	1.8	93	94	0	308	27	30	20	20	1.98
15499687--15499862	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
15499738--15499881	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
15503914--15503975	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
15505560--15505605	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
15505567--15505611	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15510450--15510620	91	1.9	93	93	2	301	20	20	30	28	1.98
15510455--15510627	46	3.8	46	75	15	187	20	20	30	29	1.97
15514951--15514981	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
15517498--15517595	12	8.2	12	71	8	56	9	8	50	32	1.64
15517480--15517550	36	2.0	36	94	0	124	5	12	49	32	1.64
15517470--15517643	24	7.2	24	77	6	93	7	8	50	33	1.61
15517482--15517610	60	2.2	60	88	0	186	8	10	48	33	1.67
15517542--15517619	36	2.2	36	83	0	93	8	6	50	34	1.60
15517578--15517676	48	2.1	48	88	0	144	10	11	47	31	1.72
15517482--15517643	60	2.7	60	83	3	166	8	9	50	32	1.64
15517578--15517676	24	4.1	24	84	0	117	10	11	47	31	1.72
15517705--15517758	12	4.4	12	81	11	56	12	0	64	22	1.27
15520619--15520702	42	2.0	42	92	0	141	32	28	8	30	1.87
15524973--15525043	30	2.3	32	90	4	110	60	4	1	33	1.25
15526644--15526773	65	2.0	64	93	1	224	34	6	9	50	1.59
15535097--15535129	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
15537016--15537150	39	3.4	39	69	10	96	28	26	20	25	1.99
15537390--15537428	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
15539538--15539648	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
15546794--15546904	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
15548476--15548528	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
15548475--15548530	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15553042--15553077	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
15553029--15553069	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
15553192--15553326	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
15553565--15553603	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
15554921--15554973	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
15554920--15554975	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
15556928--15557009	28	2.9	28	87	0	110	35	10	24	29	1.90
15563072--15563110	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
15563078--15563166	28	3.3	27	72	10	74	48	4	5	41	1.47
15563964--15564011	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
15564374--15564454	23	3.5	23	98	0	153	8	3	40	46	1.52
15564559--15564599	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
15564547--15564586	13	3.2	13	80	19	50	50	0	25	25	1.50
15572127--15572177	4	12.8	4	81	8	59	1	29	0	68	1.00
15576147--15576265	59	2.0	58	85	1	157	43	15	16	23	1.87
15578486--15578510	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
15599102--15599456	176	2.0	178	85	4	484	16	33	18	31	1.93
15610310--15610354	23	1.9	24	81	4	56	20	8	8	62	1.51
15623263--15623413	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
15630198--15630348	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
15634894--15634930	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
15637948--15638114	46	3.6	45	83	6	185	25	19	32	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15637997--15638157	46	3.6	44	85	8	184	23	20	31	24	1.98
15640933--15640969	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
15646819--15646968	53	2.8	52	88	5	210	25	16	28	30	1.97
15649203--15649406	46	4.5	45	82	11	181	23	30	19	25	1.98
15649246--15649454	46	4.6	44	80	11	190	22	31	18	27	1.97
15665843--15665867	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15672848--15672872	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
15673266--15673325	23	2.5	24	91	2	95	36	8	16	38	1.79
15673550--15673601	26	2.0	27	88	11	81	57	0	1	40	1.10
15676967--15676991	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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