genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24578062--24578260	6	32.7	6	73	8	89	24	6	14	55	1.62
24578740--24578785	15	3.1	15	87	0	74	23	6	30	39	1.80
24580437--24580579	40	3.5	40	94	0	232	20	9	22	47	1.79
24581018--24581058	20	2.0	20	95	0	73	12	29	39	19	1.88
24584453--24584576	38	3.3	38	82	2	153	42	22	10	24	1.85
24585549--24585796	41	6.1	40	86	4	121	35	23	22	18	1.96
24585581--24585796	41	5.4	41	90	2	323	34	24	22	18	1.96
24585581--24585796	81	2.7	81	89	2	321	34	24	22	18	1.96
24585968--24586031	33	1.9	33	96	0	119	31	1	23	43	1.63
24586501--24586529	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
24587841--24587897	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
24588267--24588375	21	5.1	21	83	4	119	17	22	23	35	1.95
24588938--24589043	53	2.0	53	100	0	212	37	3	13	45	1.61
24593468--24593514	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
24593782--24593901	43	2.8	42	88	5	186	23	17	35	24	1.96
24593778--24593923	43	3.4	43	84	0	166	23	19	32	25	1.97
24596421--24596458	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24597915--24598048	31	4.1	31	73	12	115	42	1	8	47	1.42
24597898--24598049	69	2.2	69	100	0	304	41	1	8	48	1.42
24597984--24598065	31	2.6	31	84	3	92	45	4	6	43	1.50
24599532--24599562	3	10.3	3	92	0	53	0	29	0	70	0.87
24600241--24600289	4	12.2	4	95	0	89	24	0	24	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24601273--24601300	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24603061--24603596	132	4.1	130	81	6	535	35	18	19	27	1.95
24604765--24604798	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24610021--24610060	20	2.0	20	90	0	62	45	5	2	47	1.38
24611428--24611456	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
24611452--24611517	31	2.2	31	86	8	91	30	6	13	50	1.66
24615786--24615859	36	2.1	36	100	0	148	58	8	2	31	1.41
24621201--24621286	42	2.0	42	84	8	113	41	10	18	29	1.84
24623703--24623742	15	2.5	17	80	19	59	57	0	0	42	0.98
24623739--24623805	11	6.6	10	74	19	59	50	1	1	46	1.19
24623739--24623824	40	2.1	41	85	8	115	45	2	1	51	1.21
24624022--24624061	16	2.5	16	87	0	53	35	25	2	37	1.69
24624492--24624530	21	1.9	20	84	5	51	30	2	10	56	1.46
24624915--24624979	30	2.3	27	84	7	76	52	0	3	44	1.16
24625131--24625178	9	5.6	9	81	18	50	39	0	0	60	0.97
24625341--24625413	31	2.4	31	86	4	94	43	0	5	50	1.25
24626078--24626140	23	2.9	22	75	15	76	15	20	25	38	1.92
24627634--24627673	19	2.1	20	86	9	57	50	0	7	42	1.30
24636906--24636955	9	5.8	8	80	15	55	36	0	0	64	0.94
24636914--24636974	9	6.7	9	76	16	63	36	1	0	62	1.05
24636906--24636964	9	6.4	10	76	23	51	37	0	0	62	0.95
24636930--24636982	19	2.8	18	78	13	54	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637102--24637168	31	2.2	31	86	0	89	47	4	2	44	1.38
24638813--24638867	3	18.0	3	92	3	83	32	3	0	63	1.12
24639150--24639185	15	2.4	15	85	0	54	36	0	8	55	1.30
24645586--24645633	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
24645577--24645647	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
24658249--24658355	53	2.0	53	94	3	189	29	14	17	37	1.90
24658114--24658442	139	2.4	136	85	7	427	26	15	19	37	1.92
24658460--24658496	19	1.9	19	88	0	56	16	8	2	72	1.19
24658314--24658569	92	2.8	91	88	4	351	25	17	20	37	1.93
24658479--24658645	73	2.3	73	89	0	262	26	17	20	35	1.95
24658552--24658733	87	2.1	87	92	0	310	29	18	17	35	1.93
24658626--24658659	14	2.4	14	90	0	50	20	17	2	58	1.51
24658402--24658805	160	2.5	160	89	2	610	26	17	20	34	1.95
24658640--24658838	73	2.7	72	88	3	281	30	16	20	33	1.94
24660751--24660790	3	13.0	3	94	5	71	32	0	0	67	0.91
24661074--24661109	15	2.4	15	85	0	54	36	0	8	55	1.30
24661368--24661413	20	2.3	21	77	11	60	34	4	6	54	1.46
24662544--24662580	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
24663541--24663574	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
24663619--24663675	19	3.2	19	76	16	59	59	1	0	38	1.08
24663867--24663896	5	5.8	5	96	4	51	3	60	36	0	1.14
24663923--24663981	26	2.4	24	83	10	75	66	1	0	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24663964--24663992	12	2.4	12	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24663944--24663995	21	2.5	20	73	14	52	67	1	0	30	1.02
24663976--24664100	44	2.9	42	72	17	105	65	4	0	28	1.18
24664057--24664097	15	2.7	16	82	17	52	70	0	0	29	0.87
24665837--24665898	21	3.0	20	79	9	61	27	0	12	59	1.34
24665837--24665891	22	2.6	21	82	8	58	25	0	14	60	1.35
24666319--24666351	6	5.8	6	89	10	52	18	0	9	72	1.10
24666318--24666351	17	2.1	16	94	5	59	17	0	8	73	1.08
24666319--24666361	11	3.8	11	90	3	59	18	4	6	69	1.29
24666588--24666638	22	2.2	23	80	19	54	58	3	0	37	1.16
24667993--24668196	42	4.8	43	95	3	360	24	20	32	23	1.98
24668271--24668351	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
24668576--24668621	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
24674258--24674510	9	27.6	9	76	8	179	37	1	13	47	1.50
24674234--24674458	114	2.0	114	86	3	319	38	1	12	47	1.50
24674615--24674670	15	3.8	15	78	21	73	53	1	0	44	1.11
24674847--24674914	24	2.8	24	82	8	93	45	5	19	29	1.73
24675594--24675649	18	2.8	20	78	15	71	50	8	10	30	1.68
24675610--24675654	18	2.5	18	96	0	81	51	8	8	31	1.64
24679179--24679452	136	2.0	137	97	0	514	32	24	18	24	1.97
24681232--24681367	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
24681917--24681973	28	2.0	28	96	0	105	40	17	12	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24683513--24683562	18	2.7	18	84	3	64	50	4	2	44	1.32
24683872--24684060	41	4.6	41	87	3	274	29	28	19	23	1.98
24683876--24684060	81	2.3	82	87	2	266	29	28	17	24	1.97
24684033--24684167	42	3.3	41	77	8	132	17	21	24	36	1.95
24685801--24686086	137	2.1	136	94	0	491	31	23	18	26	1.97
24686334--24686386	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
24692048--24692151	41	2.5	42	85	1	129	28	32	12	25	1.92
24692928--24693158	118	2.0	118	92	0	390	22	17	31	28	1.97
24693283--24693324	1	42.0	1	85	0	57	92	0	7	0	0.37
24693283--24693324	13	3.3	13	93	3	68	92	0	7	0	0.37
24695025--24695134	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
24696823--24696874	28	2.0	26	85	11	70	3	19	1	75	1.06
24697562--24697616	15	3.8	14	79	13	58	30	5	3	60	1.37
24697891--24697931	16	2.5	17	88	11	59	34	7	4	53	1.50
24697800--24698012	23	8.7	25	77	14	137	32	4	5	56	1.43
24697825--24698011	99	1.9	99	80	10	222	33	5	5	56	1.45
24697999--24698095	50	1.9	50	82	12	119	32	3	7	56	1.42
24698137--24698184	25	1.9	25	91	0	78	31	8	8	52	1.61
24698126--24698190	25	2.5	25	80	5	76	33	7	6	52	1.55
24708651--24708708	28	2.2	24	76	23	71	10	29	15	44	1.79
24708659--24708714	28	2.0	28	100	0	112	10	28	14	46	1.78
24710474--24710509	14	2.6	14	100	0	72	25	8	5	61	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24710400--24710659	91	2.9	91	83	10	358	27	15	18	38	1.91
24710565--24710594	14	2.1	14	100	0	60	13	13	6	66	1.43
24710516--24711204	164	4.3	164	87	5	987	26	18	21	33	1.96
24710579--24711057	75	6.2	75	74	9	408	26	18	21	33	1.96
24710879--24710908	14	2.1	14	100	0	60	13	13	6	66	1.43
24710804--24710985	89	2.0	89	84	2	231	24	17	19	38	1.93
24710912--24711059	74	2.0	74	87	0	215	27	19	21	31	1.97
24711042--24711071	14	2.1	14	93	0	51	16	10	6	66	1.41
24710729--24711204	163	2.9	164	92	1	758	27	17	21	33	1.96
24710986--24711148	89	1.8	89	85	2	229	28	17	20	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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