genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38112057--38112095	5	7.8	5	88	0	60	0	35	2	61	1.10
38112053--38112099	20	2.3	20	96	0	85	0	31	2	65	1.04
38123034--38123475	130	3.4	128	80	6	475	37	19	16	26	1.92
38124110--38124139	16	1.9	16	93	6	53	70	3	0	26	1.03
38125379--38125576	89	2.2	88	88	0	279	31	17	21	29	1.96
38125415--38125864	89	5.1	89	73	11	325	26	22	20	30	1.98
38125434--38126295	89	9.7	89	69	15	286	28	21	19	30	1.98
38125523--38126295	45	17.3	45	70	16	277	28	21	19	30	1.98
38125500--38126468	268	3.6	266	85	4	1095	27	22	19	30	1.98
38126584--38126707	64	1.9	64	87	6	180	35	18	16	29	1.93
38137620--38138057	130	3.4	127	80	6	472	36	20	16	26	1.93
38148093--38148137	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
38148973--38149025	24	2.3	23	80	6	54	33	5	1	58	1.32
38151045--38151095	26	2.0	26	84	3	68	68	3	0	27	1.07
38151180--38151212	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
38152234--38152279	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
38152241--38152285	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
38152709--38152747	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
38156629--38156734	3	35.7	3	86	5	153	34	2	0	62	1.10
38156701--38156981	144	1.9	145	88	5	426	30	3	5	60	1.37
38159667--38159949	18	15.3	18	69	14	128	37	15	12	35	1.85
38159765--38159810	19	2.6	17	82	6	56	43	8	10	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38159746--38159883	54	2.6	54	78	10	156	38	13	12	35	1.83
38160113--38160137	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
38160117--38160410	45	6.3	45	83	6	354	40	20	18	20	1.92
38160270--38160378	54	2.0	54	92	0	182	39	21	17	22	1.92
38160225--38160410	99	1.9	99	94	0	327	39	22	18	19	1.93
38160806--38160852	5	9.2	5	90	4	67	38	23	0	38	1.55
38160985--38161044	29	2.0	30	81	9	70	30	8	1	60	1.36
38162441--38162485	18	2.5	18	96	0	81	0	28	4	66	1.11
38162506--38162538	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
38162663--38162711	15	3.2	14	80	11	53	48	2	0	48	1.12
38178994--38179131	40	3.5	39	77	8	154	25	23	27	23	2.00
38178994--38179145	78	1.9	79	81	5	182	25	23	26	25	2.00
38181103--38181271	77	2.2	77	88	1	250	27	18	18	34	1.95
38181287--38181587	79	3.9	77	90	3	462	27	16	21	33	1.95
38183292--38183750	3	152.7	3	74	15	287	30	2	3	62	1.27
38183718--38184147	143	3.1	139	85	9	583	29	4	5	60	1.39
38183867--38184147	131	2.1	131	90	2	427	29	4	6	59	1.41
38184386--38184414	12	2.4	12	100	0	58	68	0	0	31	0.89
38184343--38184403	26	2.4	25	84	7	79	65	1	0	32	1.02
38184343--38184429	21	4.0	20	73	22	61	67	2	0	29	1.03
38184479--38184520	15	2.7	16	82	14	52	71	0	0	28	0.86
38192517--38192559	18	2.2	20	84	8	54	44	9	0	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38193949--38193976	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
38214505--38214563	29	2.0	29	90	6	93	50	5	1	42	1.34
38218043--38218094	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
38219134--38219177	20	2.3	19	84	7	61	59	2	9	29	1.41
38220794--38220829	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
38220917--38221023	54	2.0	53	94	1	187	36	21	1	40	1.64
38220979--38221042	32	2.0	32	93	0	110	34	21	3	40	1.69
38231649--38231716	35	2.0	35	83	11	88	57	2	1	38	1.23
38232673--38232706	17	2.0	17	94	0	59	38	23	0	38	1.55
38234217--38234242	12	2.2	12	100	0	52	84	0	15	0	0.62
38235615--38235654	19	2.0	20	85	4	55	57	0	5	37	1.21
38235742--38235782	17	2.4	17	79	0	55	65	0	2	31	1.05
38235975--38236028	25	2.2	25	82	0	63	22	12	24	40	1.89
38245548--38245598	26	2.0	26	88	0	75	33	17	17	31	1.94
38248707--38248790	27	3.2	26	79	5	96	32	15	16	35	1.90
38252668--38252696	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
38253921--38254028	26	4.2	26	90	0	171	33	7	22	37	1.82
38261208--38261353	41	3.6	41	82	1	195	28	28	22	20	1.99
38268411--38268560	41	3.7	41	84	1	212	28	27	23	21	1.99
38272977--38273012	14	2.5	15	86	4	56	19	13	8	58	1.61
38281337--38281370	14	2.3	15	85	5	52	55	8	14	20	1.65
38283539--38283589	24	2.1	24	82	7	59	60	17	5	15	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38284136--38284201	33	2.0	33	93	0	114	13	13	22	50	1.77
38284885--38284968	4	20.5	4	71	9	62	20	8	3	67	1.32
38285086--38285116	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
38285415--38285472	21	2.8	22	80	15	70	22	6	3	67	1.30
38285406--38285485	39	2.1	38	81	6	90	22	5	6	66	1.34
38287791--38287836	22	2.1	22	100	0	92	56	4	17	21	1.58
38288380--38288416	13	2.6	15	83	12	51	75	0	21	2	0.92
38292825--38292879	27	2.0	27	100	0	110	40	16	21	21	1.91
38295468--38295518	15	3.4	15	73	15	52	21	0	5	72	1.05
38295464--38295526	21	2.8	23	86	13	87	23	0	4	71	1.05
38295463--38295523	30	2.1	29	84	9	79	24	0	4	70	1.07
38296239--38296285	8	6.6	7	80	20	53	72	2	0	25	0.96
38296237--38296283	22	2.2	22	88	7	71	72	2	0	25	0.96
38304312--38304357	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
38304319--38304363	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
38309275--38309310	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
38311146--38311196	22	2.3	21	77	12	50	64	3	1	29	1.22
38311312--38311383	21	3.3	21	79	14	67	50	2	11	36	1.53
38312891--38312969	41	2.0	39	82	9	97	10	3	48	37	1.55
38313873--38313916	23	1.9	23	86	9	63	56	11	13	18	1.66
38315375--38315408	17	2.0	17	88	0	50	38	5	8	47	1.59
38320113--38320210	48	2.0	48	100	0	196	11	16	14	58	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38321149--38321173	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
38321169--38321304	26	5.2	26	91	1	211	35	4	22	37	1.75
38325279--38325384	53	2.0	53	98	0	203	41	16	11	31	1.83
38326015--38326078	21	3.0	21	75	4	67	43	15	23	17	1.87
38326165--38326212	24	2.0	24	91	0	78	18	27	10	43	1.82
38326272--38326364	45	2.1	45	89	4	143	44	16	1	38	1.55
38332642--38332822	27	6.7	27	88	1	256	30	25	6	37	1.82
38332629--38332826	81	2.5	80	90	2	301	30	24	6	37	1.81
38332830--38332983	27	5.7	27	81	3	105	38	22	11	27	1.89
38332859--38333007	81	1.8	81	85	5	212	40	22	9	28	1.85
38332859--38333007	27	5.5	26	83	6	156	40	22	9	28	1.85
38332883--38333062	54	3.4	54	81	3	177	42	19	8	30	1.80
38332910--38333068	27	5.9	27	75	10	92	40	18	9	31	1.82
38333109--38333182	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
38333122--38333186	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
38333992--38334061	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
38333992--38334085	25	3.8	25	85	5	111	28	24	23	23	1.99
38334280--38334424	31	4.7	31	93	1	231	28	15	24	30	1.96
38338949--38339105	27	5.8	27	84	3	208	29	24	7	38	1.83
38338944--38339105	54	3.0	54	88	1	236	29	23	8	38	1.83
38339118--38339262	27	5.4	27	85	4	114	39	22	10	28	1.86
38339118--38339259	54	2.6	54	83	4	144	40	21	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38339137--38339286	81	1.9	81	85	5	214	41	21	8	28	1.82
38339137--38339370	27	8.6	27	78	6	161	40	20	8	30	1.83
38339391--38339464	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
38339404--38339468	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
38340277--38340346	25	2.8	25	86	4	97	27	22	22	27	1.99
38340287--38340359	25	3.0	25	77	16	73	27	23	23	26	2.00
38343822--38343851	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
38344203--38344241	12	3.2	12	85	0	51	35	10	46	7	1.67
38347465--38347574	55	2.0	55	96	0	202	24	15	17	42	1.88
38347515--38347910	125	3.2	125	80	3	456	23	15	15	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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