Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  51  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18368480--18368592
18
6.3
18
83
4
129
31
7
14
46
1.73
18384535--18384560
13
2.0
13
100
0
52
0
7
0
92
0.39
18386413--18386452
22
1.9
21
85
10
55
27
10
5
57
1.52
18395105--18395202
50
1.9
53
81
6
121
39
3
3
54
1.32
18395102--18395182
24
3.3
24
69
15
58
38
3
2
55
1.31
18395201--18395237
19
1.9
19
88
0
56
24
5
0
70
1.08
18395509--18395643
42
3.1
44
84
7
186
46
12
11
28
1.77
18398757--18398956
100
2.0
100
99
0
391
51
16
14
18
1.77
18407430--18407472
22
2.0
22
100
0
86
27
9
13
48
1.73
18415421--18415589
46
3.7
46
76
15
179
19
20
30
29
1.97
18417593--18417643
3
17.3
3
95
4
95
31
0
0
68
0.90
18418391--18418448
22
2.8
21
82
14
68
24
1
18
55
1.52
18419111--18419158
20
2.5
20
89
3
71
37
0
6
56
1.25
18419148--18419192
3
15.7
3
78
17
51
28
2
0
68
1.01
18419148--18419186
11
3.5
11
92
0
69
28
2
0
69
1.02
18423917--18424054
54
2.6
54
95
0
249
26
17
24
31
1.97
18424092--18424410
46
7.0
46
87
2
419
40
14
23
21
1.90
18435230--18435290
30
2.0
30
100
0
122
49
16
6
27
1.70
18438781--18438814
14
2.3
15
90
5
52
61
0
8
29
1.26
18439445--18439471
6
4.5
6
100
0
54
14
0
0
85
0.61
18441119--18441166
20
2.3
20
76
13
53
27
20
10
41
1.85
18450849--18450878
8
3.8
8
100
0
60
63
0
10
26
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18459750--18459776
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
18467373--18467411
2
19.0
2
89
5
60
48
2
2
46
1.29
18474085--18474118
13
2.5
14
85
4
52
70
0
0
29
0.87
18474183--18474230
23
2.1
23
82
17
57
66
4
2
27
1.21
18474254--18474291
19
2.0
19
89
0
58
73
2
13
10
1.19
18474528--18474585
28
2.1
28
90
6
93
50
3
0
46
1.18
18482876--18482910
12
2.9
12
91
0
61
11
37
0
51
1.38
18488881--18488931
23
2.2
22
80
16
59
25
5
3
64
1.33
18490483--18490523
3
13.7
3
100
0
82
68
0
0
31
0.90
18491630--18491684
21
2.6
21
85
0
74
30
30
7
30
1.85
18496623--18496794
43
4.1
41
80
12
190
28
15
23
32
1.95
18496626--18496790
86
1.9
83
84
9
217
27
15
24
32
1.96
18497670--18497712
16
2.7
16
96
0
77
34
13
0
51
1.42
18499381--18499513
46
2.8
46
85
5
171
32
26
21
20
1.97
18500142--18500195
20
2.6
21
82
11
67
35
0
7
57
1.27
18500181--18500222
8
5.5
8
78
21
54
26
0
0
73
0.83
18500181--18500229
3
17.3
3
80
19
61
28
0
0
71
0.86
18500185--18500223
11
3.5
11
100
0
78
28
0
0
71
0.86
18500181--18500222
19
2.2
19
91
8
68
26
0
0
73
0.83
18502280--18502730
46
9.8
46
91
1
665
40
14
23
21
1.90
18502280--18502730
137
3.3
137
92
0
715
40
14
23
21
1.90
18502291--18502753
183
2.5
182
88
3
592
40
14
23
21
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18508493--18508548
28
2.0
28
96
0
103
23
3
12
60
1.47
18508686--18508843
43
3.7
43
79
5
151
24
17
24
32
1.97
18509552--18509812
130
2.0
130
98
0
504
31
18
12
37
1.89
18510740--18510903
47
3.5
47
73
14
185
29
31
18
20
1.96
18510735--18510961
93
2.4
93
94
0
391
30
29
18
20
1.97
18510788--18510952
46
3.6
45
75
14
174
31
28
18
21
1.97
18515078--18515112
12
2.9
12
100
0
70
40
8
17
34
1.80
18517475--18517501
13
2.1
13
100
0
54
48
0
0
51
1.00
18518315--18518373
28
2.1
28
100
0
118
40
0
20
38
1.53
18520717--18520889
38
4.5
38
79
8
172
22
23
24
29
1.99
18522073--18522120
3
16.0
3
100
0
96
66
0
0
33
0.92
18526668--18526845
75
2.4
76
81
2
234
21
24
24
28
1.99
18528369--18528598
43
5.4
43
91
1
345
37
23
19
20
1.94
18537696--18537778
7
11.6
7
80
3
94
40
37
3
18
1.68
18537695--18537778
21
3.9
21
85
3
105
40
36
3
19
1.69
18538933--18539047
57
2.0
57
96
0
212
33
22
17
26
1.96
18539013--18539153
73
1.9
72
84
4
185
31
18
17
32
1.94
18542021--18542143
61
2.0
62
87
6
180
37
4
3
55
1.35
18543919--18544035
62
2.0
60
84
6
157
35
25
9
29
1.88
18544998--18545084
46
1.9
45
86
6
122
42
1
1
55
1.15
18548844--18548871
6
4.7
6
100
0
56
0
17
50
32
1.47
18549696--18549746
25
2.0
25
92
0
84
66
7
5
19
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18553746--18553875
69
1.9
69
98
0
251
39
15
17
27
1.90
18559314--18559343
15
2.0
15
93
0
51
56
0
0
43
0.99
18562435--18562460
13
2.0
13
100
0
52
30
7
23
38
1.83
18563287--18563311
11
2.3
11
100
0
50
84
0
0
16
0.63
18572292--18572344
25
2.2
25
86
3
72
52
3
1
41
1.30
18572340--18572403
31
2.1
30
82
11
76
53
4
1
40
1.31
18582278--18582332
15
3.7
15
76
11
51
47
1
5
45
1.36
18588826--18588858
6
5.5
6
100
0
66
15
30
0
54
1.41
18589767--18589800
17
2.0
17
88
11
52
70
0
20
8
1.13
18606225--18606310
18
4.7
18
80
1
91
40
12
9
37
1.76
18606225--18606313
36
2.4
37
81
1
117
39
13
10
37
1.78
18606478--18606587
45
2.4
45
83
0
139
42
19
17
20
1.89
18606565--18606593
12
2.4
12
100
0
58
37
17
27
17
1.92
18607337--18607389
15
3.5
15
80
17
65
5
16
1
75
1.08
18607499--18607561
31
2.0
32
84
9
85
47
4
0
47
1.23
18610225--18610293
21
3.4
21
71
15
72
36
1
7
55
1.37
18610280--18610310
15
2.1
14
94
5
53
35
3
6
54
1.42
18610689--18610719
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
18618212--18618399
49
3.8
49
82
2
241
28
25
18
27
1.98
18618217--18618397
100
1.8
100
95
0
326
28
25
19
26
1.99
18625169--18625254
18
4.7
18
80
7
93
41
13
8
36
1.75
18625135--18625254
36
3.3
37
77
9
113
41
15
8
35
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18625434--18625543
45
2.4
45
83
0
139
41
18
18
21
1.90
18625521--18625549
12
2.4
12
100
0
58
37
17
27
17
1.92
18626359--18626392
2
17.5
2
93
6
61
50
0
0
50
1.00
18626469--18626531
31
2.0
32
84
9
85
47
4
0
47
1.23
18627698--18627887
96
2.0
96
86
2
265
37
15
34
12
1.85
18629402--18629443
11
3.8
11
81
9
50
33
0
23
42
1.55
18629861--18629913
21
2.3
23
75
21
58
43
0
3
52
1.19
18630027--18630072
3
15.7
3
82
13
60
36
0
2
60
1.09
18630026--18630070
16
3.2
13
80
20
54
37
0
2
60
1.09
18630027--18630072
19
2.6
17
83
12
58
36
0
2
60
1.09
18640974--18641060
42
2.1
42
100
0
174
37
29
11
20
1.88
18644226--18644388
51
3.2
51
87
3
247
39
9
20
30
1.84
18657108--18657147
21
2.0
19
85
9
53
40
0
17
42
1.49
18657340--18657364
12
2.1
12
100
0
50
16
24
20
40
1.91
18657666--18657772
54
2.0
54
81
7
128
35
13
14
37
1.84
18657581--18657876
36
8.0
36
70
12
181
35
11
15
37
1.84
18657581--18657876
18
16.1
18
70
9
105
35
11
15
37
1.84
18658991--18659073
21
3.9
21
80
3
76
38
26
20
14
1.91
18658989--18659063
21
3.5
22
81
9
91
40
26
20
13
1.89
18660752--18660783
5
6.4
5
100
0
64
59
0
0
40
0.97
18660805--18660841
8
4.6
8
100
0
74
62
0
0
37
0.96
18665842--18665927
6
13.0
6
69
26
50
24
2
0
73
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18665833--18665931
20
4.9
21
65
20
50
25
2
0
72
0.95
18665830--18665931
34
3.0
34
100
0
204
26
2
0
70
1.01
18665835--18665917
8
9.7
9
72
22
56
26
2
0
71
0.99
18665843--18665931
14
5.9
14
69
16
54
23
2
0
74
0.93
18674943--18675007
33
2.0
33
100
0
130
24
15
13
46
1.82
18684735--18684766
7
4.6
7
100
0
64
25
0
0
75
0.81
18684741--18684800
25
2.4
24
81
13
68
21
0
1
76
0.87
18686954--18686982
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
18688771--18688817
3
15.7
3
95
0
85
63
0
0
36
0.94
18690754--18690787
17
1.9
18
94
5
61
44
0
8
47
1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335