Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  219  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65658965--65659002
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18
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0
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21
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3.6
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2.1
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21
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20
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6.0
24
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5
177
29
20
20
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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65772063--65772118
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10
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176
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2.0
309
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2.5
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30
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2.5
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4
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2.0
43
100
0
176
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15
13
48
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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25
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19
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24
1.99
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139
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25
1.99
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84
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19
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13
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65928291--65928321
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0
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3
3
41
1.39
65936628--65936691
20
3.1
21
84
8
78
56
6
0
37
1.25
65936633--65936728
42
2.2
44
83
7
117
55
4
2
38
1.31
65937517--65937559
22
2.0
23
90
9
72
32
0
4
62
1.15
65945067--65945123
19
3.0
20
84
5
64
70
1
7
21
1.20
65945199--65945242
15
2.7
16
82
10
54
54
0
9
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1.32
65945200--65945242
18
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55
0
9
34
1.32
65945538--65945598
2
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2
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15
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54
4
0
40
1.22
65945531--65945598
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5.8
13
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5
0
39
1.25
65945531--65945586
20
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20
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0
37
1.27
65945538--65945639
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1.31
65945575--65945668
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50
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1.40
65946392--65946416
13
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13
100
0
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1.24
65946405--65946448
22
2.0
23
91
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29
0
4
65
1.12
65946398--65946448
22
2.2
23
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13
70
29
1
3
64
1.22
65946411--65946448
11
3.5
11
82
10
51
34
0
2
63
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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13
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0
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0
30
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10
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0
1
39
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10
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10
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15
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41
2
1
55
1.19
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10
4.6
10
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10
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2
0
52
1.13
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19
2.5
19
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2
0
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1.12
65952179--65952318
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19
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1
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1.28
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26
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1.31
65952157--65952333
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2.1
82
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295
48
1
3
46
1.28
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2.0
14
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0
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0
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2.4
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0
7
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1.22
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2.0
43
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1.64
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2.7
18
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17
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42
15
13
28
1.85
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20
2.0
20
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10
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43
2
2
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2.0
26
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1
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1.16
65972815--65972904
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5.2
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17
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3
2
32
1.24
65972803--65972906
8
11.6
9
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20
58
64
2
1
30
1.19
65973283--65973316
17
2.0
17
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0
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2
0
23
0.97
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6
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6
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12
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1
15
5
1.05
65978246--65978297
17
3.0
17
80
8
61
76
1
15
5
1.05
65978249--65978293
24
1.9
23
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4
63
75
2
15
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1.11
65978233--65978297
30
2.2
30
86
8
89
73
1
16
7
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
65982956--65983154
9
20.4
9
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31
3
3
62
1.27
65983045--65983105
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2.2
29
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72
31
0
1
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1.01
65983066--65983146
29
2.9
28
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10
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30
0
2
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2.0
18
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0
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0
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0
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0
0
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18
1.76
65992943--65993242
156
1.9
156
85
3
415
43
18
15
22
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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