genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  271  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82096372--82096547	46	3.8	46	78	12	198	30	27	20	21	1.98
82096423--82096566	46	3.1	46	72	22	131	29	26	20	23	1.99
82104811--82104847	16	2.3	16	85	0	56	24	29	18	27	1.98
82105411--82105436	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
82105461--82105511	14	3.8	13	80	14	50	31	1	13	52	1.51
82105460--82105509	13	3.6	14	76	15	50	30	4	14	52	1.59
82107610--82107668	27	2.2	27	81	3	66	45	0	16	37	1.48
82108917--82108951	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
82112988--82113105	50	2.4	49	84	8	143	23	22	21	32	1.98
82113011--82113105	50	1.9	50	93	0	163	23	23	21	32	1.98
82115918--82116068	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
82115955--82116084	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
82117594--82117864	47	5.8	44	74	17	194	26	19	31	22	1.98
82117599--82117864	140	1.9	141	84	6	362	27	19	31	22	1.98
82129931--82129990	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
82130761--82130869	54	2.0	54	90	0	173	22	23	18	34	1.96
82130753--82130869	27	4.3	27	84	2	137	23	23	18	35	1.96
82132162--82132333	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
82132159--82132328	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
82132558--82132595	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
82137080--82137179	27	3.8	26	83	9	112	25	16	21	38	1.93
82145164--82145206	13	3.3	13	93	0	77	20	9	13	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82147426--82147620	39	5.1	39	80	5	202	28	26	20	25	1.99
82151858--82152006	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82151899--82152006	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82159933--82160081	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82159974--82160081	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82161908--82162132	40	5.6	40	90	3	346	28	28	20	22	1.99
82169900--82170124	40	5.6	40	90	3	346	26	26	22	24	2.00
82179092--82179150	12	5.1	12	81	4	68	16	23	0	59	1.37
82179250--82179291	14	2.9	15	79	10	52	0	19	4	76	0.96
82180183--82180212	11	2.7	11	89	0	51	13	3	6	76	1.11
82186720--82186805	16	5.4	16	91	0	127	37	5	25	31	1.80
82186787--82186880	47	2.1	44	82	9	109	35	5	23	36	1.78
82186961--82187011	26	2.0	25	88	3	75	45	0	3	50	1.20
82188379--82188436	28	2.1	28	100	0	116	50	20	6	22	1.72
82190330--82190354	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
82190743--82190780	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
82190757--82190781	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
82190806--82190846	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
82190809--82190848	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
82190875--82190908	9	3.8	9	88	0	50	23	8	26	41	1.83
82190875--82190925	18	2.8	18	78	0	57	23	7	23	45	1.79
82191676--82191738	27	2.3	26	81	10	65	49	7	3	39	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82195719--82195785	29	2.3	29	79	5	82	64	0	8	26	1.23
82195822--82195887	9	6.5	11	75	18	54	68	0	0	31	0.90
82196337--82196378	15	2.7	16	75	17	52	30	2	0	66	1.04
82199215--82199255	21	2.0	21	85	0	55	26	36	12	24	1.91
82201505--82201553	9	5.7	9	83	9	66	55	4	0	40	1.19
82201504--82201545	8	5.1	8	85	5	57	54	2	0	42	1.13
82201505--82201553	17	2.9	17	96	0	89	55	4	0	40	1.19
82205192--82205238	9	5.3	9	84	5	51	46	2	2	48	1.25
82205229--82205261	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
82206082--82206117	13	2.7	13	91	4	54	41	27	11	19	1.85
82206784--82206833	25	2.0	24	84	3	64	36	0	10	54	1.34
82227749--82227815	21	3.2	20	76	19	73	40	2	4	52	1.37
82227736--82227806	21	3.4	21	73	24	69	38	2	2	56	1.29
82234937--82234972	12	2.9	12	87	4	54	86	0	0	13	0.58
82235928--82236099	60	2.9	58	80	2	200	23	16	11	47	1.80
82242622--82242671	23	2.1	24	96	3	93	44	4	18	34	1.68
82242733--82242801	5	13.8	5	100	0	138	20	0	20	59	1.38
82243245--82243313	22	3.1	22	85	4	95	17	18	17	46	1.85
82243395--82243465	31	2.3	31	82	2	90	49	1	18	30	1.56
82249963--82250019	27	2.1	27	100	0	114	42	10	17	29	1.83
82251016--82251065	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
82251082--82251111	13	2.4	12	94	5	51	46	13	0	40	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82262292--82262343	21	2.6	19	81	9	59	36	3	11	48	1.58
82263643--82263691	16	3.0	16	84	3	62	38	0	4	57	1.18
82263700--82263741	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
82265404--82265598	68	2.8	67	91	3	275	32	15	29	22	1.95
82265438--82265635	68	2.9	67	85	8	201	33	15	29	21	1.94
82267597--82267688	44	2.1	44	87	4	132	21	21	23	32	1.98
82268492--82268566	38	2.0	38	100	0	150	45	12	13	29	1.79
82270598--82270644	8	5.3	9	89	7	62	44	8	0	46	1.33
82270598--82270636	2	18.0	2	85	15	51	46	7	0	46	1.31
82270672--82270708	15	2.5	16	83	16	53	45	2	0	51	1.15
82274234--82274348	57	2.0	57	96	0	212	32	13	20	33	1.92
82276748--82276778	16	2.0	15	93	6	53	35	0	0	64	0.94
82276836--82276979	5	30.0	5	69	20	67	34	2	1	62	1.16
82276801--82276915	52	2.1	54	83	10	139	31	1	3	63	1.21
82276850--82276954	34	3.6	29	71	21	76	34	1	1	61	1.18
82276838--82276991	20	7.5	22	68	18	91	33	3	1	61	1.20
82276800--82276962	10	15.8	10	68	22	81	31	1	3	63	1.20
82276840--82276973	37	3.8	34	75	16	105	33	2	1	62	1.16
82276931--82276984	18	2.9	18	78	10	56	31	3	0	64	1.11
82277119--82277163	19	2.3	20	81	14	58	40	6	0	53	1.27
82282999--82283024	6	4.3	6	100	0	52	15	0	50	34	1.45
82288784--82288830	23	2.0	23	95	0	85	25	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82288859--82288919	21	2.9	21	80	4	61	57	11	11	19	1.64
82294419--82294469	22	2.3	22	79	0	57	31	21	25	21	1.98
82297254--82297374	50	2.4	50	95	0	215	29	27	17	25	1.97
82300215--82300408	96	2.0	96	87	0	280	35	18	33	12	1.89
82303343--82303416	15	4.9	15	78	3	69	58	16	12	13	1.64
82310970--82310994	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
82311338--82311392	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
82311556--82311756	40	5.0	40	94	0	348	26	30	23	19	1.98
82319037--82319372	50	6.9	50	72	12	250	29	25	18	27	1.98
82319094--82319177	26	3.3	26	65	15	66	29	22	17	29	1.97
82319127--82319308	90	2.0	90	96	0	337	26	21	21	29	1.99
82319239--82319368	52	2.6	50	82	2	152	33	28	13	23	1.93
82323634--82323816	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
82331056--82331238	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
82334984--82335151	40	4.2	40	79	8	171	25	21	26	26	1.99
82339234--82339309	37	2.1	37	100	0	152	25	21	31	22	1.98
82342745--82342912	40	4.2	41	80	5	184	25	22	27	25	2.00
82342745--82342912	80	2.1	80	83	5	207	25	22	27	25	2.00
82351144--82351190	21	2.3	21	88	3	69	57	14	6	21	1.60
82354207--82354271	25	2.6	25	75	18	71	30	20	16	32	1.95
82354424--82354479	30	1.9	28	86	13	78	42	7	19	30	1.78
82357281--82357321	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82361261--82361443	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
82369358--82369540	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
82371324--82371389	33	2.0	34	82	11	84	24	22	22	30	1.99
82371638--82371696	26	2.3	27	76	8	68	35	16	20	27	1.94
82374813--82374860	25	1.9	25	95	0	87	43	8	10	37	1.69
82380577--82380638	23	2.6	24	97	2	117	35	27	16	20	1.94
82388433--82388495	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
82397797--82397835	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
82400810--82400894	28	3.1	28	85	9	113	22	22	21	34	1.97
82409148--82409354	53	3.8	54	77	1	209	19	22	18	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335