genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51283913--51284042	40	3.2	40	83	4	174	23	29	25	21	1.99
51289452--51289554	44	2.4	43	77	4	109	33	19	20	26	1.96
51312408--51312449	22	1.9	22	85	0	57	28	21	23	26	1.99
51312842--51313106	27	9.9	27	75	11	163	31	9	20	39	1.83
51312842--51313106	54	4.9	54	79	7	220	31	9	20	39	1.83
51315083--51315162	42	1.9	42	84	5	108	30	25	17	27	1.97
51319086--51319146	28	2.1	29	93	3	106	31	13	26	29	1.93
51321433--51321466	18	1.9	17	94	5	59	44	11	20	23	1.84
51321800--51321954	27	6.0	27	76	11	146	42	21	14	21	1.88
51321885--51321923	19	2.1	19	85	0	51	46	10	17	25	1.80
51321858--51321950	46	2.0	46	89	0	141	45	17	13	23	1.84
51322597--51322629	15	2.2	15	89	10	50	63	3	27	6	1.32
51329226--51329294	28	2.5	27	80	2	84	33	31	8	26	1.87
51329293--51329340	2	24.0	2	95	0	87	47	50	2	0	1.12
51333372--51333614	42	5.7	41	74	9	175	29	26	16	27	1.97
51333586--51333725	37	3.8	37	82	6	162	25	30	17	27	1.97
51336273--51336342	28	2.5	29	84	6	92	30	31	14	24	1.94
51340692--51340720	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
51341886--51342030	42	3.4	43	75	10	136	33	26	15	24	1.95
51343552--51343616	31	2.1	32	91	5	107	29	26	15	29	1.96
51343863--51343932	25	2.8	25	95	0	131	25	24	25	24	2.00
51349952--51350013	27	2.3	27	82	0	70	32	11	20	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51352909--51353013	44	2.4	44	84	6	135	32	24	19	23	1.97
51360157--51360412	40	6.5	39	73	14	161	23	23	28	24	2.00
51360198--51360379	79	2.3	80	87	4	262	23	23	28	24	1.99
51360198--51360412	79	2.7	79	82	5	256	23	24	28	23	2.00
51375896--51375956	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
51378754--51378823	27	2.5	28	90	2	106	30	30	14	25	1.95
51383458--51383518	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
51388129--51388217	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
51388129--51388208	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
51388140--51388217	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
51392179--51392252	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
51392120--51392252	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
51394227--51394398	93	1.8	93	91	2	283	27	29	20	22	1.99
51394221--51394394	46	3.8	46	80	11	196	29	27	20	22	1.99
51398225--51398449	49	4.5	49	81	3	252	30	26	16	25	1.97
51398211--51398456	100	2.5	99	81	2	287	29	27	17	25	1.97
51398703--51398756	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
51401149--51401223	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
51408977--51409051	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
51417493--51417621	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
51417501--51417640	46	3.0	46	76	12	126	29	29	21	20	1.98
51420995--51421252	27	9.6	27	88	1	356	29	23	8	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51420975--51421265	54	5.4	54	85	2	237	30	23	7	37	1.83
51421042--51421296	81	3.1	81	84	1	224	29	24	8	38	1.84
51422573--51422616	20	2.2	20	100	0	88	36	11	18	34	1.86
51422668--51422773	24	4.4	24	84	5	142	30	21	22	25	1.99
51422978--51423072	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
51425907--51426162	133	1.9	135	88	3	392	29	23	8	39	1.83
51425907--51426163	27	9.6	27	89	2	358	29	23	8	39	1.83
51425955--51426207	81	3.1	81	84	2	233	29	23	8	38	1.84
51427492--51427535	20	2.2	20	100	0	88	36	11	18	34	1.86
51427588--51427713	23	5.4	23	87	4	164	30	22	22	25	1.99
51427919--51428013	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
51433764--51433936	93	1.9	93	96	0	319	27	28	21	21	1.99
51433757--51433932	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
51436892--51437131	49	4.8	49	80	3	264	30	28	17	22	1.97
51436900--51437131	100	2.3	99	85	2	304	30	28	17	23	1.97
51444234--51444264	15	2.0	16	93	6	55	19	0	22	58	1.40
51445567--51445620	27	2.0	27	85	7	74	27	12	18	40	1.87
51451329--51451444	43	2.7	43	81	10	130	35	25	14	24	1.94
51453112--51453156	22	2.0	22	100	0	90	31	4	33	31	1.78
51453486--51453524	20	2.0	20	85	10	53	64	12	0	23	1.28
51461661--51461884	46	4.8	47	71	9	147	21	29	20	28	1.98
51464498--51464669	46	3.8	45	76	14	183	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51472006--51472181	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
51472003--51472174	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
51477811--51477845	6	6.0	6	96	3	63	85	0	0	14	0.59
51484116--51484147	9	3.8	9	88	12	50	68	0	0	31	0.90
51489055--51489783	364	2.0	364	97	1	1363	29	24	16	29	1.97
51496167--51496298	29	4.5	29	93	1	228	36	15	24	23	1.94
51496167--51496298	59	2.3	58	94	1	228	36	15	24	23	1.94
51496137--51496298	88	1.8	89	90	1	263	35	15	24	24	1.94
51503609--51503647	18	2.2	18	100	0	78	43	33	5	17	1.72
51515810--51515840	15	2.1	15	93	0	53	22	0	22	54	1.44
51516433--51516552	41	2.8	41	73	17	102	24	15	26	33	1.95
51517809--51517847	20	2.0	19	85	14	53	30	0	15	53	1.42
51520194--51520338	27	5.4	26	86	6	175	34	17	22	25	1.96
51520194--51520338	54	2.7	54	89	1	211	34	17	22	25	1.96
51522670--51522781	55	2.0	55	94	0	197	45	18	5	30	1.72
51523916--51524050	54	2.4	56	87	4	211	34	25	13	26	1.93
51524206--51524235	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
51526488--51526604	27	4.4	27	89	1	155	21	13	22	42	1.87
51528107--51528164	3	19.3	3	92	0	98	63	0	1	34	1.04
51528472--51528520	25	2.0	25	87	0	71	40	0	14	44	1.45
51530079--51530300	64	3.4	65	75	9	209	23	29	14	31	1.95
51530177--51530328	68	2.3	68	80	8	163	26	30	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51532759--51532797	18	2.2	18	85	0	51	25	41	0	33	1.56
51533195--51533232	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
51534860--51534928	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
51541202--51541239	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
51542866--51542934	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
51551242--51551447	39	5.2	40	86	5	278	22	29	23	25	1.99
51551242--51551447	79	2.6	78	87	4	274	22	29	23	25	1.99
51554287--51554370	43	2.0	43	92	0	141	53	3	21	21	1.61
51565656--51565733	33	2.3	33	80	6	95	30	20	19	29	1.97
51566695--51566850	44	3.7	42	75	10	149	25	17	25	30	1.97
51568049--51568137	27	3.3	27	73	6	90	28	11	17	42	1.84
51579211--51579386	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
51579208--51579379	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
51586789--51586964	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
51586786--51586957	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
51595963--51596026	28	2.3	28	94	0	110	32	28	7	31	1.85
51596133--51596222	27	3.2	27	79	7	101	18	23	24	33	1.97
51596143--51596233	27	3.2	28	78	4	85	20	25	20	32	1.97
51596685--51596723	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
51602687--51602719	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
51603778--51603842	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
51603947--51604036	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51603957--51604047	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
51603947--51604061	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
51604499--51604536	18	2.1	19	85	5	51	15	5	5	73	1.19
51611755--51611801	19	2.5	19	86	6	60	25	4	0	70	1.05
51611742--51611802	24	2.5	23	82	10	68	26	4	1	67	1.20
51626336--51626367	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
51633191--51633291	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
51641143--51641243	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
51644299--51644404	38	2.8	38	83	8	126	23	23	29	23	1.99
51652215--51652357	40	3.6	40	81	4	121	28	23	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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