genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18692359--18692619	48	5.7	48	80	10	235	24	16	29	29	1.97
18692484--18692614	42	3.1	42	83	0	145	28	15	25	30	1.96
18692455--18692701	132	1.9	132	84	1	334	29	17	25	27	1.97
18694222--18694336	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18694222--18694355	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
18695936--18696084	42	3.5	42	85	0	172	16	22	15	45	1.84
18695952--18696063	21	5.3	21	63	0	62	15	23	16	45	1.84
18696057--18696105	19	2.5	19	86	6	62	16	20	18	44	1.86
18699862--18699939	39	2.0	39	100	0	156	20	25	30	23	1.98
18701138--18701252	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18701138--18701271	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
18705369--18705433	33	2.0	33	84	0	85	12	30	9	47	1.72
18715350--18715437	39	2.3	39	100	0	176	37	18	14	29	1.91
18718188--18718242	6	9.2	6	97	0	92	3	16	47	32	1.64
18719185--18719245	27	2.3	27	97	2	115	40	18	18	22	1.91
18722114--18722174	28	2.2	28	100	0	122	39	8	6	45	1.60
18722963--18723002	15	2.6	16	88	4	55	27	5	0	67	1.11
18723166--18723235	36	1.9	35	82	5	86	35	4	10	50	1.56
18723547--18723581	18	1.9	18	88	0	52	48	2	2	45	1.32
18725023--18725074	26	2.0	25	82	10	61	59	15	0	25	1.36
18726142--18726210	36	1.9	35	82	8	86	57	4	2	34	1.33
18730232--18730270	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18749895--18749921	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
18750510--18750617	44	2.5	42	82	7	128	32	28	17	21	1.96
18751801--18751863	13	4.6	13	74	18	56	38	4	0	57	1.20
18751808--18751869	20	3.0	20	81	13	72	41	4	0	53	1.22
18751831--18751874	20	2.2	20	84	11	56	50	0	0	50	1.00
18752115--18752141	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
18752140--18752189	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
18752207--18752240	13	2.5	14	85	9	52	79	2	0	17	0.86
18756383--18756424	17	2.4	18	88	4	59	59	9	2	28	1.41
18758881--18758906	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18767841--18767908	32	2.1	32	100	0	136	29	2	2	64	1.22
18774851--18774913	32	2.0	32	84	6	83	33	3	1	61	1.21
18775018--18775082	33	2.0	33	93	0	112	52	7	1	38	1.40
18775553--18775598	15	3.1	15	83	0	56	67	0	32	0	0.91
18775553--18775601	21	2.3	21	89	6	73	69	0	30	0	0.89
18776721--18776775	21	2.6	21	80	5	67	9	7	38	45	1.64
18777403--18777464	2	31.0	2	100	0	124	50	50	0	0	1.00
18777467--18777525	27	2.2	27	87	3	84	52	15	5	27	1.63
18778435--18778539	39	2.7	39	82	5	140	35	12	10	41	1.77
18778963--18778997	11	3.2	11	87	0	52	0	14	0	85	0.59
18779989--18780123	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
18781685--18781728	5	9.2	5	90	9	74	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18782131--18782183	24	2.5	20	75	21	54	49	3	0	47	1.19
18782627--18782689	3	21.3	3	78	15	69	61	3	0	34	1.12
18784276--18784316	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
18784439--18784573	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
18784813--18784851	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
18786156--18786192	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
18787021--18787055	16	2.2	16	94	0	61	22	17	25	34	1.96
18787497--18787537	20	2.0	20	100	0	82	34	9	9	46	1.70
18789555--18789604	15	3.3	15	82	0	64	38	34	10	18	1.84
18789819--18789985	89	1.9	89	96	0	307	39	14	14	31	1.87
18789942--18790066	48	2.6	48	92	0	196	44	17	15	23	1.86
18790136--18790271	6	21.7	6	72	11	85	57	12	7	22	1.60
18790214--18790282	24	2.9	23	85	8	84	62	11	7	18	1.51
18790300--18790333	6	5.7	6	86	13	52	67	14	0	17	1.23
18790238--18790355	62	1.9	62	91	0	191	58	16	5	19	1.57
18790794--18790833	21	1.9	21	94	0	71	22	30	20	27	1.98
18797723--18797809	31	2.9	29	75	11	86	21	20	20	36	1.95
18809890--18809936	17	2.7	19	78	21	59	63	2	0	34	1.06
18815025--18815240	107	2.0	108	95	0	389	43	6	9	40	1.61
18817788--18817831	16	2.8	15	86	13	54	63	0	2	34	1.07
18826910--18826935	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18829995--18830125	43	3.0	44	78	10	171	32	28	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18832003--18832045	17	2.4	17	84	11	50	65	6	4	23	1.37
18834942--18834971	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
18842916--18842970	25	2.3	24	75	19	62	32	1	1	63	1.15
18842942--18842977	15	2.2	17	90	9	58	27	0	0	72	0.85
18843505--18843558	15	3.7	15	85	2	56	48	1	14	35	1.55
18844656--18844723	34	2.0	34	100	0	136	29	11	26	32	1.92
18844925--18844949	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
18850242--18850396	83	1.9	83	91	1	256	34	13	28	23	1.93
18852643--18852760	61	1.9	62	87	5	177	54	1	5	38	1.35
18853156--18853193	20	1.9	20	84	10	51	39	5	0	55	1.23
18855539--18855564	12	2.2	12	100	0	52	73	0	26	0	0.84
18859018--18859076	31	2.0	29	90	6	91	38	3	11	45	1.58
18859330--18859359	14	2.1	14	100	0	60	40	0	13	46	1.43
18859369--18859419	18	2.9	18	80	11	61	54	0	1	43	1.11
18863768--18863815	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
18873944--18873991	21	2.3	21	77	0	51	60	0	2	37	1.09
18875432--18875503	23	3.2	23	76	5	67	34	1	1	62	1.13
18875518--18875551	12	2.8	12	90	0	50	29	0	11	58	1.33
18876297--18876332	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
18882561--18882590	13	2.2	14	94	5	53	40	3	13	43	1.60
18886607--18886735	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
18890679--18890786	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18897167--18897274	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
18901692--18901862	93	1.8	92	94	1	306	21	21	29	28	1.98
18901696--18901869	46	3.8	46	78	13	205	20	20	29	28	1.98
18904574--18904709	56	2.4	56	92	0	227	27	14	25	32	1.95
18905896--18905960	21	3.2	21	71	20	66	40	21	26	12	1.88
18905878--18905978	39	2.6	39	91	0	157	37	23	25	12	1.91
18905969--18906042	20	3.6	20	71	10	60	40	21	17	20	1.91
18907610--18907645	18	1.9	19	88	5	56	41	0	22	36	1.54
18909176--18909200	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18909335--18909390	21	2.9	18	72	25	51	44	1	1	51	1.22
18909529--18909575	22	2.1	23	88	4	69	76	0	19	4	0.95
18911565--18911779	46	4.7	46	92	1	324	41	13	23	21	1.89
18913631--18913716	24	3.5	24	78	12	86	38	29	10	22	1.87
18918101--18918251	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
18923027--18923161	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
18922973--18923162	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
18928798--18928948	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
18931819--18931946	35	3.5	36	88	7	179	33	25	10	30	1.89
18931779--18931946	35	4.6	35	83	9	176	32	23	11	31	1.91
18935336--18935382	24	2.0	24	83	8	60	34	14	14	36	1.88
18937446--18937550	55	1.9	55	80	3	122	37	8	1	52	1.43
18943169--18943303	66	2.0	66	85	2	182	22	34	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18943247--18943448	45	4.5	45	88	2	282	25	25	23	25	2.00
18945731--18945767	18	2.1	18	100	0	74	10	16	16	56	1.66
18953446--18953487	21	2.0	21	85	4	57	33	0	2	64	1.07
18956605--18956639	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
18957963--18958041	21	3.8	21	76	6	79	45	17	21	15	1.85
18957921--18958041	42	2.9	42	82	7	106	46	15	21	16	1.84
18957970--18958059	42	2.1	42	89	0	135	45	17	18	17	1.86
18972370--18972473	30	3.4	29	78	11	95	54	1	6	36	1.38
18973295--18973344	25	2.0	25	88	7	75	48	6	2	44	1.39
18981767--18981791	6	4.2	6	100	0	50	0	16	16	68	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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