genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79021429--79021493	33	2.0	33	87	6	96	32	26	15	26	1.95
79021475--79021526	27	1.9	27	84	7	70	32	25	23	19	1.97
79021764--79021809	22	2.1	22	91	0	74	36	21	23	17	1.94
79038472--79038524	24	2.2	24	86	0	70	24	41	1	32	1.66
79043664--79043703	16	2.5	17	88	8	57	30	5	7	57	1.48
79044600--79044683	27	3.2	26	84	5	105	40	21	22	15	1.91
79046115--79046215	24	4.2	24	88	0	148	20	44	2	31	1.67
79051449--79051526	31	2.5	31	95	2	140	28	26	19	25	1.99
79051550--79051641	42	2.2	42	92	0	148	40	19	11	28	1.87
79051786--79051856	25	2.8	25	93	2	115	26	23	23	25	2.00
79051906--79051981	20	3.9	20	86	8	104	32	19	10	36	1.86
79051906--79051961	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
79052008--79052055	25	1.9	25	95	0	87	31	18	20	29	1.97
79052658--79052722	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
79052753--79053058	27	11.3	27	75	7	165	30	9	20	39	1.83
79052867--79053058	54	3.6	53	80	4	206	29	9	21	40	1.84
79053037--79053341	27	11.3	27	90	0	430	40	10	21	27	1.86
79056537--79056621	3	28.3	3	100	0	170	32	0	0	67	0.91
79061105--79061292	40	4.7	39	86	3	207	26	22	27	24	2.00
79061105--79061285	80	2.3	80	86	1	247	26	22	27	23	2.00
79061515--79061567	24	2.2	24	89	3	79	35	0	26	37	1.57
79061526--79061575	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79066659--79066788	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
79066675--79066826	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
79066675--79066824	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
79071226--79071302	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
79071235--79071306	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
79071224--79071306	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
79071359--79071544	24	8.0	24	87	7	242	29	22	22	26	1.99
79071358--79071530	69	2.5	69	89	4	267	30	21	21	26	1.99
79071736--79071799	31	2.1	31	85	5	85	35	15	23	25	1.94
79074604--79075045	134	3.3	134	88	3	644	27	21	9	40	1.85
79074601--79075045	27	16.7	27	87	5	600	27	22	9	40	1.85
79076366--79076442	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
79076375--79076446	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
79076364--79076446	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
79076501--79076690	24	8.0	24	90	3	278	28	23	21	26	1.99
79076501--79076669	47	3.6	47	93	1	293	29	23	20	26	1.99
79076500--79076690	71	2.7	71	88	5	278	29	23	21	26	1.99
79076884--79076947	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
79079762--79080210	27	16.7	27	87	3	564	28	21	9	40	1.84
79079728--79080254	81	6.5	81	80	3	265	29	21	9	39	1.85
79081536--79081612	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
79081545--79081616	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79081534--79081616	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
79081671--79081837	24	7.0	23	85	6	210	29	22	20	27	1.99
79081671--79081837	47	3.5	47	85	4	212	29	22	20	27	1.99
79081671--79081836	71	2.3	71	88	3	244	28	22	21	27	1.99
79082031--79082093	31	2.0	31	87	6	92	34	17	23	23	1.96
79086616--79086651	16	2.2	17	90	9	58	36	2	2	58	1.27
79089603--79089748	47	3.1	47	87	2	197	32	11	29	26	1.91
79089628--79089703	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
79089706--79089802	50	1.9	50	89	4	151	37	8	25	28	1.85
79089953--79090135	37	4.9	37	88	0	276	24	18	29	27	1.98
79091902--79092013	27	4.1	27	82	10	131	35	21	25	17	1.95
79091902--79092013	54	2.1	54	86	3	154	35	21	25	17	1.95
79100273--79100443	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
79100265--79100440	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
79106028--79106111	41	2.0	41	97	0	159	25	16	20	38	1.93
79107043--79107079	19	2.0	18	94	5	65	62	5	0	32	1.18
79108815--79108859	22	2.0	22	87	12	65	17	0	33	48	1.48
79109068--79109728	177	3.7	176	83	5	789	27	24	17	30	1.97
79109492--79109578	43	2.0	45	82	8	108	25	26	14	33	1.95
79109068--79109728	353	1.9	353	83	6	883	27	24	17	30	1.97
79109884--79110072	64	3.0	64	95	0	342	39	13	15	30	1.87
79116550--79116585	19	1.9	18	94	5	63	63	8	0	27	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79123641--79123731	17	5.4	17	69	10	78	36	29	3	30	1.74
79123634--79123741	34	3.2	34	100	0	216	38	29	2	28	1.71
79124375--79124493	43	2.8	42	77	8	125	27	23	16	31	1.96
79134136--79134248	56	2.0	56	98	0	217	21	5	32	40	1.75
79139877--79139905	12	2.5	12	94	5	51	31	0	0	68	0.89
79140330--79140361	15	2.1	15	94	0	55	31	3	0	65	1.08
79148265--79148413	41	3.7	41	83	2	185	22	22	26	28	1.99
79156325--79156474	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
79159934--79159971	8	4.9	8	90	3	60	63	0	34	2	1.09
79162801--79162925	62	2.0	62	98	0	241	45	6	18	29	1.74
79169268--79169367	40	2.5	40	87	6	141	25	29	23	23	1.99
79169268--79169419	80	1.9	80	82	5	191	25	28	23	23	2.00
79175034--79175263	117	2.0	116	99	0	451	27	27	14	29	1.95
79177398--79177497	40	2.5	40	87	6	141	25	29	23	23	1.99
79177398--79177549	80	1.9	80	81	5	182	25	28	22	23	1.99
79181270--79181439	43	4.0	43	76	8	141	34	25	12	27	1.93
79181594--79181651	29	2.0	29	96	0	107	34	8	12	44	1.72
79186317--79186343	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
79193431--79193468	17	2.2	17	86	9	51	55	10	15	18	1.68
79194572--79194823	125	2.0	125	91	1	407	36	14	27	21	1.92
79196768--79196866	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
79198964--79199596	322	2.0	322	93	1	1081	32	14	9	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79201271--79201329	20	2.9	21	85	10	77	38	0	0	61	0.96
79201251--79201341	21	4.3	21	72	15	71	43	0	2	53	1.12
79201500--79201563	22	2.8	22	83	9	74	59	1	0	39	1.07
79201505--79201563	23	2.5	25	78	15	63	57	1	0	40	1.09
79203981--79204020	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
79208659--79208702	19	2.4	18	85	14	63	45	13	2	38	1.56
79231449--79231493	23	2.0	23	86	0	63	51	0	4	44	1.21
79232497--79232531	17	2.1	17	94	0	61	28	5	14	51	1.65
79232500--79232540	17	2.4	17	83	0	55	29	7	12	51	1.66
79235963--79236171	3	68.3	3	73	19	125	62	3	2	31	1.28
79236957--79237008	2	26.5	2	80	3	52	46	1	1	50	1.23
79238623--79238780	39	4.1	39	87	0	190	18	22	27	30	1.98
79241362--79241624	46	5.7	46	74	13	186	29	18	28	23	1.97
79241367--79241624	140	1.8	140	85	4	360	29	18	28	23	1.97
79241361--79241628	47	5.7	47	74	12	189	29	18	28	23	1.98
79250930--79250992	31	2.0	31	90	0	99	60	4	12	22	1.51
79251115--79251188	36	2.1	36	94	0	130	44	12	5	37	1.65
79252039--79252174	51	2.7	51	83	0	191	38	5	12	42	1.67
79252071--79252148	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
79257242--79257377	51	2.7	51	83	0	191	38	5	12	42	1.67
79257274--79257351	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
79261065--79261129	30	2.2	30	97	0	121	33	12	24	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79265403--79265546	9	14.5	11	64	29	58	59	0	2	37	1.14
79265420--79265503	29	2.9	29	77	15	93	57	0	2	40	1.12
79265432--79265524	28	3.3	28	76	10	91	59	0	2	38	1.10
79265400--79265546	18	7.5	18	74	14	98	59	0	2	38	1.14
79265403--79265509	28	3.6	29	73	7	99	58	0	1	39	1.09
79265559--79265601	22	1.9	23	95	4	79	60	0	6	32	1.23
79265560--79265608	22	2.2	22	81	0	62	67	0	6	26	1.14
79266167--79266191	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
79266318--79266367	23	2.3	22	89	6	75	42	0	0	58	0.98
79269129--79269236	51	2.2	50	80	11	123	33	12	11	42	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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