Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  294  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88073719--88073892
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20
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1.97
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1
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20
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2.1
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1.94
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2.0
72
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140
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1.93
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135
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2.0
121
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127
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16
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1.94
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2.0
122
88
2
363
38
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13
26
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.93
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25
2.2
25
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50
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5
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88085643--88085723
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1.9
43
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88085657--88085703
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18
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88085675--88085748
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4
2
21
71
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88085643--88085770
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1.9
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1.38
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205
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1
1895
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21
29
1.97
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3.2
133
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671
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25
1.97
88113088--88113451
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43
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11
290
31
18
24
25
1.97
88114578--88114728
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3.9
39
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2
234
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2
17
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1.61
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7
7.7
7
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40
1
0
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1.09
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0
0
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80
0
0
19
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0
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5.2
28
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5
166
34
22
25
18
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.6
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57
0
0
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55
57
0
0
42
0.98
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18
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54
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2
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1.12
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1.23
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53
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118
49
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6
37
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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50
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1.59
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0
0
47
1.00
88159666--88159780
42
2.7
42
84
6
144
26
26
14
32
1.95
88159752--88159874
47
2.7
46
85
2
165
30
26
15
28
1.96
88159923--88159984
31
2.0
31
90
0
97
29
27
16
27
1.97
88159970--88159997
13
2.2
13
100
0
56
21
39
0
39
1.54
88159939--88160028
44
2.0
44
91
4
146
24
30
13
32
1.93
88159983--88160090
31
3.5
31
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0
180
25
28
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28
1.97
88160066--88160242
50
3.5
50
92
3
293
25
23
16
34
1.95
88160360--88160388
14
2.0
15
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55
17
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20
1.65
88165231--88165282
19
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19
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57
5
0
36
1.23
88165291--88165336
10
4.9
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6
0
28
1.17
88165301--88165346
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6
0
26
1.15
88165292--88165346
20
2.8
21
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10
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69
5
0
25
1.10
88168181--88168240
13
4.7
13
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4
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15
50
15
20
1.79
88168223--88168272
22
2.3
22
100
0
100
26
54
8
12
1.64
88168153--88168242
38
2.4
38
98
0
171
16
48
12
22
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88168576--88168661
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7.1
12
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16
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25
3
2
68
1.17
88168578--88168668
3
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3
70
20
50
27
3
2
67
1.18
88168875--88168935
12
5.3
11
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11
52
37
0
4
57
1.20
88168905--88168936
2
16.0
2
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0
55
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0
0
53
1.00
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19
2.5
19
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8
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1.81
88174313--88174338
6
4.3
6
100
0
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38
0
1.46
88175530--88175648
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1.9
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188
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16
12
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1.87
88175837--88176031
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2.9
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20
29
1.98
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22.6
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10
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24
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1.97
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132
6.3
132
93
0
1384
30
18
24
26
1.98
88177054--88177576
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12.0
44
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2
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17
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22
1.96
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13
4.7
13
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15
50
15
20
1.79
88177926--88178015
38
2.4
38
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0
162
16
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23
1.80
88177996--88178040
22
2.0
22
100
0
90
26
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1.70
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38
2.7
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154
18
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11
22
1.80
88178351--88178444
3
31.3
3
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19
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28
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1
65
1.18
88178361--88178444
12
6.8
12
73
18
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29
4
1
64
1.22
88178352--88178448
18
5.2
18
77
14
90
29
4
1
64
1.18
88178697--88178836
39
3.4
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20
101
30
2
6
60
1.37
88180149--88180201
24
2.2
24
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0
70
52
5
3
37
1.43
88181235--88181274
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2.0
20
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9
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70
0
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22
1.12
88183810--88184024
9
22.9
9
66
21
68
36
3
3
56
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88183929--88183974
19
2.5
19
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10
60
39
0
2
58
1.10
88183895--88183989
28
3.4
28
82
11
106
33
1
5
60
1.26
88183922--88183970
19
2.8
16
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34
0
2
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1.06
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0
0
35
0.94
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0
0
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0.95
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2.0
40
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0
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2.1
21
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0
0
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10
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31
17
20
30
1.96
88211556--88211802
132
1.9
132
88
3
381
32
17
19
30
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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