genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87010928--87010968	16	2.4	17	88	8	57	46	0	0	53	1.00
87011744--87011768	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
87011764--87011847	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
87013333--87013385	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
87014353--87014412	8	7.5	8	85	7	68	65	3	1	30	1.19
87014564--87014628	25	2.8	23	83	6	87	55	4	4	35	1.41
87014644--87014692	16	3.1	16	77	16	57	55	0	6	38	1.25
87014655--87014733	25	3.2	24	75	17	72	54	1	6	37	1.34
87014655--87014733	27	3.1	26	78	14	83	54	1	6	37	1.34
87014667--87014717	23	2.1	25	85	7	70	52	1	7	37	1.42
87015322--87015382	30	2.0	30	96	0	113	19	3	49	27	1.64
87016382--87016445	18	3.6	18	80	16	87	43	4	14	37	1.66
87016376--87016450	36	2.1	36	100	0	150	37	5	13	44	1.66
87016706--87016762	30	1.9	30	92	0	96	43	3	1	50	1.29
87023527--87023553	13	2.1	13	100	0	54	14	0	25	59	1.36
87026624--87026716	20	4.7	19	70	17	64	31	4	1	63	1.21
87026631--87026694	14	4.6	14	81	16	80	32	4	1	60	1.26
87026631--87026695	15	4.7	15	78	16	77	32	4	1	61	1.26
87026684--87026758	29	2.9	24	74	22	71	33	2	1	62	1.17
87026670--87026757	17	4.9	17	71	14	61	34	3	1	61	1.20
87031613--87031657	11	4.1	11	82	0	54	60	4	0	35	1.17
87032306--87032342	11	3.5	11	79	20	51	83	2	13	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87032300--87032372	21	3.5	20	70	10	58	79	2	13	4	0.99
87033252--87033455	74	2.8	73	84	8	277	34	19	14	31	1.92
87042904--87043037	26	5.2	26	93	0	232	35	23	7	32	1.83
87045749--87045779	16	2.0	16	93	6	55	25	3	12	58	1.50
87053140--87053303	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
87053140--87053337	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
87055139--87055168	15	1.9	16	93	6	53	43	0	40	16	1.48
87058078--87058141	26	2.5	25	84	2	74	31	4	3	60	1.32
87067146--87067217	30	2.4	30	81	2	83	54	13	16	15	1.72
87075552--87075605	23	2.3	23	93	0	90	24	18	20	37	1.94
87075565--87075639	23	3.3	23	80	10	84	17	21	25	36	1.95
87075565--87075648	21	3.8	21	75	9	69	19	22	23	34	1.96
87075836--87075874	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
87078197--87078221	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
87081235--87081387	63	2.4	63	78	13	170	24	26	27	21	1.99
87086065--87086094	8	3.8	8	100	0	60	53	0	0	46	1.00
87087051--87087090	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
87093799--87093949	27	5.6	27	82	5	171	39	21	8	29	1.83
87093793--87093949	54	2.9	54	83	2	199	38	22	8	30	1.83
87093959--87094103	54	2.7	54	90	0	218	31	22	7	39	1.82
87093961--87094103	27	5.3	27	87	0	196	30	22	7	39	1.82
87093799--87094221	27	15.7	26	78	6	130	36	22	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87094205--87094454	27	9.3	27	89	0	347	35	19	20	24	1.96
87094152--87094455	54	5.6	54	84	4	330	35	20	18	25	1.95
87094871--87094936	6	10.8	6	73	15	55	19	16	15	48	1.81
87094853--87094928	31	2.5	31	91	0	116	19	15	14	50	1.79
87094852--87094924	25	3.0	24	82	13	78	19	16	15	49	1.80
87094849--87094936	19	4.8	18	70	18	65	19	15	14	50	1.79
87097161--87097190	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
87098771--87099131	3	122.7	3	71	15	226	63	3	3	30	1.25
87098778--87099005	20	11.6	19	75	18	70	62	3	2	32	1.22
87098676--87099022	147	2.3	149	83	9	429	61	4	2	32	1.26
87100623--87100660	18	2.2	18	86	13	53	10	15	0	73	1.09
87106643--87106769	60	2.1	59	87	8	177	29	18	25	27	1.98
87110995--87111078	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
87115378--87115585	90	2.3	90	79	8	228	30	9	21	37	1.86
87119046--87119078	15	2.2	15	89	10	50	63	0	0	36	0.95
87122352--87122489	42	3.2	44	78	11	135	31	25	16	26	1.96
87125830--87125885	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
87125825--87125885	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
87125934--87126112	24	7.4	24	94	0	268	29	21	20	29	1.98
87127092--87127139	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
87127182--87127240	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
87127186--87127240	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87127292--87127386	24	3.9	24	86	9	122	26	22	25	26	2.00
87127578--87127678	38	3.1	31	79	19	123	39	14	20	24	1.91
87127595--87127701	38	2.8	38	95	2	189	40	14	21	24	1.90
87135183--87135230	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
87135274--87135332	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
87135278--87135332	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
87135383--87135475	23	4.0	24	83	10	113	26	22	23	26	2.00
87135666--87135766	38	3.1	31	79	19	123	39	13	21	24	1.90
87135683--87135776	37	2.5	38	98	1	181	43	9	21	25	1.82
87135844--87135881	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
87137266--87137329	27	2.4	26	94	5	110	40	28	10	20	1.86
87138298--87138399	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
87139218--87139254	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58
87139160--87139271	45	2.5	44	81	12	124	3	5	16	75	1.13
87140069--87140130	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
87140226--87140259	13	2.6	13	90	0	50	52	2	14	29	1.56
87140277--87140804	72	6.8	73	76	12	441	33	19	17	29	1.95
87140643--87140804	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
87140474--87141034	165	3.4	165	92	2	891	32	20	19	27	1.97
87140798--87140970	76	2.3	77	85	5	244	32	20	19	27	1.97
87140950--87140984	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
87141206--87141371	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87141371--87141634	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
87141371--87141634	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
87141209--87141801	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
87151123--87151158	16	2.3	16	90	4	56	8	0	30	61	1.26
87153683--87153717	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
87156260--87156303	23	1.9	23	86	9	63	59	4	2	34	1.30
87157601--87157642	16	2.4	18	88	7	61	42	0	0	57	0.99
87164117--87164292	46	3.8	46	74	12	171	21	21	28	28	1.98
87164114--87164285	93	1.8	93	91	0	281	22	21	29	27	1.99
87167216--87167293	15	5.2	15	83	6	88	11	15	15	57	1.65
87169684--87169859	46	3.8	46	75	14	173	21	19	28	30	1.98
87169681--87169852	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	29	1.98
87171456--87171627	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
87171449--87171624	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
87178463--87178587	62	2.0	62	92	0	205	29	26	13	30	1.94
87181490--87181520	15	2.1	15	93	0	53	67	6	6	19	1.35
87182746--87183030	135	2.1	137	96	1	520	31	25	18	24	1.97
87184814--87184949	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
87187826--87187850	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
87187919--87188025	27	4.0	27	70	17	80	57	3	8	30	1.46
87187919--87188031	26	4.4	25	71	21	74	57	4	7	30	1.47
87188263--87188302	21	2.0	20	85	5	53	55	15	2	27	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87194617--87194681	34	2.0	34	81	6	80	30	24	16	27	1.97
87194991--87195043	26	2.0	27	85	7	74	26	15	22	35	1.93
87196530--87196637	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
87200641--87200672	15	2.2	14	94	5	55	37	0	31	31	1.58
87202463--87202511	23	2.1	23	84	0	62	36	20	14	28	1.92
87202774--87202814	14	2.9	14	81	0	55	19	17	36	26	1.94
87202886--87202967	34	2.4	34	77	0	92	34	20	9	35	1.86
87203259--87203292	15	2.3	15	89	0	50	58	8	14	17	1.61
87209454--87209563	26	4.2	26	96	0	175	35	24	5	34	1.79
87210913--87210952	18	2.2	18	86	8	55	27	0	0	72	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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