Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  27  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9980389--9980445
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2.4
24
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0
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2.0
20
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12
1.24
9980979--9981024
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9981296--9981470
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2.2
40
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2
118
29
31
21
17
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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39
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2
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2.0
23
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0
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2
0
36
1.09
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17
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0
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30
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20
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2.2
19
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50
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13
51
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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49
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26
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1.86
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733
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16
14
31
1.89
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36
16
14
31
1.89
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32
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1.89
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1.67
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2.3
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0
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20
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0
32
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10153092--10153354
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141
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0
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1.30
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0
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49
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17
14
30
1.88
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65
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5
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13
23
30
1.93
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18
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10
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1.70
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3.1
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79
12
56
59
1
3
35
1.26
10185827--10185884
30
2.0
30
82
3
73
58
5
10
25
1.52
10190231--10190277
19
2.5
19
100
0
94
25
36
29
8
1.86
10194374--10194402
13
2.1
14
93
6
51
51
0
3
44
1.18
10195463--10195506
15
2.9
15
82
0
61
36
2
13
47
1.56
10195883--10195940
23
2.5
23
100
0
116
6
3
43
46
1.47
10196045--10196085
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
10198388--10198414
13
2.1
13
100
0
54
77
7
14
0
0.97
10199164--10199220
15
3.9
15
88
2
89
35
0
12
52
1.39
10199592--10199678
21
4.0
23
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10
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14
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25
37
1.92
10199840--10199880
19
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19
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12
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46
0
24
29
1.53
10199831--10199887
26
2.2
26
78
15
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49
0
22
28
1.50
10204925--10204979
17
3.2
18
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7
78
47
9
12
30
1.73
10205507--10205560
26
2.0
27
82
10
67
64
5
5
24
1.36
10205569--10205622
18
3.1
17
79
12
56
59
1
3
35
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10205680--10205729
3
17.0
3
76
12
50
62
2
4
32
1.25
10206008--10206064
30
1.9
30
82
3
71
57
5
10
26
1.53
10207819--10207845
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
10209070--10209106
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
10211737--10211802
31
2.1
31
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0
87
36
9
7
46
1.64
10211747--10211818
31
2.4
29
75
11
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33
8
8
50
1.63
10212091--10212132
11
3.7
11
78
15
50
57
0
0
42
0.99
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28
2.0
28
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16
3
19
60
1.49
10233470--10233515
17
2.8
16
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6
65
65
2
0
32
1.05
10233470--10233522
17
3.2
16
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7
63
64
3
0
32
1.12
10239633--10239670
19
2.0
19
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0
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42
5
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1.75
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15
2.5
15
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8
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31
5
0
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1.17
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2.0
22
100
0
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4
0
51
1.21
10247244--10247350
53
2.0
53
100
0
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23
26
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35
1.94
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2.8
29
73
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54
4
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38
1.35
10265656--10265683
2
14.0
2
100
0
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0
0
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0
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0
0
50
1.00
10266708--10266748
20
2.0
20
100
0
82
36
4
19
39
1.73
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29
2.2
29
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5
101
31
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1
19
1.59
10268429--10268503
37
2.0
37
97
0
141
28
54
1
16
1.50
10268445--10268517
18
4.0
18
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16
60
26
54
1
17
1.51
10268576--10268625
12
4.2
12
82
12
59
26
0
36
38
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10268576--10268619
23
1.9
23
86
9
63
25
0
36
38
1.56
10268938--10268974
19
2.0
18
94
5
65
32
0
0
67
0.91
10268946--10268976
14
2.2
14
94
0
53
32
0
0
67
0.91
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19
2.5
19
86
6
60
25
25
10
38
1.88
10277556--10277782
25
9.4
25
73
10
195
19
25
18
36
1.95
10277556--10277824
25
11.4
23
72
11
170
19
25
18
36
1.94
10277556--10277824
47
5.7
47
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3
373
19
25
18
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1.94
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43
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240
26
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1.97
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2.6
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94
62
19
2
15
1.43
10285479--10285606
9
13.6
9
76
9
121
31
0
21
46
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335