genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20757770--20757801	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
20758545--20758603	31	1.9	31	82	6	75	35	11	13	38	1.82
20759189--20759273	19	4.2	20	82	11	95	54	5	0	40	1.25
20759188--20759274	20	4.3	21	81	12	85	55	5	0	39	1.24
20764516--20764626	47	2.3	48	78	9	120	29	27	14	27	1.95
20773012--20773056	21	2.1	21	100	0	90	53	17	8	20	1.70
20775755--20775783	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
20776716--20776753	16	2.3	17	90	4	60	60	0	0	39	0.97
20781636--20781663	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20783539--20783566	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
20786661--20786795	46	3.0	44	86	3	155	37	16	24	22	1.94
20786719--20786839	46	2.6	46	89	2	172	42	15	23	18	1.89
20787100--20787146	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
20787561--20788010	7	62.1	7	72	9	215	49	31	1	17	1.55
20787625--20787770	22	6.0	24	71	11	54	52	30	1	16	1.52
20787916--20788010	38	2.4	39	86	8	131	49	30	1	18	1.55
20787894--20788024	62	2.1	60	80	10	140	50	31	0	17	1.52
20787962--20788053	24	3.9	23	74	14	71	48	29	1	20	1.56
20787640--20788007	141	2.5	143	79	10	351	50	31	0	17	1.51
20795095--20795185	46	2.0	45	89	4	139	30	27	19	21	1.98
20795595--20795654	30	2.0	30	83	6	77	31	25	6	36	1.82
20810140--20810278	28	4.9	30	70	17	93	61	5	1	31	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20810174--20810278	9	11.6	9	68	16	56	61	3	1	32	1.24
20810175--20810252	36	2.2	36	84	9	97	62	2	2	32	1.22
20810174--20810278	45	2.3	44	79	12	106	61	3	1	32	1.24
20810646--20810672	11	2.5	11	100	0	54	70	0	0	29	0.88
20810785--20810810	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
20810840--20810886	9	4.8	10	85	12	62	29	2	4	63	1.25
20810983--20811030	20	2.3	21	76	16	55	33	0	4	62	1.14
20816126--20816176	15	3.1	16	83	8	59	56	0	5	37	1.23
20817592--20817654	27	2.3	26	76	10	63	36	1	11	50	1.47
20824431--20824461	13	2.4	13	100	0	62	64	9	6	19	1.45
20840113--20840150	20	1.9	20	88	0	58	42	0	2	55	1.14
20840250--20840288	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
20848573--20848611	20	1.9	21	89	5	62	38	12	7	41	1.72
20851241--20851273	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
20851757--20852087	43	7.8	43	84	5	365	24	30	19	25	1.98
20852617--20852666	3	16.7	3	100	0	100	0	34	0	66	0.92
20852941--20852991	17	3.1	17	70	13	52	50	3	3	41	1.39
20853538--20853569	16	2.0	16	100	0	64	31	12	0	56	1.37
20858764--20858794	11	2.8	11	95	0	53	29	0	0	70	0.87
20860925--20861022	46	2.1	46	100	0	196	36	15	23	24	1.93
20860986--20861057	35	2.1	35	97	0	135	36	20	22	20	1.96
20860940--20861103	81	2.0	81	96	0	301	36	17	23	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20861020--20861233	46	4.7	46	88	1	277	41	15	22	20	1.90
20863051--20863168	51	2.3	52	76	5	125	44	7	19	27	1.78
20863150--20863187	12	3.1	12	92	7	67	73	0	10	15	1.09
20874724--20874760	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
20880413--20880453	21	2.0	21	100	0	82	29	19	14	36	1.92
20881328--20881352	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20885375--20885403	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
20885610--20885663	14	3.9	13	83	9	63	44	12	0	42	1.43
20894648--20894675	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
20898482--20898538	29	2.0	29	96	0	105	33	14	10	42	1.79
20900235--20900368	46	3.0	45	81	4	144	35	13	23	28	1.92
20904371--20904512	74	1.9	74	94	2	250	22	12	10	54	1.68
20914118--20914153	17	2.2	16	90	5	54	69	13	5	11	1.34
20932017--20932204	90	2.1	90	88	2	279	29	7	30	31	1.86
20938086--20938135	23	2.2	23	85	7	66	44	2	14	40	1.56
20938095--20938140	23	2.0	23	100	0	92	39	0	13	47	1.42
20939337--20939369	6	5.5	6	92	0	57	0	63	3	33	1.10
20940166--20940224	31	1.9	31	85	0	82	45	10	8	35	1.68
20982430--20982456	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
20984715--20984765	23	2.2	23	83	10	68	39	9	0	50	1.35
20984856--20984894	17	2.4	16	83	8	51	51	2	0	46	1.14
20985261--20985294	10	3.2	10	84	15	50	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20986899--20986925	14	1.9	14	100	0	54	51	18	0	29	1.46
20995828--20995861	13	2.5	13	90	4	50	55	2	0	41	1.15
20996694--20996729	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
20996681--20996765	42	2.0	44	90	4	138	76	14	7	2	1.09
20996719--20996777	18	3.3	18	69	13	50	74	15	6	3	1.16
20996699--20996788	36	2.5	36	78	8	103	77	11	7	3	1.08
20997045--20997083	11	3.5	11	79	6	51	0	12	5	82	0.83
20997534--20997559	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
20999301--20999336	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
21004330--21004549	72	3.0	72	80	5	255	31	15	19	33	1.93
21004330--21004705	76	4.9	74	77	10	330	29	16	20	33	1.94
21004529--21004557	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
21004543--21004705	74	2.2	73	86	7	231	26	17	20	34	1.95
21004381--21004793	162	2.5	162	91	2	652	26	17	20	35	1.95
21004691--21004719	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
21004616--21004844	88	2.6	88	92	2	361	23	18	21	36	1.95
21004779--21004813	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
21004793--21004898	54	1.9	55	83	5	135	26	15	19	38	1.91
21005036--21005740	72	10.1	69	69	14	432	25	15	21	37	1.93
21005036--21005300	70	3.7	69	82	6	316	25	13	22	38	1.91
21005178--21005425	123	2.0	124	89	2	383	24	13	22	39	1.90
21004869--21005462	264	2.3	257	92	2	999	25	14	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21005530--21005741	74	2.9	74	82	4	250	27	17	23	31	1.97
21005731--21005765	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
21005745--21006462	74	9.1	76	71	17	342	29	18	19	32	1.96
21005584--21006241	164	4.0	165	89	4	933	27	18	20	33	1.96
21006098--21006603	79	6.5	77	76	10	422	30	16	19	33	1.94
21006585--21006646	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
21006237--21006814	253	2.3	247	84	5	740	28	16	18	36	1.93
21007431--21007520	17	5.7	17	72	15	68	71	22	3	3	1.16
21007454--21007487	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
21007483--21007519	16	2.3	16	95	0	65	64	29	0	5	1.15
21008314--21008345	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
21008193--21008412	27	8.4	27	62	24	71	30	5	5	58	1.44
21011300--21011429	35	3.6	37	82	12	162	33	11	22	33	1.90
21018717--21018881	35	4.6	35	82	10	181	31	10	24	33	1.90
21018721--21018886	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
21023487--21023560	25	3.0	25	88	4	96	31	17	32	18	1.95
21024614--21024648	13	2.6	14	86	13	56	45	11	0	42	1.40
21026365--21026395	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
21034105--21034139	18	1.9	18	88	0	52	48	5	0	45	1.26
21034842--21034876	18	1.9	18	94	0	61	85	0	14	0	0.59
21041094--21041135	15	2.8	15	79	13	59	40	2	0	57	1.12
21041094--21041141	15	3.4	13	78	16	51	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21042647--21042748	45	2.3	45	87	0	141	22	51	8	16	1.72
21043687--21043726	21	1.9	21	84	0	53	42	0	2	55	1.13
21046304--21046344	5	8.0	5	83	5	55	41	0	2	56	1.13
21047660--21047698	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
21047937--21048071	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
21048194--21048234	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
21053372--21053423	22	2.4	21	81	9	59	42	17	25	15	1.88
21066834--21066877	18	2.3	19	80	11	54	31	9	11	47	1.71
21070730--21070886	53	3.0	54	86	8	200	30	27	15	26	1.96
21073690--21073801	39	2.8	40	73	8	104	31	25	19	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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