genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83641009--83641051	17	2.5	17	84	0	59	39	34	0	25	1.56
83641536--83641580	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
83642323--83642867	189	3.0	185	91	3	886	28	7	4	59	1.46
83642744--83642825	17	4.6	16	74	18	58	35	4	2	57	1.33
83642786--83642835	15	3.3	15	81	13	59	36	6	0	58	1.23
83642890--83642915	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
83654953--83655148	66	3.0	66	91	0	302	27	25	21	25	1.99
83655523--83655646	16	7.5	17	84	9	168	41	40	0	17	1.55
83655519--83655658	33	4.3	32	83	10	160	41	42	0	15	1.52
83655519--83655658	16	8.6	16	81	12	162	41	42	0	15	1.52
83655523--83655657	49	2.8	49	89	6	204	42	40	0	16	1.53
83656134--83656267	4	33.5	4	84	0	178	46	3	3	46	1.38
83656134--83656267	6	22.3	6	84	0	178	46	3	3	46	1.38
83657104--83657136	14	2.3	15	90	10	52	33	6	0	60	1.21
83657281--83657326	17	2.7	18	87	9	62	34	8	0	56	1.30
83656982--83657522	184	2.9	185	91	4	869	29	7	4	58	1.46
83657469--83657584	3	41.3	3	76	11	95	31	4	1	62	1.24
83665740--83666361	130	4.8	130	80	2	642	32	15	12	39	1.85
83669790--83670002	73	2.9	73	95	0	392	41	8	19	30	1.81
83672761--83672809	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
83673630--83673796	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
83680765--83680813	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83681628--83681792	39	4.2	38	77	11	154	26	21	27	24	2.00
83681628--83681776	78	1.9	78	84	5	203	26	22	27	24	2.00
83689161--83689372	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
83689161--83689372	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
83691080--83691141	21	2.9	21	78	9	54	69	1	8	20	1.23
83699183--83699448	46	5.7	46	77	10	213	24	30	18	26	1.98
83699183--83699445	140	1.9	141	81	7	320	24	30	18	26	1.98
83699368--83699459	47	1.9	47	82	10	116	25	33	18	22	1.97
83702601--83702639	6	6.0	6	88	11	51	84	0	0	15	0.62
83707329--83707780	49	9.3	49	94	0	750	31	9	30	28	1.89
83717900--83717926	13	2.1	13	100	0	54	22	33	22	22	1.97
83720745--83720777	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
83721975--83722287	46	6.6	47	75	14	206	23	28	19	29	1.98
83728202--83728249	25	2.0	25	83	4	62	54	14	16	14	1.72
83728656--83728758	51	2.0	51	96	0	188	42	19	16	21	1.89
83729604--83729712	46	2.4	44	84	7	139	26	20	30	22	1.98
83733838--83734085	107	2.3	106	85	1	325	27	17	22	33	1.96
83733838--83734114	107	2.6	107	84	2	306	26	17	22	33	1.96
83735242--83735280	19	2.1	19	100	0	78	35	0	23	41	1.55
83738721--83738856	26	5.2	26	96	0	236	36	25	5	33	1.80
83739275--83739330	24	2.3	25	81	6	71	21	32	16	30	1.95
83741400--83741429	13	2.3	13	94	0	51	16	63	20	0	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83741562--83741604	13	3.2	13	90	3	59	11	6	6	74	1.21
83741562--83741610	25	1.9	26	84	12	66	14	8	8	69	1.36
83745161--83745305	24	5.9	25	92	5	242	37	25	4	32	1.77
83745161--83745305	49	2.9	49	94	4	256	37	25	4	32	1.77
83752185--83752337	26	5.9	26	93	0	254	37	25	4	32	1.76
83752757--83752808	26	2.0	26	92	0	86	32	9	0	57	1.31
83752779--83752863	30	2.9	31	77	8	88	34	7	2	56	1.39
83755521--83755572	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
83755623--83755680	21	2.7	22	89	5	84	27	22	15	34	1.94
83755620--83755680	10	5.9	10	79	7	68	29	21	14	34	1.93
83763678--83763729	25	2.1	25	82	3	61	28	17	23	30	1.97
83763780--83763837	21	2.7	22	89	5	84	27	22	15	34	1.94
83763777--83763837	10	5.9	10	79	7	68	29	21	14	34	1.93
83768534--83768570	18	2.1	18	89	0	56	54	0	2	43	1.14
83769032--83769093	26	2.4	26	89	2	90	41	3	19	35	1.67
83777193--83777239	25	1.9	24	95	4	85	61	4	0	34	1.15
83777191--83777239	14	3.7	14	76	15	59	61	4	0	34	1.15
83780296--83780545	123	2.0	123	100	0	500	26	17	13	42	1.86
83788024--83788250	50	4.5	50	92	0	346	35	14	22	27	1.93
83788228--83788431	31	6.6	31	91	1	302	28	19	25	26	1.98
83788451--83788576	49	2.6	49	87	3	168	28	14	26	30	1.95
83804646--83804703	27	2.2	26	96	3	107	44	0	22	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83805025--83805064	8	5.0	8	87	9	55	50	0	0	50	1.00
83805034--83805064	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
83806448--83806482	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
83812078--83812137	19	2.9	19	76	18	59	51	6	0	41	1.28
83812257--83812296	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
83812588--83812629	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
83812700--83812751	3	17.3	3	100	0	104	34	0	0	65	0.93
83825339--83825385	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
83826722--83826746	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
83830769--83830813	20	2.3	20	88	3	65	24	17	31	26	1.97
83832461--83832771	3	99.7	3	71	15	170	28	8	2	61	1.37
83834537--83834609	18	4.1	18	85	0	92	31	19	13	35	1.91
83840046--83840099	18	3.2	18	75	17	53	50	5	0	44	1.25
83841927--83841999	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
83849874--83849946	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
83850035--83850060	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83854834--83854863	12	2.4	13	94	5	53	76	0	0	23	0.78
83856092--83856131	15	2.6	16	84	8	55	5	20	5	70	1.26
83856099--83856146	15	3.1	15	82	11	53	6	16	8	68	1.35
83868165--83868217	3	17.7	3	100	0	106	33	32	0	33	1.58
83868393--83868444	26	2.0	26	100	0	104	50	0	11	38	1.39
83868757--83868796	6	6.7	6	94	0	71	32	15	0	52	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83874058--83874152	42	2.2	43	83	1	120	30	16	22	30	1.96
83874014--83874170	43	3.7	42	72	12	115	27	17	24	31	1.97
83876585--83876683	43	2.3	43	81	10	112	36	22	13	28	1.91
83880595--83880841	49	5.0	50	81	2	273	25	18	26	29	1.98
83880598--83880836	100	2.4	98	85	2	307	24	19	25	30	1.98
83883559--83883597	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
83886343--83886577	49	4.8	49	81	6	296	25	18	26	29	1.98
83886442--83886521	26	3.2	26	63	33	66	25	16	28	30	1.96
83886343--83886576	98	2.4	97	87	5	328	24	18	26	29	1.98
83888681--83888838	51	3.1	51	92	0	253	31	14	24	29	1.94
83896815--83896842	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
83897790--83898167	162	2.3	162	90	1	571	35	16	19	27	1.94
83898529--83898664	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
83901094--83901132	20	2.0	20	100	0	78	25	46	12	15	1.81
83901370--83901505	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
83906071--83906109	20	2.0	20	89	0	60	33	10	25	30	1.89
83906462--83906501	20	2.0	20	95	0	71	35	32	10	22	1.87
83911327--83911356	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
83911323--83911385	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
83912310--83912342	12	2.8	12	95	0	57	27	9	0	63	1.24
83915139--83915212	5	14.4	5	87	9	105	18	1	0	79	0.80
83915139--83915212	24	3.1	24	88	11	100	18	1	0	79	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83915139--83915217	19	4.2	19	86	13	103	18	1	0	79	0.80
83915926--83916109	99	1.8	101	88	4	284	23	14	30	30	1.95
83916730--83916759	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
83916726--83916788	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
83917715--83917748	12	2.8	12	86	0	50	23	11	2	61	1.43
83918892--83918959	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
83925464--83925500	18	2.1	18	100	0	74	45	21	16	16	1.84
83927916--83927986	5	14.2	5	73	5	54	33	8	21	36	1.83
83927949--83927986	20	1.9	20	94	0	67	36	7	23	31	1.84
83931822--83931943	50	2.4	51	80	1	138	25	18	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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