genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72730704--72730805	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
72738777--72738878	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
72751198--72751299	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
72771042--72771089	23	2.1	23	100	0	96	39	4	25	31	1.74
72776159--72776197	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
72777402--72777543	38	3.7	38	83	7	173	23	23	23	30	1.99
72777386--72777580	76	2.5	78	81	5	216	23	21	24	31	1.98
72779412--72779595	40	4.6	40	84	2	226	21	16	27	34	1.95
72781664--72781744	42	1.9	42	97	0	153	43	16	6	34	1.72
72784024--72784070	20	2.3	20	96	0	85	27	40	23	8	1.83
72785209--72785270	28	2.3	28	86	5	83	43	12	14	29	1.83
72786133--72786201	31	2.2	31	84	0	93	13	20	18	47	1.81
72788867--72789134	46	5.6	49	76	10	220	25	17	30	26	1.97
72788959--72789134	50	3.6	50	83	5	182	25	17	31	26	1.97
72790079--72790133	28	1.9	29	88	3	85	16	20	45	18	1.86
72799043--72799088	22	2.1	22	88	4	67	47	10	0	41	1.38
72802881--72802990	26	4.1	26	80	3	112	18	12	27	41	1.86
72806053--72806093	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
72807181--72807356	46	3.8	46	79	14	175	21	31	19	27	1.97
72807183--72807356	94	1.9	92	86	7	253	21	31	18	28	1.97
72808380--72808442	31	2.0	31	100	0	126	41	19	12	26	1.87
72809224--72809273	21	2.4	21	96	0	91	44	8	12	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72823054--72823493	35	12.6	35	85	2	562	18	13	28	39	1.89
72825547--72825703	20	7.8	20	68	7	86	15	29	19	35	1.93
72825555--72825669	40	2.9	40	85	2	133	14	25	20	40	1.90
72825548--72825756	40	5.2	40	78	7	113	14	30	19	35	1.92
72825648--72825716	20	3.5	19	73	15	59	13	34	18	33	1.90
72827562--72827608	20	2.3	20	96	0	85	36	12	19	31	1.89
72827556--72827608	9	5.4	10	78	17	58	35	11	18	33	1.87
72827654--72827712	24	2.4	24	83	11	75	28	20	23	27	1.99
72827654--72827717	23	2.7	24	83	9	60	28	21	25	25	1.99
72827919--72828002	31	2.7	31	94	1	143	30	17	26	25	1.97
72835536--72835581	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
72835618--72835664	20	2.3	20	92	0	76	36	10	19	34	1.86
72835612--72835659	9	5.1	9	82	9	60	35	10	18	35	1.85
72835710--72835793	25	3.4	25	90	6	127	28	22	20	28	1.98
72835710--72835805	49	1.9	50	81	10	117	27	23	20	28	1.99
72835999--72836082	31	2.7	31	90	1	134	33	16	25	25	1.96
72841708--72841810	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
72849652--72849754	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
72854938--72855040	29	3.6	29	80	3	120	24	16	31	28	1.96
72862375--72862474	28	3.6	29	77	8	109	24	17	32	27	1.96
72865693--72865941	40	6.2	40	90	2	376	22	28	24	24	1.99
72873748--72873997	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72876425--72876475	20	2.5	20	96	0	93	35	13	19	31	1.91
72876526--72876691	24	7.1	23	92	4	262	27	21	21	28	1.99
72876525--72876713	24	8.0	23	89	5	256	28	21	22	28	1.99
72876524--72876691	47	3.6	47	89	4	268	27	22	21	28	1.99
72876524--72876712	71	2.7	70	90	5	283	27	22	22	28	1.99
72876904--72876998	31	3.1	31	96	0	172	38	16	22	22	1.93
72881937--72882065	20	6.4	20	72	1	80	17	31	17	34	1.92
72882725--72882977	35	7.2	35	84	0	292	18	14	28	37	1.90
72882722--72882977	70	3.7	70	89	1	379	18	14	28	38	1.90
72883613--72883877	136	1.9	136	96	0	485	26	10	25	37	1.88
72889914--72889983	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
72892641--72892774	59	2.3	59	80	3	144	30	32	17	19	1.95
72893645--72893686	14	2.8	16	86	13	54	45	0	2	52	1.13
72895020--72895134	61	1.9	61	85	0	158	36	25	16	21	1.94
72905587--72905679	30	3.1	30	74	11	109	64	4	1	30	1.19
72905548--72905684	60	2.3	60	92	5	224	62	2	2	32	1.22
72905566--72905643	9	7.9	10	76	10	63	64	2	1	32	1.15
72905565--72905660	11	9.6	10	75	15	83	63	2	2	32	1.18
72906003--72906042	20	2.1	19	90	9	64	15	0	5	80	0.88
72907675--72907904	127	1.8	124	86	6	329	48	8	14	28	1.73
72910507--72910560	27	2.0	26	82	3	63	27	11	1	59	1.42
72911205--72911230	6	4.3	6	100	0	52	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72913311--72913340	15	1.9	16	93	6	53	6	13	3	76	1.11
72917284--72917366	41	2.0	41	100	0	166	46	21	9	21	1.79
72925062--72925172	42	2.7	42	87	6	163	18	18	25	37	1.93
72932329--72932386	30	2.0	29	93	3	98	25	17	24	32	1.96
72942591--72942681	42	2.2	42	83	0	110	23	14	20	41	1.89
72945370--72945458	34	2.6	34	91	3	144	22	11	16	49	1.77
72945375--72945430	17	3.3	17	68	26	55	17	10	14	57	1.65
72946525--72946590	25	2.7	24	76	2	69	28	19	19	31	1.97
72947636--72947693	30	1.9	30	89	0	89	32	6	27	32	1.83
72948031--72948197	46	3.6	46	83	6	187	29	19	27	22	1.98
72953921--72954081	42	3.7	42	82	8	189	27	26	16	29	1.97
72953996--72954093	48	2.0	48	94	0	169	29	27	15	27	1.96
72954134--72954235	53	1.9	53	86	4	143	31	26	16	25	1.97
72960208--72960276	30	2.2	30	82	5	75	26	8	7	57	1.54
72960670--72960703	16	2.0	18	88	11	54	29	2	0	67	1.05
72960678--72960728	21	2.4	21	83	3	57	37	1	0	60	1.08
72960679--72960738	13	4.7	12	78	15	59	35	3	0	61	1.12
72961603--72961652	21	2.4	21	96	0	91	46	20	0	34	1.51
72968550--72968594	18	2.5	19	82	10	58	22	13	28	35	1.92
72972892--72973367	220	2.2	220	93	0	799	32	18	21	27	1.97
72973364--72973484	44	2.8	43	78	6	118	33	11	24	29	1.91
72974188--72974212	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72974720--72974779	30	2.0	30	83	0	75	25	10	6	58	1.55
72975180--72975213	16	2.0	18	88	11	54	29	2	0	67	1.05
72975183--72975246	26	2.4	27	78	14	71	34	3	0	62	1.11
72975210--72975248	15	2.5	15	87	4	51	35	2	0	61	1.10
72975189--72975272	38	2.2	38	80	15	95	33	4	1	60	1.25
72981642--72981804	39	4.2	39	92	0	254	24	32	20	22	1.98
72983836--72983886	17	2.8	18	79	11	59	37	11	0	50	1.39
72986442--72986624	39	4.7	40	92	0	219	23	31	21	23	1.98
72986472--72986624	39	3.9	39	96	0	270	24	32	20	23	1.98
72997279--72997346	4	17.0	4	100	0	136	25	0	25	50	1.50
72997692--72997755	21	3.1	21	77	6	60	29	26	31	12	1.93
72998409--72998441	15	2.3	14	94	5	57	78	0	0	21	0.75
72999300--72999325	11	2.4	11	100	0	52	23	26	0	50	1.50
72999442--72999497	29	2.0	29	89	3	87	30	25	23	21	1.99
73005639--73005673	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
73005766--73005838	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
73013621--73013651	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
73013744--73013816	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
73016522--73016552	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
73016645--73016717	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
73024617--73024689	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
73028211--73028480	95	2.8	97	77	11	266	22	27	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73028202--73028489	145	2.0	148	81	6	345	22	27	21	28	1.99
73028211--73028491	50	5.8	48	75	12	227	22	27	20	29	1.99
73030375--73030411	10	3.5	11	85	10	51	51	24	8	16	1.71
73035969--73036033	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
73043938--73044002	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
73044103--73044133	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
73048341--73048491	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
73048342--73048491	80	1.9	80	83	8	198	27	23	26	22	2.00
73048377--73048507	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
73054454--73054492	12	3.2	12	92	0	60	17	35	30	15	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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