genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56276807--56276989	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
56276786--56276989	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
56285820--56285858	19	2.0	19	85	5	51	7	17	7	66	1.40
56286827--56286914	27	3.3	27	80	6	99	37	23	11	27	1.89
56286839--56286927	27	3.3	27	79	3	99	39	17	13	29	1.88
56288570--56288743	94	1.9	93	91	1	285	49	4	9	36	1.57
56290282--56290318	19	1.9	19	88	0	56	21	40	0	37	1.54
56293570--56293793	68	3.3	67	96	1	396	32	14	29	24	1.95
56293604--56293867	66	3.9	67	83	8	181	33	15	28	21	1.94
56293572--56293857	134	2.1	130	85	8	344	32	15	29	22	1.95
56301184--56301341	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
56301218--56301415	68	2.9	67	84	7	190	33	15	29	21	1.94
56303721--56303766	16	2.9	16	90	0	56	52	19	19	8	1.72
56303721--56303771	24	2.1	24	88	0	75	52	17	19	9	1.72
56303982--56304096	29	4.0	28	82	2	122	28	13	28	29	1.94
56308136--56308243	45	2.4	45	84	0	135	32	27	15	24	1.95
56311805--56311843	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
56311805--56311844	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
56315471--56315544	29	2.6	29	91	0	112	25	33	16	24	1.95
56319063--56319174	27	4.2	26	79	7	116	37	19	24	18	1.94
56319065--56319171	54	2.0	54	85	3	144	38	17	24	19	1.93
56320592--56320662	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56331589--56331707	48	2.5	48	82	6	125	25	27	21	25	1.99
56335443--56335470	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
56335464--56335530	29	2.2	29	82	15	75	29	14	5	49	1.68
56335705--56335817	43	2.7	43	80	6	140	32	26	15	24	1.96
56344525--56344549	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
56347472--56347515	16	2.8	16	92	0	70	56	20	15	6	1.62
56347750--56347871	29	4.3	28	78	12	88	29	12	30	27	1.93
56353333--56353375	21	1.9	21	81	13	50	53	4	4	37	1.43
56354270--56354323	25	2.1	26	86	10	76	33	3	0	62	1.12
56355561--56355706	27	5.4	27	85	0	159	36	22	17	23	1.94
56360717--56360924	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
56360717--56360922	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
56368733--56368938	40	5.2	39	82	1	223	25	26	22	25	2.00
56368733--56368937	79	2.6	79	83	4	243	25	26	22	24	2.00
56374581--56374842	79	3.3	80	90	4	372	25	27	21	24	1.99
56374579--56374842	119	2.2	121	83	9	346	26	28	21	24	1.99
56374560--56374842	40	7.1	40	80	9	321	25	27	21	25	1.99
56385431--56385691	37	7.0	37	78	3	238	28	17	17	36	1.92
56385459--56385691	75	3.1	75	79	2	204	29	17	16	36	1.92
56385459--56385688	112	2.1	110	89	1	343	29	17	16	36	1.92
56387746--56387788	18	2.4	18	92	0	68	62	0	20	16	1.32
56387746--56387788	6	7.2	6	79	10	52	62	0	20	16	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56396026--56396050	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
56396966--56396990	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
56397702--56397765	13	4.9	13	77	11	69	32	7	21	37	1.83
56397925--56397972	8	5.6	9	75	24	50	43	0	0	56	0.99
56397925--56397983	19	3.1	19	90	7	84	44	0	0	55	0.99
56399790--56400100	72	4.3	72	93	1	509	55	15	5	23	1.61
56400529--56400576	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
56401505--56401574	21	3.3	21	75	11	79	47	7	10	35	1.65
56401499--56401560	22	2.7	23	76	14	65	51	4	6	37	1.49
56404328--56404352	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
56411535--56411757	124	1.8	122	84	3	304	30	11	23	34	1.90
56411752--56411881	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
56411714--56411881	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
56419581--56419805	124	1.8	124	86	1	326	30	10	23	35	1.89
56419800--56419929	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
56419762--56419929	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
56422695--56422813	38	3.1	37	84	6	148	30	23	22	23	1.99
56422658--56422813	77	2.0	78	82	6	192	31	24	21	22	1.98
56422671--56422797	38	3.3	37	81	5	137	31	22	22	22	1.98
56434191--56434215	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
56434669--56434710	20	2.0	22	86	9	61	47	0	23	28	1.52
56435343--56435404	32	1.9	32	93	0	106	25	16	22	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56442706--56442872	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
56442722--56442872	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
56450713--56450879	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
56450729--56450879	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
56460612--56460678	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
56460728--56460845	23	5.0	24	92	5	188	27	21	21	29	1.98
56463792--56464314	47	11.1	47	92	0	803	33	12	27	26	1.92
56463865--56463939	22	3.3	22	64	29	57	29	13	32	25	1.93
56464284--56464418	48	2.8	48	91	0	216	32	8	28	30	1.86
56464565--56464714	37	4.1	37	89	0	210	23	18	31	27	1.97
56472811--56473166	27	13.2	27	81	5	310	40	21	8	28	1.83
56473162--56473231	27	2.6	27	90	0	104	38	22	17	21	1.93
56473597--56473655	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
56473835--56473920	27	3.2	27	83	8	113	22	22	19	36	1.96
56473813--56473920	54	2.0	53	82	5	128	22	22	19	36	1.95
56474038--56474128	6	14.8	6	75	13	87	18	17	14	49	1.80
56474038--56474137	43	2.3	43	87	0	146	20	16	14	50	1.78
56476080--56476494	27	15.4	27	81	4	354	40	20	8	29	1.82
56476071--56476488	107	3.9	107	79	4	421	40	20	8	30	1.82
56476482--56476692	107	2.0	106	85	0	278	37	21	15	25	1.93
56476507--56476733	81	2.8	80	82	3	267	34	20	18	26	1.95
56476503--56476732	27	8.6	27	82	0	237	34	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56477318--56477456	27	5.2	27	79	9	160	22	23	19	35	1.96
56477319--56477456	53	2.6	53	92	1	231	22	23	19	34	1.96
56477573--56477651	6	12.8	6	77	15	81	17	18	15	48	1.82
56477573--56477651	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
56482600--56482717	54	2.2	53	82	7	139	23	27	27	21	1.99
56483567--56483743	47	3.8	47	77	7	173	22	31	21	24	1.98
56493216--56493383	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
56501265--56501432	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
56504003--56504033	13	2.4	13	100	0	62	32	25	35	6	1.82
56510495--56510539	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
56516024--56516049	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
56518330--56518490	27	6.0	27	77	5	137	39	17	14	28	1.89
56518328--56518490	54	3.0	54	80	4	159	39	17	14	28	1.88
56518356--56518516	81	2.0	81	80	2	180	38	15	13	32	1.86
56518510--56518572	27	2.3	27	80	0	72	17	19	17	46	1.85
56524975--56525162	27	7.0	27	75	9	161	41	18	14	25	1.89
56525002--56525152	81	1.9	82	86	9	220	43	17	14	25	1.87
56524975--56525189	54	4.0	54	77	6	168	39	18	15	26	1.90
56525154--56525244	27	3.4	27	79	0	101	20	18	17	42	1.89
56529293--56529444	29	5.3	29	81	10	145	28	32	11	27	1.92
56529312--56529444	57	2.3	55	81	11	151	27	32	12	27	1.92
56531529--56531584	28	2.0	28	100	0	112	35	32	3	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56533579--56533706	57	2.2	58	80	4	143	32	21	18	27	1.97
56538118--56538166	23	2.1	23	96	0	89	18	0	26	55	1.43
56541741--56541925	50	3.7	49	82	3	199	29	25	18	25	1.98
56541895--56541974	31	2.6	31	95	0	142	33	28	16	21	1.95
56543245--56543294	26	1.9	26	84	15	68	32	6	16	46	1.71
56549531--56549573	17	2.6	16	82	10	50	60	0	2	37	1.10
56549550--56549608	25	2.4	25	76	23	63	61	0	5	33	1.18
56551110--56551285	40	4.5	39	87	6	225	25	29	21	24	1.99
56551117--56551338	40	5.7	39	82	9	206	25	28	21	24	1.99
56559196--56559425	40	5.8	40	83	7	240	25	29	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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