genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79270561--79270613	11	4.9	11	79	11	56	67	5	3	22	1.28
79270561--79270608	10	4.7	10	87	5	60	72	4	4	18	1.17
79271850--79271895	18	2.5	20	79	13	62	67	0	23	8	1.18
79273185--79273261	27	2.9	27	86	3	93	27	15	19	37	1.92
79273228--79273758	27	19.7	27	85	4	596	32	10	19	38	1.86
79276934--79276995	27	2.3	27	91	0	97	35	11	12	40	1.80
79276947--79277365	27	15.7	27	80	6	385	32	9	18	39	1.83
79276974--79277365	80	4.9	80	80	5	393	32	9	18	39	1.83
79276947--79277365	53	7.8	53	80	8	413	32	9	18	39	1.83
79280509--79280585	27	2.9	27	86	0	91	27	15	19	37	1.92
79280539--79280600	27	2.3	27	100	0	124	33	11	12	41	1.79
79280552--79281081	27	19.7	27	79	7	445	29	9	21	39	1.84
79280579--79281081	81	6.2	81	81	6	520	29	9	21	39	1.84
79282813--79282989	40	4.4	40	84	4	225	25	27	22	24	2.00
79282813--79282989	80	2.2	79	89	5	259	25	27	22	24	2.00
79286011--79286178	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
79289030--79289129	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
79296961--79297029	28	2.5	28	90	4	115	31	28	13	26	1.93
79301109--79301274	49	3.4	49	97	0	314	33	7	27	31	1.85
79301266--79301290	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
79301357--79301443	37	2.3	36	90	5	129	20	19	33	26	1.97
79306422--79306520	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79312278--79312441	40	4.1	40	78	6	179	24	21	28	25	1.99
79312278--79312441	80	2.0	80	83	2	204	24	21	28	25	1.99
79317719--79317844	62	2.0	63	98	1	245	34	21	20	23	1.96
79321548--79321648	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79321577--79321648	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79329360--79329460	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
79329389--79329460	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
79334423--79334545	43	2.9	42	75	10	106	27	16	21	34	1.95
79337043--79337108	33	2.0	33	100	0	132	30	18	9	42	1.81
79337269--79337538	135	2.0	135	98	0	522	36	19	12	31	1.89
79338097--79338438	47	7.3	47	92	0	549	27	29	9	33	1.88
79344809--79344900	37	2.5	37	92	1	157	27	32	17	22	1.96
79344967--79345457	49	10.1	49	95	0	860	29	29	9	31	1.89
79349032--79349342	40	7.8	40	93	0	489	25	27	21	26	1.99
79351205--79351295	37	2.4	37	94	1	155	26	32	17	23	1.96
79351362--79351560	49	4.1	49	97	0	371	30	28	9	32	1.88
79351798--79351878	40	2.0	40	100	0	162	32	32	14	20	1.93
79352443--79352477	2	17.5	2	87	0	52	48	2	2	45	1.32
79352635--79352696	2	32.0	2	83	6	74	51	6	0	41	1.27
79353212--79353248	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
79353210--79353258	11	4.5	11	82	12	57	44	0	55	0	0.99
79353519--79353554	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79353518--79353555	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
79353518--79353594	33	2.3	32	82	6	100	11	6	18	63	1.48
79353994--79354097	35	3.0	35	92	2	176	22	11	50	16	1.77
79354806--79354952	54	2.9	50	80	12	183	34	19	16	29	1.94
79355009--79355596	70	8.2	70	92	5	980	31	20	15	32	1.94
79355009--79355596	217	2.7	217	96	2	1084	31	20	15	32	1.94
79371057--79371106	22	2.3	21	90	6	82	54	8	0	38	1.30
79371627--79371662	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
79371629--79371673	11	4.1	11	88	5	56	42	0	57	0	0.98
79371936--79371971	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
79371935--79371972	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
79371934--79372010	31	2.4	31	82	6	100	11	6	18	63	1.48
79371934--79372010	33	2.4	32	83	10	102	11	6	18	63	1.48
79372412--79372517	35	3.0	35	95	0	194	22	12	49	16	1.78
79381155--79381189	17	2.1	17	88	0	52	40	37	14	8	1.76
79382599--79382687	44	2.0	44	95	0	160	35	2	26	34	1.69
79382613--79382686	20	3.5	20	68	13	58	31	1	28	39	1.65
79390958--79391132	46	3.8	46	78	14	207	20	21	29	29	1.98
79390955--79391125	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	28	1.98
79393427--79393464	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
79399296--79399589	45	6.4	45	85	2	245	25	29	17	27	1.98
79399329--79399633	45	6.7	45	83	4	346	25	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79399329--79399633	135	2.2	136	83	5	384	25	29	17	28	1.97
79417160--79417204	22	2.0	22	83	8	56	40	0	35	24	1.56
79417752--79417812	7	8.9	7	76	3	61	29	26	16	27	1.97
79417780--79417819	21	1.9	21	89	0	62	37	30	10	22	1.87
79418978--79419034	20	2.8	20	75	17	64	29	5	24	40	1.77
79421079--79421134	9	5.9	9	81	14	51	62	0	0	37	0.95
79421080--79421130	18	2.7	18	87	6	66	62	0	0	37	0.95
79421079--79421234	71	2.2	68	80	6	170	57	5	2	34	1.34
79421407--79421448	23	1.9	21	90	9	66	42	4	0	52	1.22
79421789--79421904	61	1.9	61	89	0	178	34	9	10	45	1.71
79422120--79422149	14	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
79422120--79422153	16	2.2	15	89	5	50	67	0	0	32	0.91
79431166--79431245	12	7.2	12	81	16	109	41	33	5	20	1.74
79431166--79431245	22	3.6	22	98	0	151	41	33	5	20	1.74
79432788--79432846	29	2.0	29	93	0	100	35	25	11	27	1.91
79436291--79436531	124	1.9	124	96	0	446	38	12	12	36	1.81
79442379--79442627	125	2.0	125	100	0	498	30	13	31	24	1.94
79447667--79447729	32	2.0	32	87	0	90	28	17	20	33	1.95
79453006--79453218	46	4.5	48	77	5	195	23	26	19	30	1.98
79453006--79453218	94	2.3	93	81	4	250	23	26	19	30	1.98
79455639--79455672	17	1.9	17	88	5	50	8	26	44	20	1.81
79474220--79474324	34	3.1	34	81	6	106	27	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79477081--79477247	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
79485090--79485240	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
79502063--79502211	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
79502104--79502211	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
79508097--79508157	26	2.3	27	86	5	81	36	13	19	31	1.90
79517670--79517818	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
79517711--79517818	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
79520185--79520389	52	3.8	54	76	4	202	20	22	18	38	1.94
79523016--79523042	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
79529204--79529237	16	2.1	16	100	0	68	20	0	23	55	1.43
79530319--79530370	12	4.2	12	79	13	52	26	1	0	71	0.97
79530300--79530377	37	2.1	37	90	2	122	25	3	0	70	1.04
79539218--79539265	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
79539302--79539368	20	3.3	20	89	0	107	34	11	19	34	1.88
79539419--79539534	23	5.0	23	86	9	155	26	22	22	28	1.99
79539731--79539791	31	2.0	31	86	0	86	36	16	24	22	1.94
79547290--79547337	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79547385--79547440	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
79547374--79547440	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
79547491--79547607	23	5.0	23	89	4	164	26	21	22	29	1.99
79549425--79549527	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
79551012--79551075	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79560951--79561158	40	5.2	40	84	2	249	26	27	21	24	1.99
79562969--79563117	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
79563010--79563117	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
79566210--79566322	28	4.0	28	95	0	199	29	30	13	26	1.94
79568782--79568808	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
79580590--79580768	40	4.5	40	79	6	177	24	24	27	22	2.00
79580590--79580768	79	2.2	80	82	7	213	24	24	27	22	2.00
79582911--79583010	41	2.4	41	93	0	173	24	23	26	27	2.00
79583793--79583824	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
79585846--79585946	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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