genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87210919--87210954	18	2.1	18	94	5	65	27	0	0	72	0.85
87213380--87213409	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
87220719--87220759	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
87224462--87224504	22	2.0	22	86	9	61	51	9	2	37	1.47
87225767--87225809	19	2.3	19	79	0	50	25	4	2	67	1.22
87226254--87226304	24	2.3	21	83	10	57	45	3	9	41	1.56
87227056--87227090	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
87229275--87229468	84	2.3	84	92	0	325	15	32	27	23	1.95
87229277--87229493	84	2.6	84	85	4	269	16	33	28	22	1.95
87229463--87229498	18	2.1	18	89	5	56	16	38	27	16	1.90
87233374--87233423	22	2.2	24	82	7	59	62	10	4	24	1.44
87233360--87233423	23	2.7	23	79	13	60	60	10	3	25	1.44
87234847--87234899	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
87236387--87236494	26	4.2	26	89	4	164	37	23	6	33	1.80
87238637--87238669	15	2.2	15	94	0	57	69	3	6	21	1.24
87238631--87238821	98	1.9	99	84	3	251	38	17	15	28	1.90
87238730--87239454	87	8.1	88	80	9	695	37	18	16	28	1.92
87239089--87239123	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
87238600--87239530	266	3.5	267	83	10	950	36	18	16	28	1.92
87239265--87239313	14	3.5	14	97	0	89	59	4	20	16	1.53
87239178--87239476	103	3.1	100	79	12	347	38	16	15	28	1.90
87239092--87239476	190	2.0	191	92	5	645	39	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87239390--87239617	76	3.1	74	85	2	332	32	21	15	29	1.95
87239390--87239603	73	2.9	74	87	2	304	30	22	16	29	1.96
87252463--87252519	29	1.9	30	82	3	71	43	12	21	22	1.85
87256813--87256842	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
87261705--87261743	21	1.9	20	84	5	51	25	0	7	66	1.18
87262630--87262691	18	3.2	19	78	13	81	41	0	3	54	1.16
87262626--87262700	39	1.9	38	94	2	132	45	0	2	52	1.15
87262631--87262696	21	3.3	20	76	19	75	42	0	3	54	1.15
87265642--87265691	26	2.0	26	84	7	68	60	2	0	38	1.09
87265677--87265735	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
87266374--87266421	21	2.3	21	96	0	87	43	0	4	52	1.20
87268293--87268333	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
87280036--87280082	23	2.0	23	100	0	94	23	17	21	38	1.93
87281193--87281232	14	2.7	15	80	7	55	50	7	0	42	1.30
87281186--87281241	15	3.7	15	80	7	69	48	5	3	42	1.43
87281193--87281257	29	2.2	31	83	5	80	47	10	1	40	1.48
87292253--87292325	23	3.2	23	67	18	62	36	15	13	34	1.86
87292230--87292445	46	4.7	46	80	7	181	31	20	14	32	1.93
87292230--87292445	91	2.4	91	80	4	222	31	20	14	32	1.93
87294152--87294188	14	2.6	14	88	12	58	2	8	2	86	0.76
87296160--87296303	62	2.3	62	90	0	216	22	27	25	25	2.00
87296160--87296326	62	2.7	60	83	7	208	19	27	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87304435--87304505	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
87304435--87304565	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
87307864--87307942	37	2.2	36	84	6	97	29	6	2	62	1.33
87309015--87309140	26	4.8	26	90	3	200	34	3	21	41	1.69
87309005--87309140	52	2.6	52	96	0	254	34	2	22	40	1.69
87312336--87312378	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
87317207--87317300	13	7.3	12	67	23	50	32	3	21	42	1.69
87317190--87317324	52	2.6	52	95	1	245	33	2	22	40	1.69
87317190--87317324	26	5.2	26	90	1	218	33	2	22	40	1.69
87320198--87320246	19	2.6	19	74	3	55	67	2	4	26	1.19
87321238--87321291	7	7.7	7	89	0	81	29	0	25	44	1.54
87321792--87321816	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
87329744--87329788	22	2.0	22	82	0	54	22	0	33	44	1.53
87329749--87329783	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
87329744--87329909	7	22.7	7	70	14	77	21	0	37	40	1.58
87330012--87330047	14	2.6	14	86	0	54	22	0	33	44	1.53
87330071--87330105	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
87330700--87330724	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
87330698--87330768	14	4.7	15	76	11	65	69	1	1	28	1.06
87330697--87330780	30	2.8	31	73	8	84	64	1	1	33	1.09
87330697--87330748	15	3.5	15	81	0	68	69	0	0	30	0.89
87330698--87330754	22	2.6	22	83	5	71	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87330906--87331030	41	3.0	41	80	6	128	40	14	18	26	1.89
87335313--87335521	43	4.9	43	84	0	274	24	17	32	25	1.97
87342478--87342530	15	3.5	15	71	19	56	66	1	5	26	1.25
87342503--87342574	37	1.9	38	83	13	96	58	2	9	29	1.44
87342743--87342793	24	2.1	25	85	3	68	56	7	0	35	1.28
87342866--87342905	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
87342960--87342997	20	1.9	20	94	0	67	57	13	0	28	1.36
87345276--87345319	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
87347201--87347235	16	2.2	16	90	5	54	88	2	8	0	0.61
87347231--87347265	15	2.3	15	95	0	61	62	31	0	5	1.18
87347231--87347266	16	2.3	15	90	4	54	63	30	0	5	1.17
87347864--87347898	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
87352360--87352749	195	2.0	195	98	0	753	30	21	23	25	1.99
87355277--87355540	71	3.7	69	83	6	323	25	14	22	37	1.92
87355419--87355664	122	2.0	123	90	2	388	24	13	21	39	1.90
87355540--87355987	71	6.2	71	71	14	247	27	16	18	37	1.93
87355110--87355701	263	2.3	261	93	3	795	25	14	22	37	1.92
87355942--87356037	51	1.9	50	87	6	142	27	17	20	34	1.95
87355792--87356351	199	2.8	198	88	6	793	31	17	18	32	1.94
87356049--87356184	72	1.9	70	93	3	236	34	16	16	32	1.92
87356141--87356235	48	2.0	48	95	0	172	29	16	20	33	1.95
87356189--87356333	71	2.0	73	86	6	206	32	16	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87356399--87356543	74	1.9	75	90	2	229	30	17	22	28	1.97
87356239--87356717	165	2.9	166	86	4	612	30	17	19	32	1.95
87356574--87357080	79	6.5	73	75	12	397	29	16	19	34	1.94
87356192--87357036	408	2.1	387	82	7	964	29	17	19	33	1.95
87356573--87357080	72	6.5	76	76	10	411	29	16	19	34	1.94
87356932--87356967	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
87356876--87357037	88	1.8	88	85	2	227	26	17	19	36	1.94
87357062--87357123	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
87356713--87357291	254	2.3	248	85	6	753	27	16	18	36	1.93
87357916--87358000	16	5.7	16	73	18	67	69	23	3	3	1.20
87357935--87357968	15	2.3	15	90	5	52	88	2	8	0	0.62
87357922--87358012	42	2.1	41	84	8	110	72	18	5	3	1.18
87357959--87358001	17	2.6	16	85	7	59	67	25	2	4	1.22
87360132--87360184	28	1.9	28	84	3	72	28	18	26	26	1.98
87361190--87361226	17	2.2	17	100	0	74	51	10	0	37	1.37
87365125--87365186	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
87366394--87366501	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
87368097--87368201	27	3.9	27	85	9	126	20	24	20	34	1.96
87370823--87370870	2	24.5	2	83	12	64	52	0	2	45	1.12
87374268--87374403	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
87378082--87378111	1	30.0	1	93	0	51	0	0	3	96	0.21
87379582--87379666	25	3.3	24	72	16	71	22	3	5	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87379581--87379651	28	2.6	27	74	14	72	22	4	5	67	1.29
87379773--87379830	26	2.2	26	84	6	73	27	10	1	60	1.39
87379803--87379845	22	2.0	22	85	0	59	27	6	6	58	1.50
87379843--87379899	26	2.2	26	83	0	69	24	3	3	68	1.21
87379841--87379881	21	2.1	19	86	9	55	24	2	4	68	1.22
87380900--87380950	24	2.3	21	83	10	57	45	3	9	41	1.56
87381838--87381977	42	3.3	43	87	3	192	32	24	20	23	1.98
87382271--87382318	21	2.3	21	96	0	87	0	58	20	20	1.40
87388185--87388671	241	2.0	241	96	0	902	32	14	18	34	1.91
87390081--87390124	17	2.5	17	88	3	70	56	11	4	27	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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