genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38733029--38733136	26	4.2	26	95	1	175	33	5	24	37	1.79
38733029--38733136	51	2.1	51	91	3	173	33	5	24	37	1.79
38742361--38742423	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
38742949--38742998	23	2.2	22	86	6	73	4	2	24	70	1.15
38743731--38744726	72	13.5	73	85	4	1191	32	20	16	31	1.94
38743731--38744726	224	4.5	220	85	5	1222	32	20	16	31	1.94
38743726--38744726	369	2.7	370	91	2	1589	32	20	16	30	1.94
38749708--38749743	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
38751641--38751695	15	3.7	15	75	2	58	52	3	7	36	1.47
38752304--38752356	27	2.0	27	96	0	97	3	1	28	66	1.20
38753774--38753821	19	2.9	16	82	14	53	70	4	8	16	1.27
38753934--38754216	3	93.3	3	71	15	156	61	2	7	28	1.36
38754103--38754215	22	5.5	21	72	23	82	61	0	10	28	1.29
38755275--38755307	17	1.9	17	93	0	57	6	0	42	51	1.26
38755276--38755316	17	2.4	17	87	0	55	7	0	36	56	1.27
38755536--38756185	181	3.6	181	88	2	930	28	20	17	32	1.96
38755542--38756160	45	13.7	43	69	15	299	29	20	17	32	1.96
38756133--38756579	88	5.1	88	83	5	519	22	24	20	32	1.98
38756122--38756548	44	9.7	44	67	15	222	22	24	20	33	1.97
38758309--38758344	10	3.7	10	85	7	56	2	13	0	83	0.76
38758302--38758344	19	2.2	19	95	4	77	4	11	0	83	0.78
38759085--38759115	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38760076--38760112	15	2.4	16	82	13	51	48	43	8	0	1.32
38760500--38760635	26	5.2	26	96	0	245	33	3	25	37	1.74
38762116--38762164	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
38762412--38762698	137	2.1	137	97	0	538	24	18	24	31	1.98
38764391--38764437	18	2.7	18	87	6	62	38	2	0	59	1.09
38764391--38764448	16	3.5	17	81	9	66	39	1	0	58	1.08
38764821--38764852	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
38768456--38768503	19	2.9	16	82	14	53	70	4	8	16	1.27
38768616--38768906	3	96.7	3	70	15	156	60	2	7	29	1.37
38768903--38768931	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
38771302--38771331	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
38771298--38771360	27	2.3	26	78	10	72	39	0	9	50	1.35
38772599--38772652	26	2.3	22	80	20	65	18	20	3	57	1.55
38772609--38772662	26	2.0	27	96	3	101	20	20	7	51	1.70
38782791--38782825	17	2.1	17	89	10	54	40	0	2	57	1.14
38786303--38786386	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
38787867--38787915	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
38792082--38792139	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
38793614--38793662	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
38796087--38796111	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
38797444--38797475	15	2.0	17	88	11	50	53	3	12	31	1.54
38797865--38797904	21	1.9	21	89	0	62	60	10	0	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38798242--38798281	18	2.2	18	86	0	53	57	2	12	27	1.48
38802274--38802634	44	8.2	44	91	0	589	27	14	31	26	1.95
38804350--38804379	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
38804669--38804699	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
38806590--38806630	22	2.0	20	85	9	55	46	4	7	41	1.53
38810145--38810181	18	2.0	19	89	5	58	48	0	21	29	1.50
38813196--38813260	33	2.0	33	82	17	82	40	0	16	43	1.49
38816682--38816723	21	2.0	20	86	4	57	47	21	16	14	1.82
38817342--38817379	19	2.0	19	89	0	58	13	23	36	26	1.91
38829676--38829717	2	20.5	2	86	13	59	47	0	4	47	1.23
38832513--38832596	26	3.2	26	93	0	141	33	4	23	38	1.76
38836837--38836865	14	2.0	15	93	6	51	41	6	17	34	1.76
38838155--38838200	22	2.1	22	91	0	74	30	10	2	56	1.46
38840253--38840294	19	2.1	21	86	8	61	57	4	7	30	1.47
38841899--38842052	69	2.2	69	82	3	193	31	7	40	20	1.79
38848188--38848243	28	2.0	28	96	0	103	28	8	25	37	1.86
38850217--38850271	15	3.3	18	70	19	64	25	12	3	58	1.51
38850227--38850279	16	3.2	17	73	10	65	22	15	3	58	1.53
38850515--38850566	17	2.9	18	70	18	54	50	1	1	46	1.23
38853739--38853917	62	2.9	62	82	0	216	26	24	25	23	2.00
38861541--38861648	30	3.6	30	85	0	117	34	12	18	35	1.88
38866366--38866435	26	2.5	27	76	17	63	41	5	1	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38866373--38866439	29	2.3	30	78	16	79	41	4	1	52	1.31
38872181--38872291	34	3.3	34	81	5	134	37	6	19	36	1.78
38872364--38872501	59	2.3	61	79	8	167	32	13	26	27	1.93
38877083--38877162	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
38889982--38890097	34	3.4	34	83	2	144	38	4	18	37	1.71
38890167--38890297	59	2.2	61	78	8	144	34	12	25	27	1.93
38893788--38893822	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
38894204--38894262	10	5.4	12	71	22	58	64	0	1	33	1.04
38894155--38894266	42	2.7	42	77	11	115	63	0	6	30	1.19
38894221--38894266	12	3.8	12	88	5	65	65	0	2	32	1.05
38894328--38894370	18	2.4	18	84	3	52	65	0	0	34	0.93
38898544--38898642	3	34.0	3	73	9	80	60	0	7	32	1.23
38898947--38899050	11	8.9	11	65	18	50	54	4	6	33	1.48
38898976--38899060	21	3.7	23	71	16	68	56	4	5	32	1.44
38898976--38899062	25	3.7	24	70	16	65	56	4	5	33	1.44
38900120--38900330	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
38900086--38900372	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
38902165--38902300	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
38906058--38906268	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
38906024--38906310	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
38906558--38906611	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
38906575--38906650	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38908096--38908231	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
38910523--38910890	44	8.5	42	69	12	171	19	23	22	34	1.96
38910472--38910890	174	2.4	172	84	6	519	19	23	21	35	1.96
38910466--38910890	86	4.9	87	82	9	465	19	23	21	35	1.96
38910523--38910909	130	3.0	127	71	16	312	19	22	22	34	1.96
38910484--38910897	44	9.5	43	70	15	131	20	23	22	34	1.97
38910974--38911097	64	1.9	64	90	0	194	37	12	17	32	1.88
38922482--38922657	46	3.8	46	80	12	225	20	20	29	29	1.98
38922479--38922650	93	1.8	93	97	0	326	20	20	29	28	1.98
38926137--38926184	24	2.0	24	100	0	96	16	4	20	58	1.55
38926475--38926570	3	32.7	3	69	12	56	33	8	1	57	1.36
38926476--38926535	24	2.4	25	81	10	70	33	6	0	60	1.23
38926763--38926848	3	28.7	3	72	9	59	32	3	2	61	1.25
38926763--38926857	21	4.4	21	73	10	75	32	5	2	60	1.31
38926912--38926969	23	2.4	25	77	13	68	39	1	3	55	1.27
38926952--38926997	20	2.3	20	84	0	56	34	2	2	60	1.21
38927018--38927047	14	2.1	14	93	0	51	30	10	0	60	1.30
38927105--38927162	23	2.6	23	83	8	66	34	3	5	56	1.38
38927091--38927217	58	2.2	59	81	8	143	32	3	6	57	1.42
38927213--38927288	24	3.3	22	78	7	62	39	5	3	51	1.43
38927349--38927410	29	2.1	29	85	5	81	27	4	4	62	1.36
38927380--38927443	25	2.5	25	82	2	83	32	7	6	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38939549--38939585	12	3.2	12	92	3	58	37	21	13	27	1.91
38939872--38940119	85	2.9	84	87	6	347	27	17	19	35	1.94
38940355--38940393	19	2.1	19	85	0	51	25	20	30	23	1.98
38940377--38940426	21	2.4	21	75	0	55	26	14	34	26	1.94
38941898--38941982	27	3.3	26	74	21	72	31	9	1	57	1.38
38941915--38941982	24	2.7	27	78	17	74	32	8	1	57	1.39
38942162--38942295	3	44.0	3	65	14	51	31	7	3	57	1.44
38942469--38942498	14	2.1	14	100	0	60	33	6	0	60	1.23
38942493--38942627	64	2.2	60	80	10	148	34	5	5	53	1.50
38942556--38942615	23	2.6	23	84	7	68	35	3	5	56	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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