Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  55  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19420656--19420698
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0
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0
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50
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4.1
41
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2
232
19
24
21
34
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
26
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2.2
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19
21
33
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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201
33
24
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1.90
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28
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70
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
19585995--19586046
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1.10
19585995--19586046
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26
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56
40
13
8
37
1.76
19599284--19599329
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
19606292--19606335
8
5.5
8
97
0
79
45
0
0
54
0.99
19606882--19606930
8
5.8
8
90
4
62
40
2
0
57
1.10
19606912--19606938
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
19607925--19607953
13
2.3
13
94
5
51
31
3
20
44
1.68
19614042--19614245
46
4.5
45
81
11
188
23
30
20
25
1.98
19614085--19614301
92
2.4
91
82
4
249
22
31
19
26
1.98
19614085--19614293
46
4.6
44
79
11
181
22
31
19
27
1.97
19617880--19617989
58
1.9
58
86
3
159
22
20
25
31
1.98
19624181--19624209
6
4.8
6
100
0
58
0
17
13
68
1.20
19629973--19630085
38
2.9
38
89
2
154
22
24
27
25
2.00
19629989--19630091
38
2.7
38
92
0
161
21
24
26
28
1.99
19630068--19630200
43
3.1
43
92
2
207
12
24
33
30
1.92
19636419--19636445
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19638619--19638661
13
3.4
13
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6
52
18
0
2
79
0.85
19638608--19638661
27
2.1
25
83
10
65
16
1
3
77
1.00
19638618--19638661
12
3.4
13
81
9
54
18
0
2
79
0.83
19647687--19647717
15
2.1
15
93
0
53
51
9
25
12
1.70
19652934--19652980
10
4.7
10
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10
51
36
0
0
63
0.94
19652933--19652990
30
1.9
30
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0
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41
0
1
56
1.09
19652933--19653002
30
2.3
29
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7
77
42
0
1
55
1.08
19654277--19654368
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2.1
43
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0
175
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8
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40
1.73
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10.0
3
100
0
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0
0
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0.92
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2.1
95
100
0
390
40
16
9
33
1.80
19664554--19664661
44
2.4
44
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3
144
29
23
13
33
1.93
19666297--19666470
46
3.8
46
75
13
167
21
19
28
30
1.98
19666292--19666462
93
1.8
93
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2
272
22
20
28
29
1.98
19669714--19669739
12
2.2
12
100
0
52
50
7
15
26
1.71
19672347--19672428
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16.4
5
100
0
164
40
0
0
59
0.97
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43
4.5
43
89
2
277
32
31
24
12
1.92
19676918--19677137
86
2.6
86
86
1
309
32
31
23
12
1.92
19682238--19682282
22
2.0
23
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4
83
42
22
17
17
1.89
19682473--19682592
23
4.7
27
87
9
132
45
32
5
16
1.69
19687697--19687753
11
5.2
10
74
17
51
3
19
3
73
1.12
19689907--19689944
15
2.4
17
82
8
53
63
10
0
26
1.27
19689909--19689944
16
2.3
16
90
4
56
63
11
0
25
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19689909--19689978
31
2.3
30
75
7
77
57
15
4
22
1.56
19699717--19699775
21
2.8
21
78
12
59
69
8
0
22
1.15
19699822--19699854
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
19705733--19705804
28
2.8
24
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12
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4
59
1.50
19711303--19711351
6
8.2
6
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0
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30
40
0
28
1.57
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2
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2
100
0
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0
50
0
50
1.00
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10
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10
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17
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40
0
1
58
1.08
19721430--19721491
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21
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15
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41
0
1
56
1.09
19721433--19721529
28
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27
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12
97
40
0
2
57
1.10
19721460--19721545
38
2.2
40
85
8
113
43
0
2
54
1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335