Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  87  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28669205--28669237
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2.4
14
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0
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18
12
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28669061--28669393
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28669306--28669495
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1.8
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4
285
28
15
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1.89
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87
2.3
88
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225
29
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28670287--28670340
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2.3
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14
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28
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3.5
35
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21
69
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2
0
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1.12
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2
0
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1.12
28679056--28679107
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2.9
18
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5
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67
0
3
28
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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29
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0
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4.2
18
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32
1
3
61
1.22
28688691--28688799
53
2.1
52
94
1
191
32
2
3
61
1.28
28690337--28690379
18
2.4
18
88
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20
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1.81
28693863--28693970
44
2.4
44
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2.2
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30
29
21
18
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292
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30
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1.96
28705033--28705222
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289
30
30
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0
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16
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15
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1.51
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6
82
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14
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34
1.43
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22
2.4
22
81
12
72
41
13
0
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1.43
28707328--28707669
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1.8
187
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2
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0
0
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1.00
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54
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2
100
0
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50
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2.0
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100
0
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37
12
18
31
1.88
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16
2.3
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0
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21
1.91
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32
2.0
31
82
8
76
34
3
3
59
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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73
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1
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1.20
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19
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18
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29
2
2
66
1.14
28746411--28746486
39
1.9
39
100
0
152
34
13
11
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1.81
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2.3
20
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28
6
0
65
1.17
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12
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14
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0
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0
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10
124
37
5
3
53
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28774557--28774664
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4
3
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24
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5
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15
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2
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1.26
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30
3
1
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1.23
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100
0
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1.67
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22
2.1
22
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47
8
2
41
1.46
28779432--28779480
23
2.1
23
100
0
98
28
16
12
42
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28780936--28781003
20
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20
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0
64
30
19
33
16
1.93
28780960--28781011
20
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20
76
11
61
25
19
36
19
1.95
28781015--28781130
40
2.9
40
88
0
151
36
12
28
22
1.91
28787202--28787232
12
2.6
12
94
0
53
32
0
3
64
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28787248--28787285
13
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14
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28
10
5
55
1.56
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7
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7
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2
0
36
1.10
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3
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1
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1.26
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22
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2
0
70
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4
9.8
4
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5
60
18
0
0
81
0.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.9
27
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15
1
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83
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2.1
42
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112
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35
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1.89
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118
2.0
118
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0
390
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17
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1.97
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21
1.9
21
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0
22
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23
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20
3.2
20
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8
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2.0
16
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35
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28850492--28850579
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2.0
44
100
0
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31
22
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28
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2.3
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29
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29
1.97
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16
2.4
18
80
12
50
31
0
2
65
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28874169--28874195
2
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2
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0
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51
0
0
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27
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7
29
1.58
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0
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2
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3
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31
2.3
31
97
0
133
21
29
4
45
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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