Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  89  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29097054--29097471
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1.9
220
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0
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0
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264
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1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
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C
G
T
Entropy
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35
14
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26
1.93
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2.4
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152
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21
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1.94
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12
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19
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2.0
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1.8
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22
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0
0
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39
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39
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2
108
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5
35
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2.0
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1
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48
1.59
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2.6
28
79
8
87
31
1
20
47
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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1.71
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0
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33
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
29189945--29190023
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0
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0
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22
64
24
58
33
13
29
23
1.93
29207639--29207714
23
3.2
25
62
24
63
28
13
34
23
1.92
29208024--29208132
37
2.9
37
95
0
191
22
19
31
26
1.98
29216842--29216918
38
2.0
38
100
0
154
25
10
12
50
1.72
29217407--29217522
51
2.3
51
80
0
133
39
6
12
41
1.68
29218074--29218105
11
2.9
11
95
0
55
37
3
0
59
1.13
29220770--29220809
19
2.1
19
86
9
55
67
5
2
25
1.23
29224421--29224632
25
8.7
25
69
15
124
53
5
8
32
1.54
29224747--29224805
3
19.7
3
100
0
118
66
0
0
33
0.92
29224903--29224949
21
2.2
23
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14
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53
2
8
36
1.44
29225110--29225182
23
3.2
21
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19
58
64
1
5
28
1.24
29225153--29225199
11
4.5
11
76
17
55
68
0
0
31
0.90
29225011--29225176
25
6.7
25
67
23
66
55
4
6
33
1.47
29225314--29225356
10
4.4
9
91
8
59
53
2
0
44
1.13
29225321--29225355
2
18.0
2
94
5
63
51
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29226994--29227046
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
29228524--29228631
25
4.2
26
89
3
166
36
24
5
34
1.79
29228524--29228631
51
2.1
51
89
3
164
36
24
5
34
1.79
29233432--29233469
11
3.4
11
92
7
67
15
47
28
7
1.74
29233435--29233472
12
3.2
12
96
3
69
15
50
23
10
1.75
29235069--29235117
25
2.0
26
84
8
66
24
16
20
38
1.92
29236601--29236710
26
4.2
26
91
0
175
35
24
6
33
1.81
29237654--29237680
10
2.7
10
100
0
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0
18
1.05
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2
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29
1.29
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1.9
29
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13
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62
1
0
35
1.06
29237713--29237762
10
5.3
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78
21
50
66
2
0
32
1.03
29237721--29237830
10
11.3
9
69
16
51
63
1
6
28
1.29
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20
3.5
20
79
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28
4
0
67
1.10
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20
3.5
19
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32
2
1
63
1.18
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20
5.1
18
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10
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32
3
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1.17
29243794--29243839
20
2.3
20
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28
28
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26
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2.2
20
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4
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34
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1.96
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19
2.0
20
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4
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62
0
30
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1.23
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18
2.4
18
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4
0
48
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7
100
0
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28
0
0
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0.86
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3
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3
79
8
195
63
1
3
30
1.23
29255997--29256710
143
5.0
144
84
2
907
27
21
19
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29256157--29256276
44
2.7
45
80
2
134
28
25
20
25
1.99
29255997--29256710
287
2.5
285
85
2
928
27
21
19
32
1.97
29256580--29256793
89
2.4
90
79
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222
29
22
16
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2.1
15
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0
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0
35
0
0.94
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3
74
9
145
60
2
6
29
1.35
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24
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7
25
1.80
29278111--29278137
13
2.1
13
100
0
54
29
29
0
40
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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