genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.334.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97618031--97618837	165	4.8	165	93	2	1303	30	20	19	28	1.98
97618031--97618837	332	2.4	330	92	2	1303	30	20	19	28	1.98
97618691--97618840	74	2.0	75	92	2	248	29	21	18	30	1.97
97618771--97618892	61	2.0	61	93	0	208	24	23	18	33	1.96
97618695--97618973	137	2.0	134	87	7	402	28	23	18	30	1.97
97618832--97618973	76	1.9	76	90	1	223	30	23	17	28	1.97
97618905--97619077	90	1.9	88	85	6	233	32	20	19	26	1.97
97618550--97619974	301	4.7	300	84	10	1591	31	21	18	28	1.97
97618832--97619137	164	1.9	164	86	4	438	31	21	18	28	1.97
97618992--97619133	74	1.9	75	86	2	205	28	22	18	30	1.97
97619072--97619201	60	2.2	59	92	2	215	26	25	16	30	1.97
97618996--97619274	136	2.0	136	86	4	393	28	23	17	30	1.97
97619205--97619375	91	1.9	88	88	5	254	30	21	21	27	1.98
97619286--97619881	72	8.1	74	84	5	692	31	21	18	28	1.97
97619286--97619974	148	4.6	145	82	9	735	32	21	17	28	1.96
97619294--97619967	223	3.0	225	84	6	855	32	21	17	28	1.96
97627892--97627927	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
97629876--97629932	30	2.0	29	83	10	73	52	1	7	38	1.39
97629887--97629973	39	2.2	39	79	4	104	54	4	5	35	1.45
97630703--97630808	53	2.0	54	88	5	162	44	9	18	27	1.81
97635708--97635822	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
97635708--97635841	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97643058--97643173	44	2.6	45	81	4	144	36	12	21	29	1.91
97646053--97646115	20	3.0	20	73	13	65	44	6	0	49	1.28
97656373--97656544	90	1.9	89	81	8	208	27	19	20	32	1.97
97656557--97656744	61	2.9	64	87	7	247	31	19	24	24	1.98
97656614--97656750	68	2.0	69	89	2	213	33	19	21	24	1.97
97656778--97657069	74	3.9	75	92	2	480	30	20	23	26	1.98
97656778--97657069	150	1.9	150	94	0	512	30	20	23	26	1.98
97656985--97657160	91	1.9	90	84	5	230	25	20	20	34	1.97
97658540--97658602	32	2.0	30	90	6	99	44	3	1	50	1.27
97658572--97658618	24	2.0	24	83	8	60	42	4	2	51	1.33
97659969--97660005	17	2.3	17	90	9	60	59	35	0	5	1.20
97659938--97659973	1	36.0	1	88	0	54	94	0	5	0	0.31
97660806--97660843	19	2.1	18	90	5	58	39	0	2	57	1.12
97668988--97669117	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
97669004--97669154	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
97669004--97669154	80	1.9	79	83	6	198	22	27	23	26	2.00
97677035--97677186	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
97677035--97677186	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
97678963--97679012	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
97680859--97681119	23	11.1	23	89	2	378	26	21	23	28	1.99
97680857--97681119	47	5.6	47	92	1	429	26	21	23	28	1.99
97680857--97681120	24	11.2	24	88	3	394	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97681166--97681216	20	2.5	20	93	0	84	31	21	11	35	1.90
97681253--97681300	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
97682047--97682123	39	2.0	39	100	0	154	33	28	15	22	1.94
97683985--97684034	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
97690859--97690908	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
97692972--97693021	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
97695088--97695137	26	1.9	26	91	0	82	38	16	2	44	1.59
97702022--97702073	26	2.0	26	92	0	86	40	13	5	40	1.68
97705028--97705128	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
97712955--97713055	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
97723447--97723591	71	2.2	64	76	10	139	54	9	4	31	1.54
97723862--97723916	19	2.9	18	76	10	65	52	5	1	40	1.35
97724046--97724081	7	5.0	7	86	6	54	69	0	0	30	0.89
97724046--97724083	15	2.6	15	91	4	60	68	0	0	31	0.90
97724051--97724207	21	7.7	19	64	24	63	62	1	4	31	1.26
97724100--97724205	7	15.9	7	69	18	57	62	2	1	33	1.21
97724099--97724190	23	4.3	22	75	15	70	64	3	2	30	1.21
97724109--97724177	32	2.2	31	84	10	86	63	2	2	30	1.23
97724138--97724257	49	2.4	51	76	16	128	60	2	1	35	1.20
97724185--97724300	15	7.4	15	67	14	65	58	0	1	38	1.14
97724217--97724254	19	2.0	19	94	0	67	65	0	0	34	0.93
97724223--97724284	29	2.1	28	88	8	88	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97724217--97724309	46	2.0	45	84	10	118	61	0	2	36	1.08
97724115--97724299	78	2.3	79	78	11	184	59	2	2	36	1.22
97725731--97726227	90	5.5	90	92	0	780	26	26	15	31	1.96
97725769--97726187	45	9.3	45	67	15	240	25	26	15	32	1.96
97725813--97726266	45	10.1	45	68	11	261	25	26	15	31	1.96
97727137--97727161	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
97737708--97737830	67	1.9	63	85	6	165	52	9	6	30	1.59
97737708--97737858	71	2.3	64	80	11	162	52	9	5	31	1.59
97738279--97738340	7	9.6	7	73	16	53	64	1	1	32	1.13
97738281--97738333	12	4.8	12	71	17	51	64	1	1	32	1.15
97738279--97738385	19	5.7	19	73	19	75	62	2	1	32	1.20
97738351--97738385	17	2.0	18	88	5	54	62	2	0	34	1.10
97738396--97738435	19	2.2	18	90	4	62	62	0	0	37	0.95
97738409--97738472	29	2.3	26	84	12	83	62	0	3	34	1.11
97748033--97748282	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
97756207--97756416	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
97761580--97761630	26	2.0	26	92	7	86	39	11	1	47	1.52
97763699--97763749	26	2.0	26	92	7	86	39	11	1	47	1.52
97764819--97764929	41	2.8	40	78	10	127	27	21	23	27	1.99
97764972--97765079	41	2.7	41	88	1	146	26	21	18	33	1.96
97764836--97765345	153	3.3	153	82	6	552	30	20	19	29	1.97
97765779--97765821	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97765786--97765847	14	4.4	13	78	15	52	20	0	30	48	1.50
97765809--97765867	28	2.1	28	81	6	66	25	0	22	52	1.47
97766393--97766467	7	10.6	7	76	2	78	18	5	36	40	1.74
97769532--97774805	363	14.5	363	98	0	10270	36	13	9	39	1.78
97777452--97777585	26	5.2	26	95	1	227	37	24	5	32	1.78
97782396--97782426	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
97785631--97785766	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
97786039--97788983	363	8.1	363	98	0	5720	36	13	9	40	1.77
97786039--97788983	725	4.1	726	99	0	5756	36	13	9	40	1.77
97789020--97789253	9	25.4	9	74	8	150	48	12	0	38	1.48
97789005--97789253	27	9.0	27	74	9	189	47	13	0	38	1.48
97789005--97789277	36	7.2	38	74	13	128	47	13	0	38	1.48
97794857--97794905	21	2.3	21	78	0	53	30	16	51	2	1.56
97795305--97795594	43	6.8	43	95	2	487	23	34	18	23	1.97
97796805--97796855	26	2.0	26	92	7	86	39	11	1	47	1.52
97805554--97805743	39	4.9	39	94	1	319	21	31	22	24	1.98
97805554--97805744	77	2.4	78	93	1	330	21	31	22	24	1.98
97813083--97813272	39	4.9	39	94	1	319	21	31	22	24	1.98
97813083--97813273	77	2.4	78	93	1	330	21	31	22	24	1.98
97818295--97818337	2	20.5	2	86	9	59	48	4	2	44	1.36
97818489--97818524	7	5.0	7	86	6	54	69	0	0	30	0.89
97818416--97818509	40	2.3	42	76	9	95	53	1	3	42	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97818489--97818526	15	2.6	15	91	4	60	68	0	0	31	0.90
97818543--97818647	7	15.9	7	69	20	57	62	2	1	32	1.20
97818552--97818636	32	2.6	31	83	10	91	64	3	2	29	1.22
97818659--97818696	19	2.0	19	94	0	67	65	0	0	34	0.93
97818665--97818726	29	2.1	28	88	8	88	62	0	0	37	0.95
97820176--97820580	90	4.5	90	90	1	591	27	26	15	31	1.96
97820176--97820613	45	9.8	45	67	14	172	27	26	15	30	1.96
97821490--97821514	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
97824994--97825028	11	3.1	11	95	4	61	51	8	22	17	1.72
97828524--97828549	12	2.2	12	100	0	52	19	26	15	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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