genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85307038--85307373	145	2.4	141	93	2	564	31	12	30	26	1.92
85307183--85307257	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
85307347--85307483	46	3.0	46	90	0	211	33	8	32	25	1.87
85310412--85310444	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
85313235--85313279	17	2.8	16	86	6	63	75	0	8	15	1.03
85313250--85313290	11	3.9	11	87	12	59	75	0	4	19	0.98
85313215--85313305	5	17.8	5	74	18	64	73	0	6	19	1.05
85313225--85313279	16	3.4	16	82	5	65	72	0	9	18	1.10
85327543--85327619	40	1.9	40	97	0	145	33	5	23	37	1.77
85329119--85329170	25	2.0	26	85	10	72	36	23	13	26	1.92
85331813--85332009	54	3.6	54	81	4	236	35	17	25	21	1.95
85342702--85342811	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
85344597--85344882	137	2.1	137	96	0	527	24	18	24	31	1.98
85344814--85344890	32	2.4	32	75	12	77	24	23	25	25	2.00
85348102--85348269	40	4.2	40	80	4	169	25	22	27	24	2.00
85353114--85353223	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
85355003--85355288	137	2.1	137	95	0	509	24	18	25	32	1.97
85358836--85358860	13	1.9	13	100	0	50	16	16	40	28	1.89
85359541--85359582	12	3.5	12	80	6	50	16	14	0	69	1.20
85366010--85366048	8	5.0	8	81	6	53	69	0	2	28	1.02
85365977--85366048	23	3.1	23	78	4	74	63	1	4	30	1.21
85366009--85366047	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85367667--85368099	44	9.8	44	69	13	191	30	24	15	29	1.96
85367729--85368054	132	2.5	132	91	1	528	31	23	15	29	1.95
85367905--85368187	88	3.2	88	72	14	294	31	24	16	27	1.97
85367825--85368188	176	2.1	178	88	2	545	29	24	16	29	1.96
85368048--85368482	220	2.0	218	83	6	497	28	22	17	31	1.96
85368043--85368292	131	1.9	132	86	2	360	29	23	16	30	1.96
85367770--85368412	308	2.1	307	83	5	800	30	23	16	29	1.96
85369421--85369481	7	9.0	7	79	16	67	0	16	0	83	0.64
85369414--85369470	27	2.1	28	80	9	64	1	21	0	77	0.86
85369421--85369481	16	3.9	15	78	21	72	0	16	0	83	0.64
85369421--85369489	20	3.3	21	80	15	72	0	17	0	82	0.67
85371788--85371958	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
85379822--85379992	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
85386250--85386321	23	3.1	23	80	4	83	62	1	4	31	1.23
85386309--85386374	24	2.6	25	76	19	66	57	0	7	34	1.27
85388352--85388448	51	1.9	50	83	10	126	60	1	2	36	1.15
85388406--85388436	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
85388411--85388441	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
85390154--85390696	205	2.6	205	95	0	969	28	21	18	30	1.97
85396477--85396836	49	7.5	49	94	2	567	28	31	8	31	1.87
85396758--85396835	25	3.2	25	63	17	65	30	32	8	28	1.88
85401002--85401054	14	3.7	14	77	20	56	43	13	22	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85401075--85401104	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
85403971--85404152	40	4.6	40	90	1	267	28	28	22	21	1.99
85408215--85408243	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
85408227--85408306	25	3.2	25	73	16	76	55	3	2	38	1.32
85408330--85408472	15	9.3	16	68	22	60	59	0	3	37	1.15
85408344--85408409	30	2.3	29	80	14	75	57	0	3	39	1.14
85408488--85408518	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
85408434--85408530	51	1.9	50	83	10	126	60	1	2	36	1.15
85408493--85408523	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
85411068--85411114	21	2.4	19	85	7	58	44	0	0	55	0.99
85411355--85411402	13	3.7	13	77	0	60	35	25	6	33	1.81
85411731--85411762	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
85413921--85414071	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
85413918--85414078	81	2.0	81	87	0	232	32	8	20	39	1.82
85413918--85414071	27	5.7	27	83	0	209	31	7	20	39	1.81
85413929--85414098	81	2.1	81	78	2	189	33	7	20	38	1.81
85414066--85414306	27	8.9	27	85	7	310	40	9	23	27	1.84
85414065--85414314	54	4.6	54	91	0	401	39	8	23	28	1.84
85414064--85414314	81	3.1	81	84	6	364	39	8	23	28	1.84
85417785--85418033	27	9.2	27	86	0	318	39	8	23	28	1.83
85417785--85418033	54	4.6	54	90	0	390	39	8	23	28	1.83
85419127--85419185	7	8.0	7	77	22	59	28	0	0	71	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85419138--85419180	10	4.3	10	88	11	70	27	0	0	72	0.85
85419126--85419185	14	4.0	15	79	20	72	28	0	0	71	0.86
85425746--85425795	20	2.4	21	81	18	61	32	0	2	66	1.03
85425886--85425939	25	2.1	26	83	10	67	27	3	0	68	1.06
85425931--85425990	18	3.2	18	73	13	66	35	3	6	55	1.43
85425879--85425990	36	3.0	36	81	11	95	30	4	3	61	1.32
85426079--85426122	17	2.5	17	88	3	61	34	2	2	61	1.21
85426148--85426198	17	2.9	18	82	11	61	39	0	0	60	0.97
85426224--85426295	15	4.6	16	74	17	62	25	5	2	66	1.27
85426318--85426358	21	2.0	21	85	9	57	29	2	2	65	1.18
85434187--85434446	41	6.4	40	85	5	297	33	21	23	21	1.97
85434187--85434446	81	3.2	78	83	8	304	33	21	23	21	1.97
85434776--85434818	21	2.0	20	82	13	50	25	2	27	44	1.66
85434853--85434920	14	4.8	15	77	13	65	20	0	45	33	1.52
85434823--85434884	32	1.9	32	83	0	79	19	0	37	43	1.51
85434888--85434920	7	4.7	7	96	0	57	21	0	48	30	1.50
85435447--85435534	42	2.1	42	91	6	144	37	13	22	26	1.91
85440269--85440316	21	2.3	21	96	0	87	22	16	58	2	1.49
85440613--85440837	43	5.3	43	90	2	337	24	21	25	28	1.99
85441255--85441290	17	2.1	17	94	0	63	19	22	13	44	1.86
85442146--85442182	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
85442468--85442512	22	2.0	22	100	0	90	40	13	0	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85448415--85448443	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
85450450--85450806	45	7.8	45	68	13	201	27	21	18	32	1.96
85450364--85450803	137	3.2	137	90	2	668	27	21	19	31	1.97
85450363--85450939	274	2.1	274	78	8	584	28	20	19	31	1.97
85460198--85460294	32	3.0	32	96	0	185	31	6	23	38	1.80
85461779--85461831	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
85465991--85466083	32	2.9	32	96	0	177	32	6	23	37	1.80
85467568--85467620	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
85471838--85471863	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85473871--85473949	39	2.0	39	100	0	158	45	5	22	26	1.73
85475690--85475715	9	2.9	9	100	0	52	11	11	23	53	1.69
85482329--85482425	32	3.0	32	95	0	176	38	22	6	32	1.79
85488118--85488214	32	3.0	32	92	0	167	37	22	7	32	1.82
85489684--85489723	19	2.1	19	100	0	80	50	10	10	30	1.69
85493157--85493186	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
85493698--85493740	19	2.4	18	82	14	54	51	2	0	46	1.13
85497888--85497944	4	15.0	4	75	17	59	50	1	21	26	1.58
85497892--85497944	22	2.3	23	80	6	63	50	1	20	26	1.58
85501821--85501888	32	2.1	33	94	2	120	16	0	32	51	1.45
85502083--85502107	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
85505079--85505128	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
85506712--85506742	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85511573--85511639	26	2.6	26	92	0	116	32	5	26	34	1.81
85514829--85515039	64	3.2	64	62	20	142	30	26	17	26	1.97
85514795--85515081	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
85515328--85515380	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
85516863--85516998	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
85518349--85518381	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
85518989--85519016	6	4.7	6	100	0	56	17	32	35	14	1.90
85520025--85520078	15	3.6	15	90	7	83	0	24	0	75	0.80
85520145--85520199	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
85528173--85528214	18	2.3	18	92	8	68	69	2	0	28	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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