genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  295  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88214136--88214170	9	3.9	9	96	0	61	42	0	2	54	1.15
88219972--88220054	43	1.9	43	85	4	114	14	32	24	28	1.94
88222680--88222720	19	2.2	19	90	0	64	34	4	2	58	1.32
88222788--88222829	20	2.0	22	90	9	70	21	4	0	73	1.01
88224603--88224643	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
88226322--88226357	2	18.5	2	88	5	56	47	0	2	50	1.15
88226408--88226514	54	2.0	54	92	0	178	24	16	12	46	1.81
88231022--88231053	17	1.9	16	93	6	55	21	3	0	75	0.95
88231022--88231072	11	4.8	10	77	17	50	19	5	0	74	1.02
88231014--88231075	21	3.0	21	76	19	58	22	4	0	72	1.03
88231560--88231730	87	2.0	86	80	4	191	32	30	16	20	1.95
88231420--88231736	43	7.3	43	74	6	212	31	27	18	22	1.97
88232062--88232122	21	2.9	21	92	0	95	1	50	19	27	1.57
88237689--88237825	9	14.6	9	73	8	112	31	2	21	45	1.64
88237689--88237820	48	2.8	48	79	3	149	31	2	21	45	1.64
88237689--88237825	57	2.4	57	83	0	166	31	2	21	45	1.64
88237883--88237922	22	1.9	20	90	10	62	65	0	0	35	0.93
88239727--88239782	25	2.2	26	78	9	62	53	1	7	37	1.39
88241180--88241229	7	7.0	7	79	2	55	44	34	0	22	1.53
88241183--88241229	14	3.3	15	82	11	62	44	31	0	23	1.54
88241180--88241229	21	2.3	21	86	3	64	44	34	0	22	1.53
88241708--88241751	14	3.1	14	87	9	63	31	45	0	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88242494--88242541	15	3.2	16	77	11	57	39	45	0	14	1.45
88242513--88242587	22	3.4	22	70	15	66	46	36	1	16	1.55
88242653--88242734	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
88242798--88243392	41	14.6	41	87	4	740	24	25	20	29	1.99
88244019--88244068	21	2.4	21	100	0	100	8	24	30	38	1.84
88247826--88248032	46	4.5	46	81	4	242	31	16	20	31	1.95
88247881--88247986	23	4.8	21	65	17	61	32	15	20	32	1.93
88249411--88249454	18	2.6	16	80	13	52	22	18	34	25	1.96
88252825--88252862	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
88254490--88254558	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
88260833--88260870	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
88262498--88262566	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
88264138--88264172	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
88264319--88264361	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
88266105--88266953	74	11.5	74	88	3	1198	31	20	16	31	1.95
88266105--88266953	146	5.8	147	87	4	1167	31	20	16	31	1.95
88266922--88267027	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
88267007--88267040	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
88266886--88267346	140	3.6	128	86	6	537	37	21	15	25	1.93
88267018--88267358	126	2.8	124	87	4	476	40	21	14	24	1.90
88267243--88267411	71	2.4	70	87	3	225	35	23	13	28	1.92
88274246--88274281	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88275840--88275874	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
88276021--88276063	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
88276263--88276303	20	2.0	21	90	4	66	58	2	0	39	1.11
88277633--88277688	14	3.9	14	76	6	58	42	0	8	48	1.34
88277640--88277688	15	3.3	15	82	5	73	42	0	6	51	1.27
88279260--88279304	24	1.9	23	81	4	54	17	6	2	73	1.15
88288717--88288786	27	2.4	28	86	11	97	48	4	21	25	1.68
88288732--88288786	27	2.0	27	96	0	101	50	3	20	25	1.64
88294059--88294214	46	3.4	44	79	5	141	27	11	17	42	1.84
88295820--88295849	15	2.0	15	93	0	51	76	0	23	0	0.78
88298111--88298168	17	3.5	17	83	6	66	25	27	3	43	1.71
88298191--88298234	20	2.2	20	84	11	56	29	2	0	68	1.02
88304368--88304475	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
88305962--88306008	24	2.0	24	83	8	60	40	17	17	25	1.90
88312477--88312584	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
88326619--88326690	10	7.3	10	74	13	51	58	1	6	33	1.33
88326609--88326684	40	1.9	40	86	5	109	57	1	6	34	1.33
88326620--88326690	20	3.5	20	70	14	65	57	1	7	33	1.34
88326614--88326711	40	2.4	41	80	11	103	60	1	7	31	1.31
88326831--88326855	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88326895--88326964	34	2.1	34	100	0	140	40	14	14	31	1.86
88336353--88336398	19	2.5	18	82	3	56	13	2	4	80	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88336868--88336911	23	2.0	23	86	13	65	15	2	38	43	1.60
88337611--88337860	71	3.5	71	80	5	270	30	22	16	30	1.95
88337737--88338371	281	2.2	286	93	3	1095	33	21	16	28	1.95
88357750--88357918	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
88362836--88362890	27	2.1	25	83	6	65	32	3	1	61	1.24
88364638--88364671	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
88365484--88365610	63	2.0	63	100	0	254	33	4	22	39	1.75
88367148--88367219	36	2.0	36	100	0	144	44	8	16	30	1.77
88367447--88367768	160	2.0	162	97	2	614	21	27	15	36	1.93
88367817--88367870	28	1.9	28	85	14	76	48	0	3	48	1.19
88372047--88372102	27	2.0	27	86	10	76	55	3	5	35	1.40
88372548--88372669	3	40.0	3	67	12	52	57	4	5	31	1.44
88373949--88373999	15	3.5	15	81	13	70	29	9	0	60	1.28
88381175--88381212	4	9.5	4	94	0	67	73	0	2	23	0.95
88381675--88381743	25	2.6	27	70	11	70	44	0	10	44	1.37
88381895--88381924	6	4.8	6	95	4	51	86	0	0	13	0.57
88382069--88382110	12	3.6	12	80	3	50	54	4	2	38	1.34
88386920--88386946	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
88387810--88388011	45	4.6	43	67	11	113	29	16	23	30	1.96
88387808--88388982	133	8.9	133	85	4	1411	28	17	25	28	1.98
88388493--88389025	123	4.2	123	75	12	316	27	19	26	26	1.99
88388657--88388982	136	2.4	131	87	5	456	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88390919--88390969	15	3.5	15	81	13	70	29	9	0	60	1.28
88392134--88392192	23	2.6	22	81	10	57	69	1	6	22	1.21
88392730--88392769	21	2.0	21	90	5	64	17	2	0	80	0.83
88392732--88392782	22	2.2	22	82	10	57	21	3	1	72	1.11
88393975--88394208	80	3.0	79	83	6	300	28	22	18	30	1.97
88394129--88394303	89	1.9	91	93	3	300	34	20	16	28	1.94
88401147--88401208	31	2.0	31	96	0	115	8	19	29	43	1.79
88404577--88404609	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
88406314--88406633	46	7.0	46	90	0	426	40	15	24	19	1.90
88411828--88412049	40	5.6	40	88	1	304	22	20	28	27	1.99
88420116--88420398	40	7.6	40	79	10	266	24	21	27	26	1.99
88420251--88420343	29	3.1	29	73	11	105	24	21	26	26	1.99
88420313--88420398	39	2.2	39	85	6	120	23	23	30	23	1.99
88421977--88422009	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
88423611--88423934	46	7.0	46	89	2	407	41	15	24	19	1.90
88423621--88423934	138	2.2	138	88	2	448	41	15	23	19	1.90
88425512--88425921	136	3.0	136	96	0	757	32	24	17	25	1.97
88427708--88427843	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
88430722--88430763	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
88431069--88431124	27	2.0	27	86	10	76	55	3	5	35	1.40
88431561--88431617	16	3.6	16	80	4	62	59	5	5	29	1.41
88431561--88431679	3	39.0	3	68	12	55	57	5	5	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88432279--88432322	20	2.1	21	95	4	81	27	0	0	72	0.85
88432301--88432333	14	2.4	14	90	5	50	21	0	3	75	0.93
88433957--88433985	11	2.7	11	94	5	51	13	20	0	65	1.26
88438504--88438570	22	2.9	23	70	18	59	28	2	0	68	1.04
88441433--88441483	8	6.1	8	76	17	50	45	3	33	17	1.67
88441434--88441483	17	2.9	17	90	0	82	44	4	34	18	1.68
88441596--88441674	42	1.9	41	82	12	99	34	1	7	56	1.35
88448498--88448555	20	2.8	20	84	5	80	63	5	3	27	1.31
88448494--88448563	22	3.4	21	84	13	92	64	7	2	25	1.33
88450882--88450928	17	2.8	17	87	12	62	57	6	2	34	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335