genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59953733--59953809	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
59954974--59955020	24	2.0	23	83	4	58	12	6	34	46	1.67
59957711--59957822	26	4.2	26	90	4	152	36	22	5	35	1.77
59957711--59957822	54	2.1	52	86	3	152	36	22	5	35	1.77
59959891--59959958	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
59960170--59960233	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
59960211--59960235	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
59965349--59965445	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
59966645--59966684	19	2.1	19	90	0	62	30	35	12	22	1.91
59967925--59967972	14	3.4	14	85	0	60	16	31	6	45	1.72
59969748--59969797	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
59969741--59969822	24	3.4	24	77	0	101	60	0	26	12	1.31
59969739--59969859	48	2.5	48	80	5	120	60	0	26	12	1.38
59969815--59969853	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
59971472--59971542	31	2.3	31	95	0	124	19	29	16	33	1.94
59972990--59973059	25	2.8	25	86	0	95	25	20	25	28	1.99
59973984--59974307	27	12.0	27	73	9	153	32	10	19	37	1.86
59973972--59974173	54	3.7	54	78	9	203	31	8	18	41	1.81
59975918--59975963	20	2.3	20	88	0	65	41	17	17	23	1.90
59977705--59977767	18	3.6	18	72	10	58	9	26	1	61	1.36
59977745--59977779	12	2.8	12	91	4	52	11	20	0	68	1.20
59977757--59977822	20	3.4	19	82	15	73	7	19	1	71	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59977741--59977823	18	4.7	18	73	18	68	7	21	1	69	1.19
59977801--59977830	15	2.0	15	100	0	60	6	20	0	73	1.05
59978007--59978036	14	2.1	14	100	0	60	26	13	20	40	1.89
59980417--59980473	30	1.9	29	82	10	71	29	17	36	15	1.91
59982538--59982662	6	20.3	6	69	16	60	48	13	19	19	1.81
59982561--59982633	37	2.0	37	88	0	110	47	13	19	19	1.82
59982780--59982915	27	5.0	26	77	9	121	40	21	19	18	1.92
59983376--59983703	107	3.1	107	85	4	428	26	19	17	35	1.94
59983403--59983730	80	4.1	81	82	4	396	27	18	17	36	1.93
59983376--59983730	27	13.2	27	81	4	371	26	19	18	36	1.94
59983376--59983703	54	6.1	54	88	2	446	26	19	17	35	1.94
59983715--59983812	27	3.6	27	95	0	169	22	5	24	47	1.71
59983688--59983803	54	2.1	54	82	3	135	25	7	22	43	1.80
59984715--59984774	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
59985407--59985651	49	4.9	50	83	3	316	25	18	26	28	1.98
59985512--59985594	23	3.2	28	63	33	76	24	16	28	30	1.97
59985410--59985651	100	2.4	98	86	3	333	25	19	26	28	1.98
59990448--59990507	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
59991152--59991395	50	4.9	49	84	3	328	25	18	27	28	1.98
59991255--59991338	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
59991154--59991395	99	2.4	99	86	2	326	25	18	26	28	1.98
59995006--59995108	30	3.5	29	71	11	93	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60001718--60001765	24	2.0	24	83	0	60	77	2	16	4	1.03
60003533--60003572	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
60009688--60009784	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
60010010--60010059	21	2.4	21	86	3	66	40	18	20	22	1.92
60012423--60012462	17	2.4	17	87	4	55	70	2	22	5	1.19
60012418--60012461	17	2.9	15	81	15	54	72	2	20	4	1.13
60015348--60015407	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
60016509--60016547	17	2.2	18	90	4	62	38	5	12	43	1.65
60019829--60019868	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
60019826--60019873	14	3.4	14	85	0	51	45	6	31	16	1.72
60025077--60025126	20	2.4	21	80	3	57	20	22	18	40	1.92
60027307--60027345	20	2.0	20	84	0	51	20	23	15	41	1.90
60030965--60030998	17	2.0	17	94	0	59	23	26	5	44	1.76
60031303--60031337	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
60031294--60031347	20	2.7	20	76	0	63	31	20	27	20	1.97
60033557--60033586	11	2.7	11	100	0	60	26	46	10	16	1.78
60035112--60035149	9	4.2	9	80	12	51	81	2	13	2	0.90
60048401--60048475	37	2.0	37	89	0	114	25	20	28	26	1.99
60053175--60053201	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
60058359--60058394	14	2.7	14	91	8	58	8	8	8	75	1.21
60060013--60060039	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
60065462--60065503	11	3.7	11	87	3	57	16	4	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60069748--60069942	39	5.0	39	93	2	295	19	21	28	31	1.97
60069726--60069942	78	2.8	78	87	5	312	19	21	28	30	1.98
60070075--60070110	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
60075833--60076014	77	2.4	78	88	5	282	19	20	28	32	1.97
60075833--60076014	39	4.8	39	91	4	275	19	20	28	32	1.97
60076156--60076191	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
60079753--60079828	26	2.9	26	98	0	143	36	26	5	31	1.79
60082741--60084688	326	6.0	322	85	5	2519	37	17	9	35	1.82
60082741--60084688	646	3.0	641	87	4	2737	37	17	9	35	1.82
60085600--60085652	21	2.5	21	84	0	70	69	5	7	16	1.31
60086682--60086714	17	1.9	17	93	0	57	78	0	21	0	0.75
60086723--60086767	20	2.3	19	88	11	65	68	0	20	11	1.19
60089330--60089427	30	3.3	30	75	0	97	29	16	26	27	1.97
60092177--60092273	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
60093980--60094022	11	4.0	11	96	3	79	74	9	0	16	1.06
60096542--60096604	5	12.0	5	79	15	58	76	3	17	3	1.05
60096542--60096604	11	6.0	10	74	20	58	76	3	17	3	1.05
60096652--60096682	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
60096685--60096709	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
60096679--60096721	18	2.3	18	84	4	50	69	2	18	9	1.26
60096685--60096765	30	2.7	30	73	7	74	62	1	23	12	1.36
60096744--60096788	12	3.8	12	85	2	56	64	0	22	13	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60098798--60098894	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
60102352--60102448	30	3.2	31	73	5	101	28	27	15	27	1.96
60105098--60105157	5	11.0	5	78	19	59	76	1	18	3	1.00
60105098--60105157	12	5.5	11	76	9	61	76	1	18	3	1.00
60105205--60105234	11	2.6	12	89	10	53	43	13	16	26	1.85
60105209--60105236	11	2.5	11	100	0	56	42	17	17	21	1.89
60105247--60105318	30	2.4	31	81	11	87	61	1	23	13	1.41
60107429--60107525	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
60108987--60109055	27	2.5	28	92	2	113	30	28	14	26	1.95
60113543--60113584	21	2.0	21	100	0	84	28	28	28	14	1.95
60120027--60120217	40	4.8	38	79	7	177	25	23	27	24	2.00
60120026--60120192	79	2.1	81	83	7	209	25	23	26	23	2.00
60140105--60140204	38	2.6	38	79	17	118	23	18	26	33	1.97
60140202--60140396	43	4.5	43	91	0	318	12	24	31	31	1.92
60142981--60143148	41	4.1	41	74	12	130	26	28	22	22	1.99
60142997--60143139	41	3.5	40	83	9	157	25	28	23	22	1.99
60148585--60148713	46	2.8	46	91	0	195	29	29	21	19	1.98
60149134--60149191	30	1.9	31	85	3	82	29	22	5	43	1.75
60157269--60157349	34	2.4	33	84	8	110	29	20	22	27	1.99
60158342--60158371	12	2.5	12	100	0	60	13	16	50	20	1.78
60174048--60174091	22	2.0	23	95	4	81	31	2	13	52	1.53
60174742--60174798	17	3.9	15	80	17	57	5	21	1	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60174757--60174798	14	3.1	13	86	10	57	4	21	0	73	1.01
60174762--60174798	13	2.7	14	91	4	58	5	18	0	75	0.99
60179527--60179561	17	2.1	17	94	0	61	22	8	17	51	1.72
60186570--60186785	27	8.0	27	86	4	251	40	21	13	24	1.90
60186596--60186786	81	2.4	81	88	1	294	39	20	13	26	1.90
60186776--60186972	27	7.3	27	89	2	281	20	16	20	42	1.89
60186596--60186812	81	2.7	80	83	2	265	36	20	14	28	1.92
60186776--60186972	80	2.4	81	89	0	306	20	16	20	42	1.89
60187942--60188001	27	2.3	26	82	2	75	36	16	21	25	1.94
60187963--60188024	31	2.0	32	83	3	81	35	17	24	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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