genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15935265--15935431	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
15935260--15935431	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
15940968--15941035	31	2.2	30	82	15	77	48	0	14	36	1.44
15950298--15950356	28	2.2	26	78	18	68	52	0	3	44	1.17
15953325--15953474	46	3.1	46	75	14	167	30	28	16	26	1.96
15954557--15954628	21	3.4	21	86	7	101	36	27	25	11	1.90
15954555--15954641	43	2.0	42	84	6	113	35	25	24	14	1.94
15954831--15954893	23	2.7	23	100	0	126	44	34	4	15	1.68
15954845--15954979	28	5.0	28	90	7	183	46	31	3	18	1.66
15954831--15954924	23	3.9	23	84	13	116	44	34	4	17	1.68
15954804--15954979	28	7.0	24	84	9	121	46	32	3	16	1.65
15958297--15958346	21	2.4	21	82	0	55	30	0	30	40	1.57
15958557--15958598	23	1.9	21	85	9	57	59	4	0	35	1.19
15966109--15966137	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
15980776--15980824	24	2.0	24	84	7	64	26	6	4	63	1.36
15986616--15986644	6	5.0	6	95	4	51	17	0	65	17	1.27
15987186--15987237	26	2.0	26	85	7	70	44	3	0	51	1.19
15987261--15987303	22	2.0	22	85	0	59	53	0	0	46	1.00
15987324--15987365	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
15987328--15987364	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
15987804--15987841	13	2.8	14	88	8	60	39	21	2	36	1.67
15990600--15990707	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16006666--16006702	5	7.6	5	82	17	51	16	0	0	83	0.64
16020974--16021001	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
16026435--16026490	26	2.2	26	86	0	76	44	14	8	32	1.76
16035264--16035296	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
16036207--16036264	29	2.0	29	86	6	82	41	34	6	17	1.76
16046156--16046198	14	3.2	13	77	9	50	62	0	0	37	0.95
16047516--16047559	23	1.9	23	95	0	79	20	20	9	50	1.75
16051890--16051934	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
16052211--16052276	32	2.1	32	100	0	132	37	21	21	19	1.94
16058466--16058525	25	2.4	25	78	15	79	16	26	18	38	1.92
16058466--16058533	25	2.8	24	76	14	75	17	26	19	36	1.94
16058574--16058621	25	1.9	25	86	0	69	18	29	18	33	1.95
16065238--16065445	67	3.2	66	78	11	221	23	28	16	31	1.96
16069933--16070053	38	2.9	40	87	12	174	37	16	23	22	1.94
16069974--16070102	46	2.8	46	90	0	186	39	15	23	21	1.91
16072481--16072842	46	7.9	46	91	1	548	39	13	25	21	1.90
16073174--16073206	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
16079697--16079724	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
16081233--16081288	29	1.9	29	81	0	67	46	0	1	51	1.11
16081350--16081413	29	2.2	27	76	15	65	50	6	4	39	1.49
16085437--16085501	34	1.9	34	87	3	96	29	7	9	53	1.60
16092686--16093024	49	7.6	42	82	12	339	30	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16092779--16093102	49	6.8	49	82	8	359	30	26	13	29	1.94
16092739--16093055	91	3.5	91	86	5	410	29	26	13	29	1.94
16092886--16093102	95	2.3	96	82	7	246	29	27	14	28	1.95
16093124--16093210	31	2.8	31	87	6	131	26	27	19	26	1.99
16093186--16093314	50	2.5	51	89	2	197	25	20	17	37	1.93
16097438--16097472	16	2.1	18	89	10	56	37	14	2	45	1.59
16106781--16106821	14	2.8	15	82	13	50	58	2	0	39	1.11
16121947--16122097	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
16129459--16129609	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
16140316--16140340	12	2.1	12	100	0	50	44	8	32	16	1.76
16140992--16141025	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
16148063--16148099	18	2.0	20	84	10	51	29	0	2	67	1.04
16149090--16149127	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
16151024--16151251	46	5.0	46	90	1	323	39	14	24	21	1.91
16153207--16153259	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
16157360--16157469	26	4.2	26	95	0	175	32	5	25	36	1.79
16161005--16161037	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
16168742--16168774	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
16168908--16169144	131	1.8	131	83	7	320	45	9	2	42	1.50
16170324--16170390	23	2.8	23	81	4	71	65	4	0	29	1.12
16171134--16171176	18	2.4	17	81	11	50	37	0	16	46	1.47
16171594--16171622	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16172135--16172198	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
16172677--16172720	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
16173086--16173128	23	2.0	23	86	9	63	11	4	41	41	1.62
16173226--16173265	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
16180066--16180293	46	5.0	46	90	1	314	22	24	14	38	1.91
16180327--16180463	54	2.5	54	98	0	265	30	23	19	26	1.98
16182464--16182512	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
16182470--16182508	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
16182471--16182512	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
16182482--16182557	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
16183467--16183595	64	2.0	64	100	0	258	32	6	9	51	1.59
16184664--16184705	21	2.0	21	81	9	50	52	2	11	33	1.51
16189541--16189720	90	2.0	90	100	0	360	33	11	2	53	1.49
16190300--16190376	35	2.2	35	97	2	145	25	7	12	53	1.66
16191329--16191365	20	2.0	20	89	10	60	45	0	18	35	1.50
16193156--16193260	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
16193990--16194440	131	3.5	130	84	2	543	27	17	18	36	1.94
16200574--16200605	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
16215662--16215728	32	2.0	33	86	11	93	58	2	2	35	1.29
16217401--16217432	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
16220486--16220698	46	4.9	40	80	17	223	38	15	23	22	1.93
16220527--16220742	46	4.7	46	90	0	306	39	14	23	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16220477--16220742	138	2.0	130	86	5	370	39	15	23	22	1.91
16222609--16222657	2	25.5	2	91	8	84	48	0	0	51	1.00
16228642--16228681	3	13.7	3	94	5	73	32	0	0	67	0.91
16230786--16230902	40	2.9	40	80	7	114	24	21	24	29	1.99
16230821--16230902	40	2.0	40	88	0	119	23	21	23	31	1.98
16230811--16230940	38	3.4	38	81	4	125	24	20	23	30	1.99
16230917--16231092	43	4.1	43	87	1	248	11	23	33	31	1.90
16231421--16231547	45	2.9	45	87	5	163	24	22	29	23	1.99
16233396--16233492	48	2.0	48	100	0	194	39	14	12	34	1.83
16233401--16233476	22	3.3	22	65	13	62	38	14	11	35	1.83
16234781--16234821	11	3.9	11	81	12	59	29	7	21	41	1.80
16234783--16234826	20	2.2	20	100	0	88	31	4	22	40	1.74
16234965--16235054	3	30.3	3	92	2	137	35	1	2	61	1.16
16235260--16235318	25	2.5	24	81	13	68	44	5	11	38	1.63
16236847--16236945	47	2.1	47	86	3	137	21	21	25	32	1.98
16240060--16240087	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
16247578--16247609	13	2.5	13	94	0	55	84	0	12	3	0.74
16255191--16255236	24	1.9	24	82	8	58	45	0	0	54	0.99
16263102--16263171	35	2.0	35	100	0	140	45	17	14	22	1.84
16265247--16265277	15	2.1	15	100	0	62	54	19	6	19	1.65
16267178--16267203	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
16271983--16272043	20	3.0	20	69	13	52	32	0	8	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16280338--16280396	19	3.1	19	85	7	66	67	1	0	30	1.00
16281958--16282009	25	2.1	25	88	0	77	40	15	5	38	1.71
16282113--16282181	34	2.0	34	94	0	120	30	26	4	39	1.75
16283124--16283178	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
16283241--16283307	22	2.9	23	78	10	73	56	5	5	31	1.47
16283327--16283457	25	5.6	25	76	11	91	54	3	6	35	1.41
16283325--16283457	48	2.8	47	74	15	121	54	3	6	36	1.40
16283742--16283780	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
16283973--16284031	18	3.3	18	72	13	68	18	6	50	23	1.70
16283938--16284041	30	3.3	30	81	16	129	18	5	49	26	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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