genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84201403--84201446	21	2.1	21	86	0	61	31	0	25	43	1.55
84201786--84202006	25	9.0	25	71	15	126	19	24	21	34	1.96
84201786--84202006	50	4.5	50	73	19	155	19	24	21	34	1.96
84203510--84203690	39	4.6	39	94	0	317	28	25	18	28	1.98
84203480--84203690	78	2.7	78	93	0	350	28	25	18	27	1.98
84204300--84204324	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
84214117--84214148	14	2.3	14	100	0	64	46	0	15	37	1.46
84215385--84215762	3	127.7	3	72	12	203	29	7	2	60	1.36
84215401--84215461	26	2.5	24	84	7	79	34	9	1	54	1.44
84215397--84215449	26	2.0	26	96	0	97	35	13	0	50	1.41
84215715--84215837	12	10.1	12	72	23	64	27	2	1	68	1.12
84215734--84215840	34	3.0	34	80	16	110	25	1	2	70	1.11
84216820--84216858	20	2.0	20	94	0	69	48	33	5	12	1.63
84220781--84220831	19	2.8	18	74	14	50	62	7	7	21	1.48
84225054--84225099	6	7.5	6	97	2	83	36	15	17	30	1.91
84225557--84225646	46	2.0	46	88	4	137	15	31	26	26	1.96
84227799--84227833	14	2.5	14	85	0	52	65	0	0	34	0.93
84233582--84233606	12	2.1	12	100	0	50	44	8	32	16	1.76
84238451--84238502	14	3.6	14	89	2	77	42	0	5	51	1.25
84238651--84238679	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
84240980--84241005	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
84241245--84241320	5	15.2	5	75	5	55	34	3	21	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84246097--84246150	27	2.0	27	96	0	99	33	20	7	38	1.80
84258241--84258341	24	4.2	24	98	1	193	32	4	24	37	1.77
84259947--84260084	27	5.2	26	86	7	170	17	23	23	35	1.95
84259947--84260084	52	2.6	54	88	4	192	17	23	23	35	1.95
84264025--84264129	49	2.1	50	96	1	194	34	3	24	37	1.74
84264025--84264129	25	4.2	24	95	4	183	34	3	24	37	1.74
84265734--84265872	27	5.2	27	85	4	165	17	23	23	35	1.95
84265734--84265872	54	2.6	55	87	4	185	17	23	23	35	1.95
84268471--84268500	15	2.1	15	93	6	53	86	0	0	13	0.57
84268471--84268500	7	4.1	7	91	8	51	86	0	0	13	0.57
84270718--84270742	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
84270726--84270761	17	2.1	17	89	0	54	75	2	0	22	0.94
84271407--84271482	3	25.3	3	100	0	152	67	0	32	0	0.91
84277911--84277941	7	4.4	7	100	0	62	41	0	0	58	0.98
84277908--84277996	32	2.8	32	74	16	76	43	1	1	53	1.15
84279487--84279532	21	2.2	20	84	3	56	56	0	10	32	1.34
84281300--84281346	24	2.0	24	88	8	71	42	0	2	55	1.12
84283099--84283133	16	2.1	17	89	5	54	28	2	11	57	1.48
84283380--84283405	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
84286602--84286657	21	2.7	21	97	0	103	14	26	32	26	1.95
84298999--84299249	123	2.0	123	99	0	493	29	10	25	33	1.90
84306927--84307012	43	2.0	43	95	0	154	36	8	17	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84310220--84310261	22	2.0	21	85	4	57	40	0	4	54	1.21
84311526--84311580	29	2.0	28	82	13	69	25	3	3	67	1.23
84316162--84316342	92	2.0	92	88	0	272	24	20	20	33	1.97
84318180--84318236	15	3.5	15	71	17	51	49	3	0	47	1.18
84318317--84318372	22	2.6	22	83	5	62	51	0	1	46	1.11
84319060--84319099	17	2.4	17	82	0	53	22	2	2	72	1.09
84320790--84320824	18	1.9	18	100	0	70	37	28	5	28	1.80
84322595--84322816	40	5.7	40	86	8	296	24	21	27	26	1.99
84330659--84330883	40	5.7	40	86	5	296	24	21	27	26	1.99
84330666--84330906	119	2.0	119	81	7	285	26	20	26	26	1.99
84332273--84332311	18	2.2	18	85	0	51	43	12	7	35	1.72
84332478--84332522	6	7.5	6	89	0	54	40	13	26	20	1.89
84332477--84332527	12	4.2	12	82	2	66	41	15	25	17	1.89
84332477--84332527	18	2.8	18	78	3	57	41	15	25	17	1.89
84332498--84332616	51	2.3	53	80	4	134	42	18	20	19	1.90
84333344--84333381	2	20.5	2	84	15	55	47	0	0	52	1.00
84333469--84333537	31	2.2	32	80	17	81	46	2	0	50	1.16
84333510--84333557	20	2.3	21	89	3	71	52	2	0	45	1.12
84336173--84336208	2	19.5	2	83	16	51	47	0	0	52	1.00
84342609--84342657	21	2.3	22	79	10	57	20	22	18	38	1.93
84346471--84346521	20	2.4	22	83	9	61	17	1	3	76	1.03
84347215--84347380	43	3.9	43	84	2	201	32	25	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84348601--84348661	31	2.0	31	96	0	113	19	21	16	42	1.89
84354787--84354817	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84354784--84354823	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84354896--84354940	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
84355009--84355259	55	4.7	54	79	7	239	21	23	19	35	1.95
84355056--84355256	108	1.8	110	87	4	300	21	24	18	34	1.96
84355369--84355402	17	2.0	17	100	0	68	47	5	0	47	1.26
84357559--84357591	16	2.1	16	94	0	57	66	12	15	6	1.42
84357835--84357997	43	3.8	43	81	1	184	33	25	14	26	1.95
84365228--84365311	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
84369194--84369234	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
84370578--84371067	161	2.9	163	80	10	487	47	9	13	30	1.74
84370578--84371597	165	6.3	163	76	12	591	47	9	12	29	1.74
84371214--84371597	164	2.3	165	85	1	484	49	9	12	29	1.71
84378449--84378566	27	4.3	27	86	5	139	33	24	23	17	1.96
84378449--84378564	54	2.1	55	87	1	162	33	24	24	18	1.97
84380176--84380233	26	2.2	26	90	0	89	36	22	5	36	1.77
84382231--84382293	29	2.1	30	85	2	83	46	6	9	38	1.62
84383086--84383127	22	2.0	20	86	9	57	38	4	23	33	1.76
84385038--84385169	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
84389651--84389722	26	2.8	26	95	0	126	34	5	23	36	1.78
84395198--84395227	13	2.3	13	94	0	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84403568--84403675	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
84406128--84406209	29	2.8	29	100	0	164	25	32	14	26	1.95
84412623--84412709	39	2.2	39	91	0	138	24	24	24	27	2.00
84417821--84418105	47	6.1	47	92	0	428	34	11	28	25	1.91
84418081--84418169	46	1.9	46	83	0	115	34	11	30	23	1.90
84426962--84427006	22	2.1	22	87	4	65	44	17	24	13	1.85
84434651--84434732	25	3.3	25	79	3	94	20	24	21	32	1.98
84434640--84434753	25	4.6	25	76	5	79	20	24	21	33	1.97
84435018--84435114	48	2.0	48	97	0	185	36	6	15	42	1.72
84436173--84436280	26	4.2	26	92	0	189	33	7	24	35	1.83
84443091--84443162	26	2.8	26	97	0	135	36	25	5	33	1.79
84447378--84447440	30	2.1	30	85	2	83	38	9	6	46	1.62
84452478--84452526	25	2.0	23	84	11	62	48	8	10	32	1.66
84455039--84456058	165	6.3	163	76	10	754	29	12	9	47	1.74
84455510--84456058	161	3.3	165	79	8	566	30	12	9	47	1.73
84457402--84457439	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
84461321--84461404	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
84463693--84464084	163	2.4	163	94	2	688	29	10	8	51	1.67
84464551--84464598	20	2.3	20	75	3	51	27	12	10	50	1.73
84467778--84467938	38	4.3	38	80	7	184	19	18	27	34	1.96
84467779--84467938	75	2.1	76	84	3	207	19	18	27	34	1.95
84467943--84468024	38	2.2	38	86	0	110	14	23	29	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84471804--84471864	27	2.3	27	88	0	86	32	1	1	63	1.13
84471793--84471864	27	2.7	27	85	4	85	33	1	1	63	1.11
84473319--84473380	30	2.1	29	85	11	81	48	3	0	48	1.17
84478922--84478972	25	2.0	25	92	0	84	56	15	21	5	1.60
84479694--84479749	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
84479700--84479763	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
84479692--84479770	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
84480069--84480102	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
84480070--84480178	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
84480067--84480097	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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