genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21075355--21075390	5	7.0	5	93	6	63	61	0	0	38	0.96
21084035--21084169	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
21085731--21085766	15	2.3	15	95	4	63	61	0	0	38	0.96
21087153--21087260	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
21099739--21099846	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
21104021--21104067	6	7.8	6	90	0	76	34	14	51	0	1.43
21116635--21116814	43	4.2	43	74	11	138	25	16	16	41	1.89
21116635--21116810	86	2.0	86	83	4	221	26	16	16	40	1.89
21116743--21116841	43	2.3	43	82	6	128	22	19	21	37	1.94
21117345--21117380	5	7.6	5	87	12	58	41	0	0	58	0.98
21119754--21119827	5	14.6	5	87	8	105	60	0	2	36	1.11
21120709--21120788	40	2.0	39	85	2	106	35	10	16	38	1.82
21120981--21121086	45	2.4	45	85	3	133	22	18	16	42	1.89
21130627--21130693	33	2.1	32	83	8	82	31	4	4	59	1.37
21131173--21131332	18	8.9	18	70	17	57	64	3	3	28	1.28
21131253--21131332	9	8.9	9	73	18	69	61	0	2	36	1.10
21131259--21131359	17	5.9	17	66	22	59	58	1	1	37	1.21
21131300--21131379	25	3.2	24	78	10	72	57	3	0	38	1.17
21131253--21131359	8	12.4	8	76	16	74	57	1	1	38	1.20
21131373--21131422	21	2.4	22	83	12	70	50	10	4	36	1.55
21131464--21131493	10	2.9	10	95	5	51	76	3	0	20	0.92
21131902--21132126	9	24.8	9	66	19	78	32	2	3	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21132014--21132132	17	6.8	17	66	20	59	29	1	3	65	1.18
21132103--21132140	16	2.3	16	86	13	51	23	2	2	71	1.12
21132089--21132140	26	2.0	27	84	3	70	28	1	1	67	1.12
21138625--21138687	27	2.3	27	86	0	81	39	31	4	23	1.76
21139186--21139220	17	2.1	17	94	0	61	31	17	0	51	1.45
21139636--21139668	17	1.9	17	88	11	50	0	18	9	72	1.10
21139667--21139709	22	2.0	23	86	9	63	13	9	2	74	1.16
21139974--21140001	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21149016--21149061	15	3.1	14	84	9	56	65	0	0	34	0.93
21149014--21149062	7	6.9	7	80	11	55	61	0	0	38	0.96
21161830--21161857	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
21166822--21166873	26	2.0	26	96	0	95	9	26	9	53	1.64
21172331--21172484	38	4.0	39	91	1	231	18	20	27	32	1.97
21172334--21172484	77	1.9	78	90	4	243	17	21	28	32	1.96
21173887--21173923	10	3.9	10	82	13	51	86	0	0	13	0.57
21173887--21173923	18	2.1	18	94	0	65	86	0	0	13	0.57
21174304--21174340	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
21176815--21176999	39	4.7	39	93	2	282	23	31	21	23	1.98
21179259--21179409	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
21186775--21186925	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
21197340--21197377	19	2.1	19	90	5	60	52	0	2	44	1.14
21202745--21202799	28	2.0	28	85	3	76	69	14	3	12	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21204880--21204935	27	2.1	28	83	6	71	42	0	1	55	1.10
21219388--21219426	20	2.1	19	90	9	62	38	20	0	41	1.53
21219606--21219630	6	4.2	6	100	0	50	16	36	32	16	1.90
21219755--21219793	17	2.2	19	90	9	64	10	10	5	74	1.21
21220009--21220053	23	2.0	23	82	8	56	48	8	6	35	1.61
21221287--21221322	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
21221486--21221521	16	2.2	16	90	0	54	44	8	0	47	1.33
21224633--21224796	78	2.1	78	88	2	240	32	10	15	41	1.81
21224957--21224994	17	2.2	17	90	0	58	50	0	10	39	1.37
21227548--21227574	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
21231906--21231937	5	6.4	5	100	0	64	81	18	0	0	0.70
21238380--21238592	46	4.9	40	80	17	223	38	15	23	22	1.93
21238421--21238636	46	4.7	46	90	0	306	39	14	23	21	1.91
21238371--21238636	138	2.0	130	86	5	370	39	15	23	22	1.91
21242366--21242437	33	2.2	33	100	0	144	47	11	8	33	1.69
21243176--21243243	19	3.8	19	71	26	58	41	1	1	55	1.18
21245771--21245921	53	2.8	53	88	4	205	30	27	15	25	1.96
21252798--21252948	53	2.8	53	87	4	196	31	27	15	25	1.96
21256855--21256945	23	4.0	22	72	22	71	16	2	28	52	1.55
21256855--21256935	23	3.4	23	74	10	74	14	1	27	56	1.46
21256896--21256944	25	2.0	24	88	8	71	20	2	24	53	1.56
21257244--21257329	3	28.3	3	72	17	63	30	4	1	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21257243--21257329	27	3.4	27	70	13	76	29	4	1	64	1.21
21257350--21257387	15	2.6	15	79	4	51	28	7	0	63	1.23
21261483--21261519	14	2.5	15	91	4	58	86	0	13	0	0.57
21262636--21262762	66	1.9	66	95	0	227	32	19	12	35	1.90
21264178--21264306	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
21265631--21266181	86	6.3	86	74	9	325	34	21	23	20	1.97
21265543--21266181	218	2.9	218	96	0	1163	34	21	23	20	1.97
21265543--21265973	132	3.3	132	79	8	427	34	21	23	20	1.97
21265806--21266313	132	3.9	129	83	7	528	35	21	22	21	1.96
21265543--21266328	350	2.2	349	82	6	966	34	21	22	20	1.96
21266332--21266529	68	2.9	67	90	3	301	27	24	21	26	1.99
21266583--21267768	132	9.0	132	96	0	2057	31	18	23	26	1.98
21267698--21268025	132	2.5	132	86	4	430	31	17	24	26	1.97
21266583--21267934	396	3.4	393	90	1	1947	31	18	23	26	1.98
21266583--21267934	264	5.1	263	90	2	1907	31	18	23	26	1.98
21267789--21268035	132	1.9	132	96	0	458	31	18	24	25	1.98
21266576--21268045	44	33.4	45	71	8	327	31	18	23	25	1.98
21268386--21268427	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
21268493--21268583	23	4.0	22	72	22	71	16	2	28	52	1.55
21268493--21268573	23	3.4	23	74	10	74	14	1	27	56	1.46
21268534--21268582	25	2.0	24	88	8	71	20	2	24	53	1.56
21268881--21268966	3	28.3	3	72	17	63	30	4	1	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21268880--21268966	27	3.4	27	70	13	76	29	4	1	64	1.21
21270348--21270374	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
21270797--21270821	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21270824--21270860	19	2.1	17	90	10	56	43	2	0	54	1.14
21270823--21270860	9	4.1	9	81	18	51	44	2	0	52	1.14
21271457--21271494	2	19.0	2	89	10	60	50	0	2	47	1.15
21274278--21274370	44	2.1	45	94	6	172	33	8	12	45	1.73
21286338--21286398	30	2.0	30	96	0	113	24	22	9	42	1.84
21298850--21298898	21	2.5	19	78	18	55	28	2	12	57	1.46
21299880--21299927	19	2.6	19	86	3	71	22	64	0	12	1.27
21303340--21303369	15	2.1	15	93	6	53	36	23	6	33	1.81
21317536--21317562	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
21319353--21319392	19	2.2	18	86	4	53	40	27	12	20	1.88
21322676--21323118	221	2.0	221	100	0	886	42	16	18	23	1.89
21332003--21332128	66	1.9	66	91	0	207	30	12	28	28	1.93
21334987--21335031	20	2.2	20	80	7	56	24	0	6	68	1.13
21336250--21336794	274	2.0	264	83	7	697	39	11	12	36	1.80
21337342--21337371	15	2.0	15	93	0	51	23	0	3	73	0.98
21349267--21349292	6	4.3	6	100	0	52	0	50	0	50	1.00
21351891--21351925	2	17.5	2	93	0	61	0	45	0	54	0.99
21356458--21356509	18	2.8	19	76	5	52	69	1	0	28	0.99
21356502--21356554	26	2.1	24	82	6	61	60	0	15	24	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21358200--21358255	29	1.9	29	96	0	103	32	8	8	50	1.65
21362257--21362304	24	2.0	24	100	0	96	33	8	33	25	1.86
21373149--21373194	15	2.9	16	75	21	51	56	2	2	39	1.24
21373260--21373324	9	7.7	9	75	15	59	63	1	1	33	1.13
21373296--21373336	16	2.6	15	85	11	55	58	0	2	39	1.11
21375676--21375742	33	2.0	33	100	0	134	29	14	17	37	1.91
21383705--21383731	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21387783--21387847	31	2.1	31	88	0	94	33	12	10	43	1.77
21393883--21393922	2	19.5	2	89	5	62	47	2	2	47	1.29
21395380--21395417	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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