genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24029369--24029489	51	2.4	51	90	0	179	27	23	16	32	1.96
24038355--24038405	25	2.0	25	96	0	93	7	21	19	50	1.72
24038516--24038540	7	3.6	7	100	0	50	72	0	28	0	0.86
24049255--24049287	15	2.2	15	100	0	66	36	0	24	39	1.56
24065375--24065406	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
24065815--24065845	16	2.0	16	93	6	55	48	0	12	38	1.42
24066258--24066292	18	1.9	18	88	0	52	40	0	14	45	1.45
24068440--24068481	13	3.2	13	86	6	57	2	21	0	76	0.90
24068526--24068594	29	2.5	27	73	21	70	44	4	4	46	1.43
24068573--24068627	19	2.8	19	76	12	58	36	7	3	52	1.47
24073345--24073394	15	3.3	15	74	0	55	56	2	10	32	1.44
24074930--24074974	20	2.2	21	80	11	58	20	2	37	40	1.65
24077208--24077286	11	7.3	11	75	2	61	65	3	6	24	1.32
24077576--24077620	19	2.3	19	85	11	56	42	0	4	53	1.21
24077999--24078031	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
24078078--24078136	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
24078107--24078156	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
24079734--24079810	25	3.1	25	78	9	68	70	3	10	15	1.30
24082413--24082485	29	2.5	29	84	4	94	43	0	5	50	1.25
24082543--24082614	33	2.3	31	81	11	83	37	0	11	51	1.38
24082554--24082614	29	2.0	30	81	12	72	39	0	11	49	1.39
24083797--24083888	44	2.1	44	86	8	125	19	17	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24091933--24091986	21	2.5	21	82	8	65	24	11	7	57	1.58
24099183--24099374	99	1.9	98	83	7	246	29	8	18	43	1.79
24106391--24106431	19	2.0	21	86	9	59	56	9	0	34	1.32
24108325--24108361	19	1.9	19	88	0	56	54	24	2	18	1.57
24108830--24108862	15	2.2	15	94	0	57	27	3	39	30	1.72
24110371--24110409	20	1.9	21	89	5	62	30	2	0	66	1.05
24112865--24112907	22	1.9	23	85	4	61	53	4	6	34	1.49
24113981--24114044	32	2.0	32	100	0	128	31	9	0	59	1.29
24124694--24124729	7	5.1	7	100	0	72	27	44	13	13	1.82
24131193--24131247	21	2.6	21	88	5	76	52	9	7	30	1.60
24139736--24139810	31	2.4	31	79	0	96	44	10	6	38	1.66
24142871--24142924	26	2.1	26	92	0	90	42	3	7	46	1.49
24145399--24145447	23	2.1	23	81	7	55	32	14	18	34	1.91
24145571--24145621	19	2.6	19	78	12	50	54	1	1	41	1.22
24146993--24147022	5	6.0	5	100	0	60	0	20	60	20	1.37
24154232--24154277	23	2.0	23	100	0	92	47	13	0	39	1.42
24154677--24154728	24	2.3	21	84	15	68	28	0	0	71	0.87
24164135--24164190	26	2.2	26	93	0	94	35	25	5	33	1.79
24166338--24166379	21	2.0	21	85	0	57	57	4	0	38	1.20
24167457--24167520	33	1.9	33	84	6	85	59	3	1	35	1.23
24168665--24168702	19	2.0	19	90	10	60	60	0	0	39	0.97
24176465--24176528	28	2.4	27	76	12	78	57	10	3	28	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24185659--24185708	2	28.5	2	74	25	51	50	0	0	50	1.00
24185617--24185709	46	2.0	48	84	13	126	48	1	1	49	1.15
24185608--24185707	24	4.0	24	71	21	73	48	1	1	50	1.14
24185617--24185709	7	13.3	7	70	20	52	48	1	1	49	1.15
24186891--24186947	22	2.6	23	81	16	75	14	24	17	43	1.86
24189169--24189203	18	1.9	18	88	0	52	20	2	25	51	1.61
24191096--24191136	19	2.0	21	86	9	59	34	0	9	56	1.32
24192026--24192068	22	1.9	23	85	4	61	34	6	4	53	1.49
24192026--24192074	22	2.2	23	81	3	55	36	6	4	53	1.45
24194524--24194562	20	1.9	21	89	5	62	66	0	2	30	1.05
24196071--24196103	15	2.2	15	94	0	57	30	39	3	27	1.72
24196572--24196608	19	1.9	19	88	0	56	18	2	24	54	1.57
24200644--24200684	21	2.0	21	85	0	55	31	34	2	31	1.71
24205462--24205740	127	2.2	126	81	6	314	53	8	3	34	1.49
24206435--24206493	30	2.0	30	100	0	118	27	8	20	44	1.80
24208072--24208159	41	2.1	41	97	0	167	45	21	9	23	1.80
24219565--24219640	35	2.2	34	81	13	84	51	5	2	40	1.38
24234473--24234543	3	24.0	3	84	8	92	32	1	2	63	1.18
24239518--24239663	58	2.5	58	80	8	172	42	0	3	53	1.22
24239830--24239867	16	2.4	16	91	8	60	34	18	5	42	1.73
24239839--24239881	16	2.7	16	81	0	50	32	25	2	39	1.69
24258684--24258720	16	2.3	16	100	0	74	35	18	0	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24260993--24261035	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
24265270--24265305	16	2.2	16	100	0	72	63	5	5	25	1.38
24275473--24275533	29	2.1	30	81	9	72	32	3	3	60	1.29
24276041--24276083	21	2.0	22	86	4	61	32	2	9	55	1.44
24277068--24277092	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24283487--24283601	57	2.0	57	98	0	221	46	9	8	34	1.67
24294570--24294740	75	2.4	72	84	7	206	33	23	11	31	1.90
24294574--24294740	35	4.6	35	86	7	201	33	24	10	31	1.90
24300412--24300494	20	4.0	20	70	14	60	34	25	22	16	1.95
24300698--24300779	28	3.0	28	85	7	114	47	30	2	19	1.62
24301442--24301475	16	2.1	16	88	0	50	29	14	5	50	1.67
24304275--24304367	27	3.5	24	72	16	69	31	6	2	60	1.34
24304510--24304572	24	2.5	24	82	10	65	28	4	6	60	1.42
24307216--24307253	20	1.9	20	88	0	58	31	26	2	39	1.70
24309462--24309499	19	2.0	19	85	10	51	28	0	2	68	1.03
24311530--24311803	46	6.0	46	92	0	415	21	24	15	38	1.92
24313901--24313925	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
24315228--24315400	46	3.7	46	89	1	247	42	14	23	19	1.88
24315228--24315400	93	1.9	93	88	2	267	42	14	23	19	1.88
24334030--24334075	23	2.0	23	86	0	65	26	4	10	58	1.50
24334090--24334144	22	2.6	21	80	11	58	36	3	3	56	1.34
24334595--24334646	20	2.6	20	93	0	86	50	9	0	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24336065--24336281	25	8.8	25	72	13	157	36	19	23	19	1.95
24340276--24340305	14	2.2	13	94	5	51	30	0	0	70	0.88
24343450--24343484	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
24345795--24345861	24	2.7	25	77	15	68	41	0	1	56	1.08
24345914--24345964	26	2.0	26	84	7	68	54	1	1	41	1.22
24346439--24346530	41	2.2	41	96	0	166	51	4	4	40	1.42
24346639--24346704	29	2.4	26	75	24	73	48	3	0	48	1.17
24357881--24357935	25	2.2	25	83	6	67	45	1	3	49	1.30
24367213--24367254	11	3.8	11	81	12	50	23	28	0	47	1.52
24368415--24368457	7	6.0	7	91	2	68	25	4	13	55	1.58
24369856--24369959	44	2.3	45	85	3	138	30	22	13	33	1.92
24372729--24372907	39	4.6	39	90	0	277	36	22	26	13	1.92
24375426--24375489	6	10.2	6	74	15	58	75	3	0	21	0.95
24376499--24376529	15	2.1	15	100	0	62	12	25	32	29	1.93
24378629--24378711	14	5.8	14	75	18	64	66	1	6	26	1.22
24378629--24378714	29	3.0	27	72	24	79	66	1	5	26	1.22
24378656--24378720	23	2.8	23	74	23	64	64	1	6	27	1.26
24379670--24379999	44	7.5	44	69	13	209	23	21	20	34	1.97
24379696--24380400	88	8.2	87	85	5	746	20	22	21	36	1.95
24379765--24380416	166	3.8	168	85	3	799	19	21	21	37	1.95
24379811--24380418	250	2.4	251	84	5	774	19	21	21	37	1.94
24379723--24380418	84	8.2	84	86	3	763	19	21	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24380667--24380807	44	3.2	44	64	9	115	30	19	23	26	1.98
24380554--24380986	134	3.2	133	71	7	342	28	21	19	30	1.98
24380953--24381229	45	6.2	45	72	9	208	28	22	19	29	1.98
24380999--24381253	134	1.9	134	82	4	318	29	21	19	30	1.97
24380420--24381176	89	8.5	88	69	13	494	28	21	19	30	1.98
24380689--24381407	356	2.0	357	92	1	1183	28	21	19	31	1.97
24380729--24381437	178	4.0	178	85	6	1013	27	21	19	31	1.97
24385798--24385839	19	2.2	19	83	8	50	40	14	23	21	1.90
24388152--24388176	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24388233--24388317	43	2.0	44	83	2	109	60	2	8	29	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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