genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28406319--28406393	37	2.0	37	100	0	150	42	28	5	24	1.76
28410617--28410676	18	3.5	18	73	15	56	45	0	0	55	0.99
28411070--28411125	24	2.3	25	87	3	78	48	5	3	42	1.43
28415983--28416013	12	2.6	12	94	0	53	19	25	16	38	1.92
28419727--28419766	22	1.9	20	90	10	62	52	7	7	32	1.58
28420940--28421019	31	2.6	31	82	5	83	51	12	3	32	1.57
28422645--28422696	26	1.9	28	88	7	81	34	0	5	59	1.21
28425265--28425442	45	3.8	49	79	14	198	28	29	21	20	1.98
28425272--28425442	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
28432204--28432372	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
28435680--28435854	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	21	1.98
28435689--28435858	93	1.8	93	94	0	304	28	28	20	21	1.98
28441505--28441565	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
28445868--28445932	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
28446038--28446127	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
28446038--28446152	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
28447211--28447244	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
28453720--28453784	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
28453890--28453977	25	3.2	27	82	14	110	19	25	23	31	1.98
28453900--28453988	25	3.2	28	81	10	94	21	26	20	31	1.98
28454431--28454471	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
28456170--28456293	43	2.9	42	85	1	158	21	32	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28457178--28457206	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
28464994--28465035	22	1.9	22	85	0	57	35	4	14	45	1.66
28468383--28468420	14	2.7	14	84	11	51	21	0	0	78	0.74
28471169--28471232	17	3.6	17	87	8	92	37	12	14	35	1.83
28471167--28471232	18	3.7	18	91	4	107	36	12	15	36	1.84
28471524--28471556	17	1.9	17	93	0	57	24	0	0	75	0.80
28480484--28480707	45	5.0	45	77	10	242	24	28	16	30	1.96
28485280--28485345	18	3.7	18	91	4	107	36	12	15	36	1.84
28485277--28485345	17	3.8	19	88	11	117	37	11	14	36	1.83
28485277--28485368	17	4.7	22	84	13	73	36	9	15	38	1.80
28495852--28496120	78	3.4	78	90	2	423	33	19	23	24	1.97
28496134--28496332	45	4.5	45	82	2	249	33	15	26	24	1.95
28496737--28496770	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
28503088--28503238	52	2.9	52	77	1	158	33	26	13	26	1.94
28509073--28509275	105	2.0	103	82	8	247	29	28	18	24	1.98
28509122--28509275	52	2.9	52	80	8	186	29	27	17	25	1.98
28511660--28511761	34	3.2	31	71	18	84	37	0	4	56	1.27
28511701--28511755	11	4.9	11	80	4	56	34	1	1	61	1.17
28513575--28513985	46	9.0	46	90	2	531	41	13	23	21	1.88
28513589--28513985	183	2.2	183	85	1	535	41	13	23	21	1.88
28513921--28514078	77	2.1	77	98	0	307	47	14	18	19	1.82
28514343--28514375	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28519970--28520007	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
28522273--28522423	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
28526280--28526888	203	3.0	203	95	2	1090	42	11	12	32	1.79
28527729--28527762	15	2.2	16	89	5	52	67	0	11	20	1.21
28528253--28528277	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28530642--28530684	17	2.5	17	82	14	52	11	4	6	76	1.13
28530630--28530692	28	2.2	28	78	15	76	14	4	11	69	1.32
28530641--28530698	28	2.1	27	81	9	64	12	5	13	68	1.35
28551883--28551931	24	2.0	26	88	11	77	34	6	0	59	1.22
28555964--28556018	22	2.5	23	73	8	60	38	0	0	61	0.96
28560711--28560747	19	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
28561037--28561089	17	2.9	18	86	8	81	35	15	11	37	1.83
28561464--28561662	44	4.4	45	73	12	174	25	27	17	29	1.98
28561606--28561900	78	3.8	78	90	1	457	24	23	18	32	1.97
28562108--28562393	44	6.7	44	79	10	249	26	25	17	29	1.98
28562147--28562393	127	1.9	129	83	6	324	27	25	17	28	1.98
28575413--28575584	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
28575405--28575580	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
28576648--28576693	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
28579040--28579103	15	4.3	15	88	7	76	57	21	10	9	1.61
28583395--28583427	16	2.1	16	100	0	66	36	18	0	45	1.49
28585609--28585687	15	5.3	15	89	6	88	58	20	11	10	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28585609--28585687	30	2.6	30	86	4	97	58	20	11	10	1.61
28589950--28590006	30	1.9	30	82	7	71	24	21	5	49	1.70
28593642--28593729	23	3.9	23	73	8	83	39	23	19	17	1.92
28593910--28593948	16	2.3	17	86	13	62	35	23	0	41	1.55
28595667--28595695	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
28607562--28607592	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
28610600--28610656	23	2.4	24	80	11	73	31	0	5	63	1.17
28610597--28611212	137	4.5	138	87	5	877	28	7	6	56	1.52
28611020--28611073	23	2.3	24	78	12	58	33	7	5	53	1.52
28610597--28611212	279	2.2	275	86	5	884	28	7	6	56	1.52
28611257--28611289	11	2.8	12	86	9	50	72	0	3	24	0.98
28612446--28612489	15	2.7	16	86	10	54	59	2	6	31	1.36
28614671--28614730	10	6.0	10	86	7	77	23	10	1	65	1.32
28615459--28615534	39	1.9	39	86	5	109	25	9	5	60	1.48
28618460--28618511	19	2.7	19	77	16	63	19	5	0	75	1.01
28619646--28619827	96	1.9	97	88	1	276	26	15	26	30	1.96
28620505--28620552	20	2.4	20	86	6	62	25	6	2	66	1.26
28628003--28628053	19	2.7	20	82	14	63	41	1	5	50	1.37
28629179--28629212	14	2.4	14	90	5	50	85	2	8	2	0.80
28630118--28630192	39	1.9	39	94	0	132	38	14	20	26	1.91
28631707--28631748	20	2.2	19	86	4	57	64	0	2	33	1.07
28633027--28633062	17	2.3	15	90	9	54	72	0	2	25	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28635626--28635665	21	1.9	21	89	0	62	67	5	0	27	1.11
28636212--28636261	24	2.0	24	81	11	57	26	4	2	68	1.18
28636963--28636993	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
28637743--28637778	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28639569--28639778	77	2.8	74	81	8	235	42	14	14	28	1.85
28639939--28640094	76	2.1	73	82	10	192	42	16	14	26	1.86
28640196--28640894	94	7.5	94	80	7	667	39	12	21	25	1.89
28640543--28640608	23	2.8	25	73	17	68	40	9	25	24	1.84
28640196--28640894	188	3.7	187	82	6	749	39	12	21	25	1.89
28640209--28640894	283	2.4	282	82	5	791	39	13	22	25	1.90
28640825--28640878	23	2.3	24	78	15	69	46	11	22	20	1.82
28647808--28647888	40	2.0	40	97	0	153	33	14	13	38	1.86
28649826--28649875	25	2.0	24	85	14	66	52	8	0	40	1.31
28649946--28650039	44	2.1	46	88	4	138	34	28	6	30	1.82
28650021--28650075	16	3.4	16	87	0	83	30	29	5	34	1.80
28651900--28651951	10	5.1	10	88	2	68	21	5	1	71	1.17
28652421--28652489	30	2.3	30	89	0	111	26	49	5	18	1.70
28652945--28653076	23	5.6	25	72	10	82	34	6	3	55	1.43
28653012--28653076	25	2.7	25	83	4	80	35	7	3	53	1.45
28653003--28653161	78	2.0	78	81	4	185	30	7	4	57	1.46
28653092--28653157	22	2.9	23	82	6	80	30	6	6	57	1.47
28653097--28653158	24	2.7	23	85	5	81	30	4	6	58	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28653024--28653197	78	2.2	78	80	8	192	31	6	4	58	1.42
28653221--28653276	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
28668124--28668154	13	2.4	13	88	0	53	12	9	6	70	1.31
28667980--28668412	86	4.8	88	78	10	333	27	17	18	36	1.93
28668124--28668333	99	2.1	100	83	9	268	25	15	15	43	1.86
28668324--28668916	75	8.1	75	84	5	766	30	15	20	33	1.94
28668324--28669104	148	5.4	148	83	9	936	31	15	20	32	1.94
28668854--28668975	61	2.0	60	92	3	201	36	15	21	26	1.93
28668704--28669104	206	1.9	205	95	2	723	32	15	20	31	1.94
28668910--28669134	71	3.1	72	80	11	278	30	16	19	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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