Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  311  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92039415--92039465
15
3.5
15
82
12
61
52
0
9
37
1.34
92039470--92039524
22
2.5
24
80
11
64
52
3
0
43
1.18
92039704--92039766
3
21.0
3
100
0
126
66
0
0
33
0.92
92039851--92039893
3
14.3
3
100
0
86
67
0
0
32
0.91
92040742--92040810
35
2.0
35
100
0
138
20
11
50
17
1.76
92042286--92042338
22
2.4
23
76
17
60
62
1
0
35
1.06
92042376--92042463
22
3.9
23
79
18
80
57
2
0
39
1.11
92042481--92042510
14
2.1
15
93
6
53
76
0
0
23
0.78
92042788--92042855
29
2.3
30
80
12
86
41
2
13
42
1.59
92045729--92045767
7
5.6
7
87
0
51
41
10
30
17
1.83
92045729--92045767
14
2.8
14
84
0
60
41
10
30
17
1.83
92045680--92045818
65
2.1
65
86
0
206
33
15
24
26
1.95
92045746--92045859
51
2.2
51
96
0
210
33
13
23
29
1.93
92048041--92048093
15
3.6
15
82
12
65
54
0
9
35
1.33
92048098--92048152
22
2.5
24
80
11
64
52
3
0
43
1.18
92048331--92048393
3
21.0
3
100
0
126
66
0
0
33
0.92
92048478--92048523
3
15.3
3
100
0
92
67
0
0
32
0.91
92049372--92049440
35
2.0
35
100
0
138
20
11
50
17
1.76
92050916--92050968
22
2.4
23
76
17
60
62
1
0
35
1.06
92051006--92051093
22
3.9
23
79
18
80
57
2
0
39
1.11
92051111--92051140
14
2.1
15
93
6
53
76
0
0
23
0.78
92051418--92051485
29
2.3
30
80
12
86
41
2
13
42
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92054366--92054392
14
1.9
14
100
0
54
44
25
29
0
1.54
92054380--92054493
51
2.2
51
88
0
174
33
12
24
29
1.92
92058849--92058931
38
2.2
38
85
10
107
63
2
3
30
1.24
92058849--92058956
38
2.9
35
80
14
94
62
1
4
31
1.26
92064663--92064708
21
2.2
21
85
11
60
54
26
0
19
1.44
92065269--92065306
14
2.8
13
88
7
58
73
5
0
21
1.02
92065269--92065306
13
2.9
14
92
7
62
73
5
0
21
1.02
92066092--92066133
22
2.0
21
85
4
57
40
4
7
47
1.52
92067181--92067312
26
5.2
26
90
6
209
34
3
23
39
1.70
92067181--92067312
51
2.6
50
93
3
221
34
3
23
39
1.70
92068790--92068842
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
92069035--92069082
21
2.3
21
85
7
62
12
2
52
33
1.51
92069089--92069373
136
2.1
136
97
0
534
24
18
24
31
1.97
92071744--92071794
19
2.5
21
81
15
70
54
5
0
39
1.24
92073423--92073470
20
2.5
20
86
3
62
64
2
6
27
1.28
92074275--92074488
118
1.8
118
91
0
356
28
29
17
23
1.97
92075465--92075538
6
12.5
6
80
9
64
79
0
4
16
0.87
92075466--92075531
13
4.9
13
73
23
57
78
0
3
18
0.87
92075469--92075542
18
4.1
18
76
10
71
79
0
5
14
0.90
92076279--92076421
43
3.3
42
85
3
187
28
29
17
24
1.97
92076691--92076737
19
2.5
19
76
10
51
72
4
2
21
1.12
92081548--92081584
15
2.5
15
86
4
58
43
32
5
18
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92081845--92081932
41
2.2
40
91
2
140
18
21
25
35
1.95
92081985--92082009
12
2.1
12
100
0
50
44
32
16
8
1.76
92087579--92087626
20
2.5
20
86
3
62
64
2
6
27
1.28
92099754--92099933
47
3.8
49
79
15
200
28
29
20
21
1.98
92099762--92099933
94
1.8
93
93
1
299
28
29
20
20
1.98
92100352--92100411
30
2.0
30
87
6
86
28
26
8
36
1.85
92107313--92107492
47
3.8
49
79
15
200
28
29
20
21
1.98
92107321--92107492
94
1.8
93
93
1
299
28
29
20
20
1.98
92107911--92107970
30
2.0
30
87
6
86
28
26
8
36
1.85
92113363--92113422
18
3.1
19
69
11
50
25
3
3
68
1.20
92116402--92116441
17
2.4
17
88
12
57
27
0
0
72
0.85
92116402--92116437
15
2.3
16
90
4
56
25
0
0
75
0.81
92118266--92118292
3
9.0
3
100
0
54
0
33
66
0
0.92
92118394--92118446
27
2.0
27
85
10
74
41
5
7
45
1.56
92119391--92119552
9
17.8
9
72
15
93
59
1
3
35
1.23
92119427--92119475
19
2.6
19
90
3
73
55
0
2
42
1.11
92119500--92119565
19
3.7
18
74
13
64
63
3
1
31
1.19
92120094--92120317
10
23.7
9
67
19
77
30
3
3
62
1.29
92120077--92120153
28
2.6
29
73
19
70
28
5
2
63
1.29
92120160--92120223
29
2.2
31
86
10
91
37
0
3
59
1.13
92120209--92120285
36
2.2
35
81
9
86
27
2
2
67
1.17
92120565--92120599
10
3.7
10
92
7
56
5
20
0
74
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92124254--92124285
15
2.1
15
94
0
55
12
9
9
68
1.39
92128817--92128881
22
2.8
23
76
4
69
63
1
0
35
1.04
92130724--92130842
59
2.0
60
96
1
222
34
11
10
42
1.77
92135534--92135594
25
2.4
25
100
0
122
49
0
6
44
1.28
92139334--92139383
20
2.5
20
83
0
64
10
38
2
50
1.48
92142574--92142627
24
2.2
24
100
0
108
61
24
0
14
1.34
92147561--92147676
50
2.4
49
82
5
139
27
21
14
36
1.93
92153598--92153713
50
2.4
49
82
5
139
27
21
14
36
1.93
92155900--92156075
92
1.9
92
83
1
228
39
14
23
22
1.91
92155946--92156156
46
4.6
46
81
7
243
42
12
23
21
1.87
92155957--92156156
90
2.2
91
85
5
262
42
13
23
21
1.88
92159042--92159186
26
5.6
26
96
1
265
40
23
4
31
1.73
92159042--92159186
51
2.8
52
95
1
265
40
23
4
31
1.73
92160996--92161055
23
2.7
22
72
20
54
35
0
1
63
1.05
92160986--92161051
31
2.1
31
86
5
89
36
0
3
60
1.12
92164662--92164723
25
2.5
24
75
12
63
56
1
8
33
1.38
92164860--92164905
15
2.9
15
90
6
65
67
0
6
26
1.15
92164852--92164952
15
6.8
14
75
15
62
65
0
7
26
1.20
92165876--92166105
44
5.2
43
66
21
136
23
23
20
33
1.97
92165873--92166350
88
5.4
87
90
3
690
24
23
19
32
1.97
92165920--92166334
44
9.4
44
67
17
213
24
23
19
32
1.98
92166328--92166602
133
2.1
133
89
0
415
29
22
17
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92166438--92167429
178
5.4
178
80
9
1104
28
23
17
30
1.97
92166662--92166756
44
2.2
45
79
7
106
23
27
21
28
1.99
92166784--92166831
22
2.2
22
88
7
71
20
31
14
33
1.93
92166616--92167007
200
2.0
200
89
2
608
27
24
18
30
1.98
92166438--92167424
378
2.7
356
86
4
1312
28
23
17
30
1.97
92174128--92174169
17
2.3
19
80
12
52
71
0
2
26
0.98
92174239--92174304
21
3.3
21
72
20
70
66
0
7
25
1.18
92174247--92174351
15
7.1
15
68
18
60
65
1
6
25
1.27
92174224--92174363
73
1.9
73
82
10
176
63
2
7
27
1.32
92175494--92175528
18
1.9
18
100
0
70
51
0
0
48
1.00
92175494--92175536
18
2.4
18
92
0
68
51
2
2
44
1.27
92182270--92182312
2
21.5
2
100
0
86
51
0
0
48
1.00
92200953--92201014
3
20.0
3
83
6
61
33
8
0
58
1.28
92201116--92201192
3
25.7
3
75
10
59
35
9
1
54
1.40
92201116--92201191
27
2.6
29
85
8
93
35
9
1
53
1.41
92201116--92201195
33
2.6
30
82
13
83
35
8
1
55
1.39
92201265--92201327
26
2.8
21
71
26
56
25
12
0
61
1.31
92204042--92204226
3
63.0
3
65
19
61
28
8
2
61
1.37
92204042--92204115
30
2.5
30
84
4
96
29
13
2
54
1.53
92204135--92204216
29
2.8
28
78
14
85
29
3
1
65
1.17
92204370--92204419
3
16.7
3
82
0
55
30
4
6
60
1.39
92204372--92204431
27
2.2
27
88
5
86
28
5
6
60
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
92205859--92205902
17
2.6
17
100
0
88
15
13
18
52
1.75
92219099--92219373
44
6.2
44
71
13
172
30
14
26
28
1.95
92219095--92219704
177
3.4
177
83
4
680
30
15
26
27
1.96
92219653--92219881
44
5.1
43
69
14
115
29
16
28
25
1.97
92219500--92219825
133
2.4
134
79
9
371
29
17
26
26
1.97
92222036--92222104
20
3.5
20
82
7
77
10
39
2
47
1.52
92230865--92230903
18
2.1
19
85
4
53
38
5
2
53
1.37
92233046--92233071
13
2.0
13
100
0
52
84
0
0
15
0.62
92241177--92241273
50
1.9
50
87
4
142
34
13
9
43
1.76
92241222--92241619
197
2.0
201
84
5
520
33
13
18
34
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335