genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88451209--88451268	3	20.3	3	80	10	61	68	0	0	31	0.90
88451207--88451269	14	4.5	13	83	15	56	68	0	0	31	0.90
88455364--88455394	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
88455537--88455567	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
88455594--88455641	19	2.6	18	83	9	53	68	2	27	2	1.11
88457877--88458047	92	1.8	93	92	1	290	28	29	21	21	1.98
88457870--88458044	46	3.8	46	76	14	189	29	29	21	20	1.98
88459773--88459803	13	2.4	13	94	0	53	25	0	19	54	1.44
88460334--88460407	20	3.7	20	90	0	103	17	37	32	12	1.87
88461951--88462023	31	2.4	30	80	8	85	34	10	13	41	1.80
88462166--88462224	29	2.0	30	90	3	93	54	15	0	30	1.42
88462903--88462955	26	2.0	28	85	7	74	13	24	13	49	1.77
88468278--88468330	26	2.0	28	88	7	83	18	20	11	49	1.78
88470259--88470288	15	2.1	14	93	6	51	50	0	0	50	1.00
88471670--88471695	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
88477401--88477438	20	1.9	20	88	0	58	39	5	0	55	1.23
88478713--88478747	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
88478941--88478987	24	2.0	24	100	0	94	38	2	12	46	1.54
88479617--88479658	22	2.0	21	86	13	59	47	0	0	52	1.00
88482729--88482762	11	2.9	12	91	8	61	67	0	8	23	1.18
88483771--88483797	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
88483850--88483929	40	2.0	40	97	0	151	33	17	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88488965--88489104	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	18	1.96
88489205--88489279	26	2.8	27	87	2	98	32	12	21	34	1.90
88489207--88489279	27	2.8	26	87	2	92	32	9	21	35	1.86
88490718--88490824	26	4.2	25	95	4	180	37	24	4	33	1.76
88494745--88494884	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
88496496--88496604	26	4.2	26	92	2	184	37	24	4	33	1.76
88496496--88496604	51	2.1	52	96	1	202	37	24	4	33	1.76
88497309--88497477	90	1.9	89	86	3	241	33	12	18	36	1.88
88497306--88497560	94	2.8	91	80	5	266	33	11	19	36	1.87
88512195--88512242	24	2.0	24	83	4	60	56	18	8	16	1.65
88512855--88512943	30	3.2	30	66	18	91	41	16	6	34	1.75
88512842--88512951	54	2.0	54	100	0	220	40	16	7	35	1.76
88512846--88512928	24	3.2	24	67	23	69	38	15	7	38	1.75
88519869--88519960	43	2.1	43	83	6	112	30	21	15	32	1.94
88519885--88519977	43	2.2	43	84	1	116	27	29	16	26	1.97
88523255--88523300	8	5.4	8	85	10	56	15	2	0	82	0.76
88523268--88523300	10	3.4	10	87	4	50	12	3	0	84	0.72
88523387--88523421	7	5.0	7	100	0	70	57	0	0	42	0.99
88523420--88523472	15	3.6	15	79	5	63	24	1	1	71	1.06
88523406--88523480	29	2.6	29	73	2	78	32	1	1	65	1.09
88524581--88524757	41	4.3	41	85	4	180	20	21	22	35	1.96
88524682--88524776	40	2.4	40	100	0	190	22	21	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88530978--88531102	46	2.7	46	87	2	162	41	16	23	19	1.90
88534169--88534194	3	8.7	3	100	0	52	0	69	0	30	0.89
88535653--88535757	54	1.9	54	85	11	144	60	1	2	35	1.23
88535640--88535817	70	2.5	69	80	14	175	58	1	3	35	1.24
88539084--88539141	21	2.6	23	75	5	66	43	24	18	13	1.87
88540663--88540708	2	24.0	2	91	8	78	52	0	0	47	1.00
88540829--88540903	16	4.5	16	71	21	55	48	4	0	48	1.20
88541822--88541905	43	2.0	43	87	0	123	23	17	19	39	1.92
88543527--88543561	15	2.3	15	90	0	52	74	2	0	22	0.95
88545214--88545252	21	1.9	21	89	5	62	46	17	7	28	1.76
88556662--88556703	6	6.7	6	89	10	66	64	0	0	35	0.94
88558489--88558746	126	2.0	126	82	2	313	29	17	17	35	1.93
88560062--88560097	17	2.1	18	90	10	58	50	0	8	41	1.33
88562220--88562266	21	2.2	21	100	0	94	51	4	4	40	1.41
88562652--88562709	29	2.0	29	100	0	116	37	17	6	37	1.76
88564447--88564484	18	2.1	18	85	9	51	44	26	0	28	1.54
88565630--88565680	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
88566324--88566396	26	2.8	26	79	8	69	31	9	4	54	1.51
88577702--88577756	25	2.2	24	84	15	67	58	10	20	10	1.62
88578542--88578693	74	2.1	72	85	8	209	25	15	24	34	1.95
88578678--88578711	14	2.4	14	100	0	68	17	14	5	61	1.52
88578702--88578906	54	3.8	54	93	2	340	30	13	20	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88579598--88579635	18	2.1	18	85	9	51	44	26	0	28	1.54
88580798--88580844	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
88582675--88582727	24	2.2	25	83	10	65	45	0	1	52	1.11
88582684--88582725	20	2.2	19	87	8	59	50	0	0	50	1.00
88584651--88584708	29	2.0	29	100	0	116	20	31	10	37	1.86
88590681--88590714	17	2.0	17	100	0	68	23	0	23	52	1.47
88597866--88597892	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
88599297--88599354	18	3.3	18	76	13	66	63	1	0	34	1.04
88605407--88605436	14	2.1	14	100	0	60	60	6	20	13	1.55
88606992--88607478	105	4.4	106	74	15	373	31	17	19	31	1.95
88607164--88607325	61	2.9	53	81	10	180	33	18	18	29	1.95
88607227--88607441	61	3.6	61	75	18	220	33	16	17	33	1.92
88610281--88610346	33	2.0	33	100	0	132	24	27	15	33	1.95
88610459--88610519	21	3.0	21	80	2	61	49	4	16	29	1.66
88610554--88610698	27	5.6	26	71	14	113	60	1	13	24	1.42
88610506--88610644	44	3.0	43	80	11	127	56	2	15	25	1.50
88610554--88610705	55	3.0	49	80	13	141	60	1	14	23	1.42
88610628--88610719	27	3.4	27	79	10	98	57	1	11	29	1.41
88610543--88610705	49	3.1	54	74	15	142	60	1	14	23	1.42
88610883--88610957	5	13.8	5	75	10	51	58	0	20	21	1.39
88610909--88610949	21	1.9	22	90	5	66	58	0	17	24	1.38
88611188--88611230	21	2.0	21	86	0	59	67	2	6	23	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88611182--88611231	21	2.5	19	78	12	55	64	2	6	28	1.28
88611275--88611312	14	2.7	14	92	8	60	68	0	7	23	1.16
88611270--88611357	38	2.3	38	84	5	108	63	1	7	27	1.29
88611318--88611374	14	4.0	14	79	6	53	61	1	8	28	1.36
88612242--88612319	38	2.0	40	90	5	124	23	7	1	67	1.23
88612260--88612326	20	3.5	20	68	15	59	23	8	2	64	1.37
88612637--88612693	11	5.3	11	74	4	53	22	14	0	63	1.30
88612638--88612716	5	14.6	5	73	15	50	22	18	0	58	1.40
88612709--88612761	21	2.5	22	81	9	65	26	11	0	62	1.29
88612718--88612779	21	2.9	22	83	11	76	27	8	0	64	1.21
88612896--88612985	27	3.3	28	80	7	105	27	13	1	57	1.43
88612874--88613014	26	5.1	27	79	11	119	26	13	0	59	1.39
88612874--88612987	54	2.1	55	83	8	144	27	13	0	58	1.41
88612918--88613058	26	5.5	25	71	20	105	24	15	1	58	1.45
88616105--88616574	109	4.3	109	82	2	563	30	19	17	31	1.95
88616382--88616628	55	4.6	54	78	4	264	31	21	17	29	1.96
88617079--88617125	18	2.4	21	83	13	57	42	2	0	55	1.12
88617079--88617120	20	2.0	21	86	13	61	40	2	0	57	1.12
88619520--88619618	36	2.7	37	89	4	148	36	11	14	38	1.81
88619512--88619607	18	5.3	18	91	3	149	35	10	16	37	1.83
88626268--88626334	6	10.8	6	75	21	59	83	0	16	0	0.64
88626255--88626334	14	5.8	14	79	16	62	82	0	16	1	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88626256--88626334	29	2.8	27	79	11	79	82	0	16	1	0.74
88626255--88626331	22	3.5	22	81	12	95	81	0	16	1	0.75
88627508--88627612	43	2.4	43	84	4	122	26	15	31	26	1.96
88627407--88627839	88	5.0	85	72	13	272	28	15	29	26	1.96
88627263--88627939	131	5.2	131	88	2	1000	28	16	28	27	1.97
88628472--88628597	19	6.9	19	85	10	183	36	9	15	38	1.81
88628472--88628597	35	3.5	35	89	5	180	36	9	15	38	1.81
88628576--88628623	22	2.2	22	85	7	62	39	4	16	39	1.68
88628588--88628630	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
88642586--88642656	30	2.3	30	92	2	115	46	1	8	43	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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