genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75720746--75722576	79	22.9	80	71	14	645	33	18	17	30	1.94
75720746--75722576	72	22.8	79	70	15	618	33	18	17	30	1.94
75721153--75721298	75	1.9	75	83	5	188	32	21	18	27	1.97
75720975--75721825	168	5.0	167	86	4	1043	35	18	17	28	1.94
75720817--75721803	335	2.9	333	83	6	1096	34	18	17	29	1.94
75721528--75722528	228	4.2	242	82	7	770	33	18	17	30	1.94
75721912--75722587	72	9.0	72	86	7	778	32	18	16	31	1.93
75721933--75722587	302	2.2	296	86	4	891	32	18	16	32	1.93
75729907--75729956	24	2.1	24	85	7	66	46	10	20	24	1.81
75732359--75732411	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
75732816--75732849	16	2.2	16	89	5	52	29	11	8	50	1.69
75733389--75733442	15	3.5	15	90	5	90	12	5	16	64	1.45
75733388--75733443	16	3.6	16	90	4	96	12	5	16	66	1.42
75733653--75733759	31	3.6	30	79	12	105	41	3	22	32	1.72
75739710--75739859	54	2.8	54	85	0	201	30	20	8	41	1.81
75739710--75739859	27	5.6	27	78	3	149	30	20	8	41	1.81
75739846--75739897	27	1.9	27	84	7	70	46	19	7	26	1.77
75739691--75739887	54	3.6	54	78	4	139	34	20	8	37	1.83
75739727--75739889	81	2.0	81	82	4	195	33	19	7	39	1.80
75739880--75739943	27	2.4	27	86	0	92	42	20	14	23	1.88
75742197--75742367	27	6.3	27	83	0	171	29	22	8	39	1.83
75742209--75742367	54	2.9	54	86	0	210	30	22	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75742197--75742367	81	2.1	81	88	0	252	29	22	8	39	1.83
75742399--75742576	27	6.6	27	77	8	166	40	23	8	27	1.83
75742371--75742570	81	2.5	79	77	17	203	41	21	9	28	1.84
75742597--75742670	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
75743415--75743465	20	2.5	20	90	0	75	39	9	19	31	1.84
75743515--75743646	26	5.4	25	88	6	175	28	19	24	27	1.99
75743777--75743868	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
75746203--75746370	26	6.3	26	78	10	153	28	23	7	39	1.82
75746203--75746370	53	3.2	54	88	5	254	28	23	7	39	1.82
75746203--75746370	79	2.1	80	81	6	207	28	23	7	39	1.82
75746402--75746576	27	6.7	26	77	10	144	40	23	8	28	1.83
75746402--75746575	54	3.3	51	81	7	170	40	23	8	28	1.83
75746609--75746668	26	2.3	27	80	8	70	36	16	25	21	1.94
75747350--75747416	20	3.3	20	93	4	109	38	10	19	31	1.85
75747466--75747549	25	3.4	25	85	6	109	28	20	23	27	1.99
75747682--75747773	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
75747797--75747903	30	3.5	31	88	5	166	28	17	25	28	1.98
75750172--75750368	27	7.3	27	88	2	263	28	25	7	38	1.82
75750172--75750368	81	2.5	80	90	2	297	28	25	7	38	1.82
75750400--75750577	54	3.3	54	82	1	196	40	22	8	28	1.83
75750420--75750578	81	2.0	81	80	9	182	40	21	8	29	1.83
75750400--75750580	27	6.7	27	77	6	163	39	22	8	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75756739--75756782	23	1.9	23	81	9	54	38	9	11	40	1.73
75761108--75761169	21	3.0	21	85	4	81	33	12	19	33	1.90
75761108--75761161	11	5.1	11	77	8	67	33	14	20	31	1.93
75761217--75761275	25	2.4	24	88	5	82	30	20	20	28	1.97
75770072--75770151	41	2.0	41	87	5	117	20	16	33	30	1.94
75774821--75774968	40	3.7	40	86	5	219	24	27	22	26	2.00
75774821--75774968	79	1.9	80	87	4	219	24	27	22	26	2.00
75779261--75779395	40	3.4	40	95	0	243	29	29	20	20	1.98
75785435--75785614	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
75793463--75793633	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
75796161--75796205	22	2.0	22	87	8	65	26	6	48	17	1.72
75796233--75796298	34	1.9	34	87	0	96	33	21	19	25	1.97
75821103--75821144	20	2.1	20	100	0	84	52	4	4	38	1.44
75825676--75825852	40	4.4	40	83	4	216	24	22	27	25	1.99
75828799--75828830	9	3.6	9	91	0	55	34	0	18	46	1.49
75828799--75828835	18	2.1	17	95	5	65	37	0	16	45	1.47
75828893--75829020	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
75828893--75829020	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
75829445--75829930	244	2.0	244	97	0	909	33	13	17	35	1.89
75832943--75832976	13	2.6	13	90	0	59	38	0	38	23	1.55
75833483--75833517	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
75833631--75833705	26	2.9	26	86	4	89	46	4	6	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75834602--75834665	31	2.1	31	87	0	92	23	23	17	35	1.95
75834878--75834978	23	4.2	24	88	6	161	27	21	18	31	1.97
75835029--75835087	20	3.0	20	92	0	100	33	22	10	33	1.87
75842624--75842686	30	2.1	31	90	3	101	23	22	15	38	1.93
75842897--75842996	23	4.2	24	90	7	161	29	21	19	31	1.97
75842897--75842996	48	2.1	46	92	3	164	29	21	19	31	1.97
75843108--75843155	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
75844932--75845107	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75844928--75845099	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75848057--75848135	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
75848048--75848134	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
75850518--75850693	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75850514--75850685	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75853244--75853304	21	3.0	20	80	7	68	42	40	0	16	1.48
75853412--75853460	14	3.4	14	75	5	53	36	38	2	22	1.66
75853381--75853468	29	3.2	26	81	13	88	31	39	1	27	1.64
75853404--75853482	29	2.8	28	82	5	95	34	36	1	27	1.65
75855181--75855356	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75855177--75855348	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75858298--75858366	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
75858289--75858376	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
75860762--75860937	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75860758--75860929	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75863888--75863966	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
75863879--75863965	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
75866347--75866522	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
75866343--75866514	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
75869133--75869188	21	2.6	22	77	2	60	50	26	1	21	1.59
75869223--75869312	29	3.1	28	81	9	101	32	40	1	26	1.64
75870974--75871072	28	3.5	28	83	4	110	28	15	27	29	1.96
75878624--75878721	28	3.5	27	80	5	108	29	15	25	29	1.96
75883733--75883794	31	2.0	31	87	6	90	24	24	14	37	1.93
75884009--75884152	23	6.1	23	93	4	227	28	21	20	29	1.98
75884009--75884152	47	3.1	47	94	4	247	28	21	20	29	1.98
75884007--75884153	70	2.1	70	92	5	242	27	21	20	29	1.98
75884206--75884268	20	3.2	20	88	0	90	28	20	12	38	1.89
75886433--75886603	46	3.7	46	78	12	199	22	20	28	29	1.98
75886430--75886598	92	1.8	92	93	2	295	21	20	28	28	1.98
75893995--75894167	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
75893992--75894162	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
75901913--75901938	7	3.7	7	100	0	52	42	0	11	46	1.40
75905682--75905777	39	2.4	39	89	1	147	33	27	4	35	1.76
75909955--75909993	21	1.9	20	89	5	60	28	2	20	48	1.62
75911151--75911180	11	2.6	12	89	10	53	20	0	26	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75912575--75912616	22	1.9	22	85	0	57	42	0	21	35	1.53
75913077--75913238	42	3.8	42	82	4	193	32	16	23	27	1.96
75913077--75913238	85	1.9	84	81	6	193	32	16	23	27	1.96
75920160--75920198	21	1.9	20	89	5	60	28	7	23	41	1.82
75922010--75922146	45	3.0	45	96	0	256	24	21	37	16	1.93
75923892--75924054	40	4.1	40	88	4	224	27	27	22	22	1.99
75928191--75928280	47	1.9	47	97	0	171	31	20	14	34	1.92
75932236--75932293	28	2.0	29	83	3	73	39	6	22	31	1.80
75932959--75933212	68	3.9	64	77	10	212	29	16	29	25	1.96
75933028--75933212	67	2.9	64	78	8	205	28	16	30	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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