genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  68  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23383166--23383245	27	3.1	25	75	18	74	57	2	1	38	1.20
23383808--23383840	18	1.9	17	88	11	50	30	6	0	63	1.18
23387023--23387078	28	2.0	27	86	3	76	35	3	7	53	1.46
23396119--23396235	57	2.1	57	89	6	179	3	5	15	76	1.10
23396185--23396220	16	2.3	15	90	4	54	0	8	2	88	0.59
23396867--23397444	88	7.0	83	71	14	288	36	18	16	28	1.93
23397035--23397096	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
23397192--23397226	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
23397244--23397584	72	4.5	73	81	6	380	32	19	17	30	1.95
23397599--23397637	14	2.8	14	100	0	78	58	0	20	20	1.39
23397627--23397788	74	2.1	74	84	7	211	32	20	17	28	1.96
23397441--23397931	165	2.9	168	85	8	609	32	19	18	28	1.96
23397792--23397931	74	1.9	75	87	3	210	27	22	20	28	1.99
23397996--23398161	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
23398161--23398424	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
23398161--23398424	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
23397999--23398591	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
23405364--23405394	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
23405891--23405920	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
23406764--23406798	16	2.2	16	90	10	54	2	8	0	88	0.61
23408960--23409008	24	1.9	27	84	12	68	63	10	0	26	1.26
23414189--23414278	42	2.1	42	97	0	171	41	11	22	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23416134--23416253	60	2.0	60	93	3	206	34	19	15	31	1.92
23419441--23419497	18	3.2	18	79	0	78	38	12	12	36	1.80
23419474--23419540	26	2.6	25	79	4	64	37	14	11	35	1.84
23419514--23419581	18	3.7	18	78	2	64	47	14	5	32	1.69
23419697--23419814	53	2.2	54	89	6	186	41	21	20	16	1.90
23419840--23419864	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
23423778--23424774	495	2.0	496	86	2	1394	33	15	13	37	1.87
23431458--23431575	61	1.9	61	87	0	173	38	6	18	36	1.78
23431458--23431589	61	2.2	61	84	1	158	37	6	18	37	1.75
23432821--23432906	42	2.0	42	97	0	163	26	24	20	27	1.99
23444300--23444502	89	2.3	88	80	4	221	29	20	22	27	1.98
23444582--23444733	41	3.7	41	93	0	250	34	19	17	28	1.95
23445561--23445602	22	1.9	22	85	0	57	4	11	0	83	0.79
23446506--23446613	3	34.3	3	81	12	112	28	4	3	62	1.32
23446907--23446952	21	2.1	22	84	4	58	30	4	2	63	1.26
23450908--23450938	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
23453008--23453050	21	2.0	22	82	13	54	34	6	4	53	1.49
23454300--23454338	8	4.9	8	83	0	51	61	2	0	35	1.10
23454122--23454365	130	1.8	134	81	7	302	59	4	4	31	1.37
23454539--23454648	9	11.2	9	71	19	62	61	0	6	30	1.27
23454570--23454652	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
23454570--23454653	12	6.8	12	77	16	75	65	1	3	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23454575--23454634	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
23455161--23455246	30	2.9	30	98	0	163	24	6	52	16	1.68
23455193--23455245	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
23455764--23456034	79	3.3	79	88	5	364	19	21	21	38	1.94
23455956--23456503	42	12.8	41	68	15	245	20	22	22	34	1.97
23455919--23456462	86	6.3	86	86	4	690	20	23	22	34	1.97
23457371--23457484	52	2.2	53	91	1	185	55	9	13	21	1.66
23457778--23457809	4	7.8	4	93	6	55	0	25	0	75	0.81
23461855--23461995	60	2.3	60	84	8	171	27	18	26	27	1.98
23464100--23464145	19	2.4	19	89	7	67	52	13	15	19	1.75
23466048--23466081	2	17.0	2	87	0	50	50	0	2	47	1.16
23466183--23466210	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23466012--23466249	130	1.8	132	86	5	340	58	5	3	32	1.38
23466324--23466376	12	4.5	13	73	20	53	62	5	0	32	1.19
23466451--23466532	3	27.3	3	73	22	59	64	2	3	29	1.23
23466456--23466515	18	3.2	18	82	13	75	63	3	3	30	1.27
23466456--23466543	9	9.8	8	72	27	54	68	2	3	26	1.17
23467022--23467107	30	2.9	30	96	0	154	25	6	50	17	1.71
23467053--23467105	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
23473075--23473145	28	2.6	27	88	2	106	23	9	5	60	1.50
23473075--23473152	27	2.8	28	88	1	113	23	8	6	61	1.49
23475648--23475789	48	3.1	44	80	15	160	35	3	42	17	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23475647--23475786	46	3.0	46	77	15	160	36	3	42	17	1.67
23475848--23475915	22	3.0	22	82	6	64	50	2	0	47	1.16
23475841--23475932	34	2.5	38	86	8	120	51	2	0	46	1.13
23475879--23475933	25	2.2	25	83	6	67	56	0	0	43	0.99
23479130--23479174	20	2.2	20	88	4	63	35	2	6	55	1.38
23486189--23486236	22	2.3	20	83	13	62	33	6	6	54	1.51
23493240--23493345	54	2.0	54	86	0	149	37	13	9	39	1.77
23493955--23494046	41	2.3	40	81	3	112	27	25	22	25	2.00
23494666--23494708	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
23497590--23497842	134	1.9	133	97	0	479	19	9	18	52	1.73
23504216--23504255	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
23505914--23505981	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
23506158--23506213	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
23506318--23506525	9	22.6	9	74	9	116	47	12	1	37	1.51
23506314--23506525	27	8.0	27	73	11	152	47	12	1	38	1.51
23506287--23506525	62	3.9	62	76	10	222	47	12	1	38	1.51
23506346--23506549	105	1.9	105	86	3	286	48	12	0	38	1.48
23506346--23506599	105	2.4	102	80	6	235	47	13	1	37	1.50
23512171--23512221	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
23512473--23512539	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
23512613--23512962	43	8.1	43	92	3	560	24	34	18	23	1.96
23513011--23513088	31	2.5	31	100	0	156	30	20	29	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23513652--23513758	23	4.7	23	81	3	135	45	24	18	11	1.82
23514177--23514244	30	2.3	30	84	5	84	48	4	17	29	1.67
23516599--23516702	46	2.3	46	96	0	190	37	14	23	25	1.92
23516678--23516725	23	2.1	23	96	0	87	37	20	18	22	1.94
23550919--23550968	19	2.5	20	74	6	57	64	2	8	26	1.32
23562627--23562658	13	2.3	15	89	10	50	34	0	0	65	0.93
23567876--23567911	2	18.0	2	94	0	63	0	2	50	47	1.15
23572851--23572922	30	2.3	32	78	4	85	38	2	2	55	1.29
23574002--23574038	19	1.9	19	94	0	65	51	0	0	48	1.00
23573989--23574046	19	3.1	19	82	5	55	53	0	1	44	1.10
23574239--23574302	19	3.4	18	76	20	51	31	9	3	56	1.47
23574842--23574885	22	2.0	22	82	8	54	25	6	9	59	1.53
23576686--23576720	19	1.9	17	88	11	52	40	8	2	48	1.49
23579729--23579812	42	2.0	43	83	6	109	27	25	20	27	1.99
23586562--23586784	79	2.8	79	83	8	263	25	22	27	25	2.00
23586562--23586786	40	5.7	40	85	7	273	24	22	27	25	2.00
23586563--23586786	119	1.9	120	82	8	287	25	22	27	25	2.00
23586569--23586819	79	3.2	78	79	11	253	26	21	26	25	1.99
23589107--23589174	34	2.0	33	86	13	95	39	0	8	51	1.33
23599973--23600011	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
23600081--23600116	15	2.5	15	90	4	56	66	0	33	0	0.92
23604694--23604798	55	1.9	54	83	14	135	20	19	34	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607868--23607919	23	2.3	22	84	15	63	67	3	7	21	1.32
23618972--23619122	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
23621069--23621096	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
23624605--23624944	158	2.2	158	90	1	520	31	21	15	32	1.94
23625159--23625238	34	2.4	33	82	13	103	41	0	0	58	0.98
23625832--23625911	39	2.1	39	100	0	160	63	18	5	12	1.46
23641217--23641266	26	1.9	26	87	0	73	50	0	2	48	1.12
23643301--23643382	40	2.1	40	90	2	130	59	4	4	30	1.39
23647328--23647354	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
23652973--23653246	39	7.0	39	89	0	404	24	28	23	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335