genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72428433--72428473	17	2.4	17	91	4	64	2	34	0	63	1.08
72429062--72429101	8	4.9	8	81	6	53	20	0	7	72	1.08
72429064--72429119	17	3.5	16	79	13	53	23	0	7	69	1.12
72431325--72431352	12	2.3	12	100	0	56	7	7	50	35	1.57
72433884--72433928	22	2.0	22	100	0	90	53	4	8	33	1.52
72438944--72438987	6	7.3	6	80	10	54	40	0	0	59	0.98
72438957--72438981	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
72438944--72438987	18	2.4	18	88	7	63	40	0	0	59	0.98
72438978--72439052	23	3.3	23	92	0	114	44	1	2	52	1.23
72439102--72439127	13	2.0	13	100	0	52	53	38	0	7	1.30
72439358--72439393	18	1.9	19	88	5	56	25	8	5	61	1.46
72440742--72440825	36	2.3	36	97	0	159	32	20	21	26	1.98
72441346--72441372	14	1.9	14	100	0	54	18	22	7	51	1.70
72441892--72442576	44	15.2	44	75	11	494	29	19	17	33	1.95
72442125--72442409	45	6.0	51	75	13	209	27	20	17	34	1.95
72442132--72442447	95	3.4	95	86	4	387	28	20	17	33	1.96
72441956--72442576	133	4.6	132	73	13	441	28	20	17	33	1.95
72446647--72446689	18	2.4	18	84	7	52	34	25	0	39	1.56
72450230--72450288	29	2.0	29	93	0	100	28	23	13	33	1.93
72461891--72461940	24	2.1	24	96	0	91	42	20	4	34	1.70
72463161--72463241	5	16.2	5	100	0	162	60	0	0	39	0.97
72469409--72469469	32	1.9	32	89	0	95	40	9	11	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72476479--72476510	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
72478532--72478583	27	1.9	27	88	7	79	48	11	23	17	1.79
72479142--72479174	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
72481324--72481392	28	2.5	28	90	4	106	30	28	14	26	1.95
72495265--72495433	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
72506345--72506393	24	2.0	24	92	4	80	57	24	6	12	1.58
72513788--72514077	142	2.0	142	97	0	544	36	6	18	37	1.78
72521628--72521680	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
72523159--72523237	25	3.2	25	94	5	142	36	25	6	31	1.81
72528628--72528679	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
72530163--72530244	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
72532444--72532481	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
72532585--72532849	56	4.7	55	85	2	314	28	15	22	33	1.95
72532585--72532849	111	2.4	111	87	1	368	28	15	22	33	1.95
72532585--72532879	56	5.3	54	80	7	263	28	15	23	32	1.95
72534237--72534262	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
72535958--72536075	34	3.2	36	77	20	104	34	5	0	60	1.19
72536002--72536092	5	18.8	5	69	18	59	37	2	1	59	1.17
72538912--72539143	76	3.1	76	83	1	286	35	20	18	25	1.95
72541962--72541991	15	2.0	15	100	0	60	46	40	6	6	1.56
72548389--72548431	17	2.4	18	80	11	52	6	20	44	27	1.77
72548679--72548749	27	2.6	27	81	0	79	35	18	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72548690--72548764	27	2.8	27	83	0	87	33	16	21	29	1.95
72548927--72548991	27	2.4	27	81	0	76	18	20	24	36	1.94
72552145--72552178	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
72557312--72557367	14	4.1	13	75	24	53	60	1	1	35	1.17
72557302--72557360	14	3.9	15	80	12	75	61	1	3	33	1.23
72557298--72557365	34	2.0	33	88	2	100	61	1	2	33	1.20
72557324--72557367	12	3.4	12	82	14	52	61	0	2	36	1.09
72557480--72557654	15	11.4	16	67	28	64	61	1	3	33	1.23
72557468--72557574	39	3.0	35	72	18	87	60	1	1	35	1.18
72557540--72557676	43	3.3	40	78	14	109	62	2	4	31	1.27
72557603--72557667	22	3.2	19	75	16	58	61	3	6	29	1.35
72557656--72557698	16	2.6	17	78	14	54	62	6	4	25	1.40
72559277--72560069	289	2.7	289	92	0	1271	30	20	17	31	1.96
72564117--72564247	47	2.8	47	82	0	163	34	25	16	22	1.95
72565579--72565749	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
72565572--72565747	46	3.8	46	79	12	198	28	27	21	22	1.99
72565621--72565759	47	3.0	46	73	16	135	29	27	19	23	1.98
72572721--72572789	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
72574416--72574453	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
72580723--72580791	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
72581943--72582011	28	2.5	28	92	2	113	20	8	27	43	1.81
72583160--72583228	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72584857--72584894	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
72593281--72593313	16	2.0	17	88	5	50	9	9	27	54	1.62
72598651--72598690	6	6.5	6	97	2	71	17	2	0	80	0.83
72600127--72600186	27	2.2	27	93	0	102	35	13	23	28	1.92
72603193--72603230	20	1.9	20	88	0	58	18	34	23	23	1.96
72607697--72607722	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
72609974--72610119	51	2.9	50	89	3	220	34	13	13	38	1.85
72609974--72610153	51	3.5	51	86	4	186	35	13	12	38	1.84
72609974--72610155	101	1.8	100	80	7	224	35	13	12	38	1.83
72616918--72616967	14	3.2	17	72	18	54	50	0	4	46	1.20
72617753--72617797	20	2.2	20	100	0	90	37	8	15	37	1.79
72619115--72619440	29	11.6	29	71	14	186	36	17	21	23	1.95
72619114--72619449	57	6.0	57	81	5	326	36	17	21	24	1.95
72619321--72619423	50	2.0	51	84	1	136	33	19	21	26	1.97
72623129--72623271	65	2.2	64	94	2	250	25	27	30	16	1.97
72630537--72630586	22	2.3	21	86	3	64	20	32	32	16	1.94
72643500--72643560	30	2.0	30	100	0	122	39	6	32	21	1.79
72648178--72648223	21	2.2	21	88	7	67	63	0	0	36	0.95
72648187--72648233	22	2.1	22	84	7	60	68	0	0	31	0.90
72648355--72648517	77	2.1	77	96	2	303	47	6	7	38	1.56
72651578--72651646	27	2.5	28	88	6	106	42	0	15	42	1.47
72653764--72653799	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72654978--72655055	37	2.1	37	85	0	102	44	6	14	34	1.70
72657789--72657820	17	1.9	17	93	6	57	75	3	3	18	1.08
72657849--72657892	17	2.4	19	85	11	65	45	2	0	52	1.13
72659233--72659360	26	4.9	26	73	13	111	62	1	5	30	1.27
72659370--72659528	76	2.1	79	77	15	172	57	3	6	32	1.42
72659420--72659554	50	2.7	47	78	11	137	57	4	5	32	1.41
72659420--72659554	23	5.5	24	76	15	116	57	4	5	32	1.41
72660828--72660896	29	2.4	29	85	2	95	27	5	7	59	1.47
72661022--72661053	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
72666359--72666609	128	2.0	128	92	0	423	25	14	23	37	1.92
72667028--72667075	18	2.8	17	78	9	53	12	6	10	70	1.32
72677819--72678623	177	4.6	176	89	2	1188	30	19	21	29	1.97
72678163--72678259	45	2.2	46	87	7	137	32	18	20	27	1.96
72679909--72679956	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
72680111--72680175	29	2.3	28	86	5	94	27	6	7	58	1.50
72680288--72680317	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72680828--72681078	128	2.0	128	92	0	423	25	13	23	36	1.92
72681873--72681941	34	2.0	34	97	0	129	23	36	11	28	1.90
72685328--72685381	23	2.3	23	82	14	67	66	0	1	31	1.02
72685343--72685392	20	2.6	21	81	15	63	68	0	0	32	0.90
72685347--72685383	19	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
72686212--72686256	20	2.2	20	88	7	65	60	4	2	33	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72686583--72686645	28	2.2	28	97	2	117	28	3	28	39	1.72
72695966--72696001	2	18.0	2	88	0	54	44	0	2	52	1.15
72701092--72701170	38	2.1	38	95	0	140	15	13	8	62	1.55
72703812--72703956	53	2.7	55	84	4	197	34	18	24	22	1.96
72704195--72704225	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72706310--72706348	12	3.5	12	86	13	57	25	5	7	61	1.44
72706435--72706474	19	2.1	19	86	9	55	22	0	7	70	1.12
72706447--72706492	25	1.9	23	86	8	65	30	0	6	63	1.20
72707159--72707198	21	1.9	21	100	0	80	32	20	10	37	1.85
72726604--72726664	30	2.0	30	100	0	122	24	22	16	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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