genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69104147--69104230	27	3.2	26	84	5	105	39	17	19	23	1.92
69104366--69104508	27	5.3	27	89	0	196	25	19	20	34	1.96
69106934--69107003	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
69106934--69107015	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
69110437--69110479	18	2.4	18	92	0	68	32	32	4	30	1.78
69113759--69113839	40	2.0	40	97	0	153	24	14	18	41	1.88
69113872--69114069	98	2.0	98	97	0	369	33	25	11	29	1.90
69115563--69115587	13	1.9	13	100	0	50	16	44	16	24	1.86
69120929--69121228	20	15.1	20	78	0	260	45	18	22	14	1.85
69120929--69121156	40	5.7	40	85	1	287	46	18	21	12	1.83
69120945--69121228	139	2.0	139	85	3	374	45	17	22	14	1.85
69123370--69123408	19	2.1	19	90	0	60	12	10	41	35	1.77
69123452--69123497	19	2.6	18	83	10	51	56	0	36	6	1.25
69133478--69133513	17	2.1	17	89	0	54	66	0	13	19	1.24
69133477--69133517	21	1.9	22	95	5	75	65	0	14	19	1.26
69143727--69143902	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
69143723--69143894	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
69146815--69146893	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
69146806--69146892	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
69149271--69149446	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
69149267--69149438	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
69158501--69158682	40	4.7	40	85	7	198	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69158553--69158714	77	2.1	78	80	7	179	27	20	27	24	1.99
69161501--69161552	27	1.9	27	92	0	86	42	25	23	9	1.84
69163940--69163972	15	2.1	17	88	11	52	60	0	24	15	1.35
69166391--69166431	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
69166357--69166430	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
69171333--69171449	58	2.0	58	93	0	198	33	11	16	39	1.84
69172443--69172570	7	18.0	7	68	10	55	38	38	0	23	1.55
69172608--69172659	14	3.7	14	81	0	59	48	25	0	26	1.52
69172816--69173105	41	7.1	41	85	4	354	19	20	23	36	1.95
69172827--69173105	122	2.3	122	88	5	400	19	20	23	36	1.95
69185406--69185590	40	4.6	40	84	3	246	23	27	23	25	2.00
69187795--69187862	33	2.1	33	91	0	109	20	26	13	39	1.89
69189312--69189355	7	6.1	7	92	7	63	47	38	0	13	1.43
69189312--69189355	13	3.1	14	90	9	63	47	38	0	13	1.43
69190141--69190178	20	1.9	20	84	10	51	73	2	7	15	1.17
69190961--69190994	11	3.0	11	86	4	50	20	14	26	38	1.91
69195030--69195099	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
69197826--69197995	46	3.7	46	78	4	189	29	28	20	21	1.98
69197834--69198005	93	1.8	93	88	0	263	27	27	21	22	1.99
69200380--69200482	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
69203454--69203694	39	6.2	39	91	0	383	23	20	32	22	1.98
69210191--69210374	40	4.6	40	82	2	219	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69210191--69210374	80	2.3	81	84	5	241	25	25	22	26	2.00
69216107--69216257	40	3.8	40	80	7	173	24	27	23	24	2.00
69216111--69216297	80	2.3	80	82	9	229	24	26	22	26	2.00
69221655--69221840	38	4.7	40	76	7	193	25	25	22	26	2.00
69221655--69221840	78	2.4	79	82	6	227	25	25	22	26	2.00
69224982--69225028	24	2.0	24	91	0	76	29	31	6	31	1.83
69227492--69227787	27	10.9	28	80	6	324	28	21	9	40	1.85
69227489--69227787	54	5.5	54	86	1	429	27	21	9	40	1.85
69227492--69227792	108	2.8	108	93	1	496	28	20	9	41	1.84
69227797--69227911	27	4.3	26	80	6	122	33	17	21	26	1.96
69227794--69227911	54	2.2	55	84	7	161	33	16	22	27	1.95
69228110--69228190	27	3.1	26	84	8	94	19	20	22	37	1.95
69228278--69228336	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
69228501--69228574	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
69228692--69228842	6	24.8	6	71	17	107	20	15	13	50	1.78
69228692--69228832	61	2.3	61	90	2	212	20	15	13	50	1.78
69230092--69230325	125	1.9	125	96	0	432	32	24	12	30	1.93
69233701--69233778	27	2.9	27	90	1	113	42	17	20	19	1.90
69233737--69233794	27	2.1	27	80	0	62	43	20	20	15	1.88
69233977--69234057	27	3.0	27	87	0	108	23	19	20	35	1.96
69248498--69248523	12	2.2	12	100	0	52	23	7	26	42	1.81
69249858--69250033	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69249854--69250025	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
69252950--69253018	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
69252941--69253028	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
69255410--69255585	46	3.8	45	81	10	221	21	21	28	28	1.98
69255406--69255577	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
69260232--69260285	27	2.0	27	92	7	92	31	9	18	40	1.82
69261876--69262047	40	4.3	40	89	0	256	26	30	19	23	1.98
69268280--69268360	40	2.0	40	85	0	108	18	20	32	28	1.97
69273865--69273994	27	4.8	27	85	0	161	29	20	8	41	1.82
69273973--69274302	27	12.2	27	75	7	188	40	21	8	30	1.82
69273872--69274021	81	1.9	81	81	2	185	32	19	8	40	1.80
69273973--69274302	54	6.1	54	75	8	258	40	21	8	30	1.82
69273852--69274036	81	2.3	81	74	1	183	34	21	7	36	1.82
69273987--69274193	80	2.6	81	82	3	240	41	21	8	28	1.83
69275208--69275301	25	3.8	25	94	1	154	26	26	22	24	2.00
69275207--69275314	25	4.4	25	84	12	127	29	24	22	24	1.99
69275520--69275660	31	4.5	31	96	0	246	28	17	24	29	1.98
69276768--69276932	30	5.5	30	78	8	131	28	24	11	35	1.90
69276917--69276991	30	2.5	30	86	0	105	17	28	14	40	1.89
69278634--69278726	25	3.8	24	75	11	89	27	25	13	32	1.94
69278634--69278742	49	2.2	50	86	1	148	28	25	14	31	1.95
69278634--69278742	25	4.4	25	73	16	84	28	25	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69280804--69280851	22	2.2	23	78	14	57	50	18	2	29	1.59
69282315--69282373	24	2.4	24	78	13	59	15	10	25	49	1.76
69286636--69286819	43	4.3	43	86	3	239	26	27	19	26	1.99
69290986--69291036	14	3.7	14	78	5	50	33	1	3	60	1.26
69293079--69293136	28	2.1	27	87	3	80	36	24	6	32	1.82
69293260--69293335	27	2.8	26	80	9	89	21	26	19	32	1.97
69293260--69293349	27	3.2	28	79	6	85	21	26	20	32	1.97
69293797--69293835	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
69294416--69294449	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
69300912--69300975	28	2.3	27	94	2	110	34	28	7	29	1.85
69301595--69301633	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
69302019--69302099	42	2.0	40	95	4	144	17	27	35	19	1.94
69302612--69302659	23	2.0	24	96	4	89	43	4	0	52	1.20
69302619--69302663	11	3.9	12	80	8	58	44	4	0	51	1.21
69303269--69303445	41	4.3	41	94	0	284	19	24	24	31	1.98
69303268--69303485	41	5.4	40	87	3	163	20	23	23	32	1.98
69316585--69316671	40	2.2	40	87	8	124	20	25	32	21	1.98
69319315--69319421	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
69319275--69319421	79	1.9	79	81	5	181	23	30	24	21	1.99
69319284--69319427	39	3.7	40	82	1	139	23	28	23	24	2.00
69327394--69327497	40	2.6	40	81	4	113	23	29	22	25	1.99
69332576--69332679	39	2.7	39	84	3	138	38	1	8	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69340539--69340664	40	3.2	39	78	6	130	22	25	23	28	1.99
69342720--69342806	28	3.1	28	81	0	111	31	28	12	27	1.93
69342788--69342884	40	2.4	40	91	0	149	32	25	17	23	1.96
69346739--69346768	16	1.9	15	93	6	51	50	20	16	13	1.78
69348379--69348422	23	1.9	23	86	9	63	56	0	36	6	1.26
69355389--69355572	40	4.6	39	87	6	221	26	21	26	26	1.99
69355436--69355595	78	2.0	79	82	10	195	28	19	25	26	1.99
69363508--69363691	40	4.7	40	88	6	236	25	21	27	26	2.00
69363559--69363714	80	2.0	79	85	8	210	26	20	26	26	1.99
69370817--69371000	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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