genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8605840--8605890	26	2.0	26	88	7	77	54	1	0	43	1.11
8608425--8608492	29	2.3	31	75	17	72	61	7	0	30	1.23
8613521--8613591	35	2.0	35	100	0	142	16	25	14	43	1.86
8626093--8626117	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
8634673--8634699	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
8639073--8639097	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
8641083--8641131	24	2.0	25	96	4	91	40	18	16	24	1.90
8643771--8643803	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8645782--8645828	16	3.1	15	76	11	51	48	10	2	38	1.50
8645785--8645828	14	2.9	16	80	10	56	50	11	2	36	1.51
8646383--8646431	24	2.1	24	84	3	64	34	16	2	46	1.58
8646782--8646825	20	2.2	20	83	0	52	45	9	18	27	1.79
8646860--8646911	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
8648091--8648244	9	17.7	9	65	23	62	64	1	2	31	1.15
8648091--8648226	26	5.2	26	68	21	88	66	0	2	30	1.12
8648100--8648173	23	3.1	23	76	16	71	68	0	2	28	1.03
8648187--8648226	20	2.1	18	90	9	62	70	0	2	27	1.01
8648257--8648307	21	2.4	21	87	12	70	50	5	1	41	1.37
8656743--8656793	25	2.0	25	92	0	84	29	9	13	47	1.75
8668824--8668873	21	2.4	21	83	3	66	56	2	2	40	1.22
8670345--8670387	12	3.7	12	81	3	52	46	0	0	53	1.00
8682890--8682952	30	2.1	30	90	0	99	46	1	6	46	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8685126--8685152	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8688594--8688650	2	29.5	2	89	7	91	50	0	47	1	1.11
8693966--8694026	29	2.1	29	96	0	113	26	14	21	37	1.92
8695791--8695962	86	2.0	86	90	2	274	26	16	23	33	1.96
8702900--8702929	9	3.3	9	95	0	51	86	3	0	10	0.67
8703680--8703712	13	2.4	14	90	5	50	42	3	6	48	1.43
8714399--8714451	24	2.2	25	77	16	58	62	13	1	22	1.40
8721060--8721113	18	3.2	18	77	12	62	29	0	7	62	1.22
8738109--8738151	21	2.0	22	90	4	70	51	6	0	41	1.29
8738153--8738192	9	4.3	9	90	3	53	65	0	5	30	1.14
8738701--8738802	9	10.7	10	72	16	51	38	1	0	58	1.16
8738751--8738824	19	3.9	18	77	10	69	36	2	2	58	1.27
8739417--8739459	22	1.9	22	85	4	59	58	9	16	16	1.63
8757636--8757884	122	2.0	122	92	0	417	38	17	13	30	1.88
8760315--8760360	22	2.1	22	95	0	83	45	8	15	30	1.76
8762123--8762163	12	3.4	12	83	9	57	63	0	0	36	0.95
8763371--8763406	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
8763358--8763398	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
8763562--8763646	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
8763560--8763634	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
8765393--8765526	53	2.5	53	91	2	207	26	17	27	28	1.98
8767677--8767857	46	3.9	46	88	1	247	20	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769986--8770037	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
8770596--8770647	20	2.5	20	81	3	59	42	15	19	23	1.89
8773013--8773070	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8773016--8773074	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
8773653--8773689	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
8774079--8774135	30	1.9	30	86	13	82	47	3	0	49	1.18
8774505--8774543	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
8792627--8792655	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
8796095--8796156	21	3.0	21	86	4	92	12	22	19	45	1.84
8798656--8798698	21	2.0	21	82	8	52	27	2	4	65	1.25
8799328--8799381	27	2.0	27	85	3	72	50	0	7	42	1.30
8799389--8799426	18	2.2	18	95	4	69	57	0	0	42	0.98
8799389--8799428	19	2.2	18	90	4	62	60	0	0	40	0.97
8799394--8799459	32	2.1	32	82	0	78	56	3	3	37	1.30
8807079--8807217	60	2.3	59	81	9	167	27	24	20	28	1.99
8808516--8808571	17	3.1	18	76	7	60	60	0	35	3	1.14
8810561--8810689	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
8815245--8815303	17	3.4	18	76	6	59	61	0	35	3	1.13
8816859--8817039	39	4.6	39	92	0	290	28	29	22	19	1.98
8817543--8817568	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
8822560--8822731	75	2.4	75	84	8	214	32	10	23	33	1.89
8822563--8822729	35	4.6	35	84	9	176	32	10	23	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8826070--8826100	1	31.0	1	93	0	53	96	0	3	0	0.21
8828838--8828864	14	1.9	14	100	0	54	48	14	0	37	1.45
8835629--8835678	23	2.2	22	82	3	55	56	6	2	36	1.36
8836508--8836545	19	2.0	19	100	0	76	47	5	10	36	1.61
8836570--8836612	20	2.2	20	91	0	68	37	2	2	58	1.24
8836706--8836753	24	2.0	24	83	0	60	33	0	4	62	1.14
8837407--8837450	10	4.4	11	81	16	51	22	0	2	75	0.92
8837413--8837449	19	1.9	19	89	10	58	21	0	2	75	0.92
8837408--8837453	24	1.9	24	86	8	67	23	0	2	73	0.94
8848881--8848912	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
8849239--8849286	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
8851901--8851931	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
8851918--8851986	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
8852962--8853137	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
8852959--8853130	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
8854684--8854741	23	2.5	23	97	0	107	6	5	41	46	1.53
8854846--8854886	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8859634--8859677	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
8860315--8860355	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8862820--8863104	141	2.0	141	97	0	543	34	15	17	32	1.91
8866401--8866441	20	2.1	20	86	4	57	51	2	7	39	1.43
8866558--8866607	19	2.6	19	84	9	66	58	0	2	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8867313--8867342	16	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
8867732--8867792	24	2.6	23	82	7	77	42	1	6	49	1.38
8869576--8869610	16	2.2	16	95	5	63	45	0	5	48	1.26
8870054--8870100	23	2.0	23	83	4	58	44	2	0	53	1.12
8870002--8870095	40	2.4	40	79	10	97	45	2	0	52	1.12
8873780--8873827	22	2.2	21	77	3	51	47	0	4	47	1.21
8875833--8875893	22	2.7	23	80	7	72	42	3	1	52	1.27
8875832--8875892	23	2.8	21	83	11	70	42	3	1	52	1.27
8879990--8880017	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
8880439--8880467	15	2.0	15	93	6	51	31	13	13	41	1.84
8889519--8889637	55	2.2	55	95	1	213	20	16	11	51	1.76
8890146--8890309	88	1.9	87	88	1	247	38	20	20	20	1.94
8890682--8890831	43	3.5	42	76	7	133	37	24	19	19	1.94
8891758--8891804	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
8892065--8892291	46	5.0	46	89	2	305	22	22	14	40	1.91
8894673--8894787	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
8894673--8894806	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
8899180--8899235	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
8899369--8899396	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8903671--8903734	30	2.1	30	83	11	78	53	1	0	45	1.10
8908239--8908350	50	2.3	47	79	13	118	58	11	18	11	1.63
8911380--8911530	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8918896--8919046	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
8922681--8922730	12	4.0	13	77	17	52	70	0	10	20	1.16
8944232--8944256	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8944416--8944464	11	4.5	11	84	0	62	71	2	8	18	1.21
8944416--8944463	22	2.2	22	88	0	69	72	2	8	16	1.18
8947861--8947931	34	2.1	34	100	0	142	46	14	16	22	1.83
8953730--8953761	7	4.7	7	96	3	57	9	0	0	90	0.45
8971234--8971355	55	2.2	54	84	4	156	43	9	6	40	1.62
8971233--8971338	27	3.9	27	82	2	131	44	6	7	41	1.59
8986954--8986978	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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