Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  91  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29522434--29522463
15
2.0
15
93
0
51
70
3
26
0
1.03
29525422--29525463
16
2.6
16
85
11
50
33
4
0
61
1.17
29529039--29529086
21
2.4
19
89
6
69
31
0
0
68
0.90
29529048--29529091
21
2.0
22
95
4
81
38
0
0
61
0.96
29529051--29529097
22
2.2
21
88
3
67
38
2
0
59
1.09
29529464--29529494
15
2.1
15
93
0
53
38
3
0
58
1.15
29534317--29534358
21
2.0
21
85
0
57
47
2
4
45
1.36
29534354--29534384
16
1.9
16
93
0
53
19
0
12
67
1.22
29534636--29534687
19
2.7
19
80
11
61
38
1
0
59
1.08
29540485--29540520
18
2.1
18
89
5
56
38
0
0
61
0.96
29542025--29542079
25
2.3
23
78
12
58
43
3
16
36
1.65
29542803--29542856
18
3.3
18
66
28
57
22
7
48
22
1.75
29544268--29544302
14
2.3
16
85
14
56
65
0
0
34
0.93
29549362--29549440
38
2.1
38
100
0
158
43
7
10
39
1.67
29552241--29552270
8
3.8
8
90
0
51
23
3
0
73
0.98
29552418--29552482
22
2.8
23
75
15
71
38
0
0
61
0.96
29554263--29554308
22
2.1
22
91
0
74
19
8
23
47
1.77
29578854--29579017
39
4.2
39
95
1
276
27
29
21
21
1.99
29578854--29579017
77
2.1
78
94
1
285
27
29
21
21
1.99
29581371--29581412
21
2.0
21
85
0
57
42
9
7
40
1.65
29594327--29594377
25
2.0
25
100
0
102
23
15
3
56
1.56
29597924--29597999
29
2.6
29
78
4
80
27
13
11
47
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29598087--29598203
61
1.9
59
89
3
180
47
11
11
29
1.76
29598102--29598236
61
2.2
61
82
2
166
48
13
13
24
1.78
29603085--29603275
64
3.0
64
91
0
294
31
16
13
37
1.88
29604390--29604449
30
2.0
30
87
6
86
40
5
26
28
1.77
29604864--29605046
47
3.9
46
80
13
230
21
20
28
28
1.98
29606420--29606866
176
2.5
176
86
0
644
29
16
24
29
1.97
29606460--29606729
88
3.1
87
66
14
228
30
17
23
28
1.97
29607033--29607071
20
2.0
20
90
10
62
82
2
0
15
0.79
29608481--29608538
31
1.9
30
85
3
80
32
6
3
56
1.42
29610926--29611103
46
3.8
46
78
4
196
22
20
28
28
1.99
29610924--29611096
93
1.9
93
92
0
292
22
20
28
27
1.99
29613146--29613206
19
3.1
19
77
15
54
67
0
4
27
1.11
29613646--29613680
17
2.1
17
89
5
54
71
0
20
8
1.11
29613636--29613722
36
2.4
36
79
12
90
65
0
24
10
1.23
29613668--29613728
30
2.0
30
81
12
72
60
0
29
9
1.29
29615535--29615624
34
2.6
34
75
5
92
36
7
14
41
1.75
29615669--29615718
9
5.4
9
78
4
55
24
2
18
56
1.52
29615674--29615718
18
2.4
19
92
3
74
26
0
17
55
1.42
29617491--29617516
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
29620816--29620859
19
2.3
19
100
0
88
31
9
15
43
1.79
29641189--29641239
23
2.1
23
85
7
66
45
0
1
52
1.12
29640840--29641444
244
2.5
244
92
1
984
52
4
6
37
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29643220--29643247
6
4.7
6
100
0
56
32
0
0
67
0.91
29651646--29651768
43
2.9
43
78
4
124
29
26
17
26
1.97
29653847--29654030
67
2.8
64
75
11
178
29
17
30
22
1.96
29660005--29660057
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
29670481--29670518
16
2.2
18
86
9
53
13
2
7
76
1.11
29672278--29672342
19
3.4
19
82
2
76
43
18
0
38
1.50
29672974--29673004
15
2.1
15
100
0
62
48
25
0
25
1.52
29674600--29674738
40
3.5
40
84
4
149
24
29
22
23
1.99
29674607--29674791
79
2.3
81
83
7
227
25
28
22
23
1.99
29681456--29681621
35
4.6
35
82
8
172
31
10
24
33
1.90
29681456--29681626
75
2.4
75
85
7
221
31
11
23
33
1.90
29686780--29686815
13
2.8
13
95
0
63
58
2
0
38
1.13
29688099--29688206
26
4.2
26
92
0
180
31
8
24
36
1.85
29691438--29691496
31
1.9
30
83
10
75
52
1
1
44
1.21
29691912--29691964
17
2.9
18
86
8
81
37
11
15
35
1.83
29692257--29692292
18
2.0
18
89
10
56
30
0
0
69
0.89
29695692--29695730
2
19.5
2
94
0
69
48
0
2
48
1.15
29695882--29695911
2
15.5
2
93
6
53
53
0
0
46
1.00
29696104--29696144
21
2.0
20
85
4
55
56
7
2
34
1.40
29696247--29696295
23
2.1
23
88
7
73
55
6
4
34
1.44
29696247--29696293
21
2.1
22
88
7
69
55
6
4
34
1.45
29698243--29698357
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29698243--29698376
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
29704199--29704313
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
29704199--29704332
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
29705844--29705876
16
2.1
16
100
0
66
36
0
12
51
1.39
29705920--29705984
21
3.1
21
81
0
67
63
3
3
30
1.25
29706051--29706094
14
3.1
14
75
12
54
27
9
15
47
1.76
29717813--29717844
3
10.7
3
100
0
64
68
0
31
0
0.90
29728478--29728514
3
12.3
3
100
0
74
32
0
0
67
0.91
29728787--29728864
32
2.6
29
78
13
86
39
3
10
46
1.56
29731794--29731832
13
3.0
13
82
14
53
35
2
0
61
1.10
29733061--29733096
18
1.9
19
88
5
56
38
5
2
52
1.39
29739543--29739592
25
2.0
25
100
0
100
48
12
16
24
1.79
29749269--29749310
19
2.2
20
91
4
68
35
4
28
30
1.78
29749448--29749480
16
2.1
16
94
0
57
33
12
3
51
1.54
29749576--29749605
8
3.8
8
90
0
51
56
13
0
30
1.37
29749576--29749607
16
2.0
16
100
0
64
56
12
0
31
1.37
29750273--29750315
19
2.2
20
87
4
61
32
0
30
37
1.58
29751034--29751124
45
2.0
45
95
0
164
47
14
14
24
1.81
29752330--29752371
19
2.2
20
86
4
59
35
0
26
38
1.57
29756916--29757096
46
3.8
45
74
18
170
20
19
29
29
1.97
29759691--29759904
46
4.7
44
80
11
209
26
20
30
22
1.98
29759742--29759907
45
3.7
45
85
9
189
25
21
30
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29763322--29763501
46
3.8
46
72
18
152
21
19
29
29
1.98
29773711--29773771
30
2.0
30
87
0
86
26
8
11
54
1.64
29774876--29774918
18
2.5
17
82
10
52
23
2
2
72
1.08
29775234--29775347
57
2.0
57
94
0
201
31
11
14
42
1.82
29786638--29786675
16
2.4
16
82
8
51
28
2
2
65
1.19
29787761--29787788
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
29789823--29789869
21
2.2
21
85
7
60
19
2
6
72
1.17
29790900--29790947
12
3.9
12
75
2
51
41
14
22
20
1.89
29790900--29790947
18
2.6
18
76
3
51
41
14
22
20
1.89
29790933--29791025
39
2.4
39
90
3
143
38
19
20
21
1.93
29792029--29792059
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
29792303--29792365
33
1.9
32
84
15
85
55
6
0
38
1.25
29801368--29801442
28
2.6
28
95
2
132
26
16
6
50
1.69
29801635--29801699
29
2.2
29
81
5
78
61
3
6
29
1.35
29801790--29801850
24
2.5
25
79
12
65
57
3
3
36
1.31
29803509--29803593
33
2.6
33
85
8
106
50
21
16
11
1.76
29805634--29805673
19
2.1
19
86
9
55
72
0
0
27
0.85
29810518--29810588
31
2.2
31
78
16
74
54
4
11
29
1.54
29810529--29810587
31
1.9
31
83
13
77
52
5
11
30
1.59
29810767--29810817
24
2.1
25
85
3
68
56
7
0
35
1.28
29810890--29810929
21
1.9
21
84
0
53
57
5
2
35
1.34
29813029--29813063
14
2.6
13
86
8
52
48
8
14
28
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29812995--29813306
88
3.6
86
82
8
380
34
19
18
27
1.95
29816987--29817070
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
29818555--29818607
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
29828877--29828927
24
2.1
25
85
3
68
56
7
0
35
1.28
29829000--29829039
21
1.9
21
84
0
53
57
5
2
35
1.34
29831134--29831168
14
2.6
13
86
8
52
48
8
14
28
1.73
29831100--29831410
88
3.6
85
82
9
369
35
19
18
27
1.95
29835087--29835170
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
29836657--29836709
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
29846980--29847030
24
2.1
25
85
3
68
56
7
0
35
1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335