genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19722804--19722863	20	3.2	18	80	19	77	63	0	0	36	0.95
19726097--19726206	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
19728145--19728184	18	2.2	19	86	4	55	17	7	2	72	1.19
19731822--19731949	35	3.5	35	88	5	166	31	9	25	33	1.88
19731822--19731993	75	2.4	75	83	8	205	32	10	23	33	1.89
19731825--19731991	35	4.6	34	82	10	163	32	10	23	33	1.89
19731923--19731991	36	1.9	35	88	2	102	34	10	21	33	1.87
19740114--19740160	15	3.1	15	79	14	60	25	0	2	72	0.96
19742550--19742583	17	1.9	18	88	5	52	52	5	20	20	1.67
19742769--19742814	10	4.6	10	84	10	51	23	6	2	67	1.25
19746835--19746997	25	6.5	25	89	2	238	22	25	18	34	1.96
19746973--19747039	22	3.1	21	79	14	82	14	25	20	38	1.91
19755150--19755179	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
19755923--19756100	95	1.9	95	87	1	266	25	15	26	31	1.96
19756771--19756812	10	4.1	10	84	3	57	23	2	2	71	1.10
19762726--19762750	13	1.9	13	100	0	50	28	0	32	40	1.57
19762800--19762907	28	3.8	28	92	1	162	19	4	32	43	1.71
19762800--19762921	28	4.5	26	87	6	115	17	4	33	44	1.70
19774105--19774161	27	2.1	27	96	0	105	56	3	5	35	1.39
19774801--19774859	23	2.6	23	86	0	73	57	6	1	33	1.35
19777514--19777551	2	19.0	2	94	0	67	0	47	0	52	1.00
19786688--19787885	252	4.9	235	78	10	970	37	9	7	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19787121--19787154	16	2.1	17	88	5	52	47	0	8	44	1.34
19786793--19787885	489	2.2	480	80	7	1188	37	9	7	45	1.64
19789126--19789257	66	2.0	66	96	0	246	35	11	14	38	1.82
19792719--19792755	16	2.2	18	85	9	51	62	2	18	16	1.45
19797792--19797856	30	2.2	30	78	8	71	29	13	9	47	1.74
19799448--19799486	20	2.0	20	89	0	60	12	10	17	58	1.61
19801489--19801544	20	2.9	18	76	19	58	55	5	0	39	1.23
19802182--19802210	12	2.4	12	100	0	58	31	10	6	51	1.62
19802291--19802611	10	34.7	9	68	16	133	34	1	4	59	1.26
19802299--19802414	27	4.3	25	69	21	67	34	0	3	61	1.19
19802299--19802354	26	2.1	27	83	3	69	35	1	1	60	1.17
19802362--19802474	9	13.0	8	71	21	77	34	0	3	61	1.20
19802405--19802455	19	2.7	20	82	14	63	27	0	3	68	1.07
19802515--19802620	18	5.8	18	73	16	67	34	0	5	59	1.21
19802514--19802580	19	3.5	19	82	9	66	34	0	5	59	1.22
19802507--19802611	29	3.8	28	78	14	85	33	0	4	61	1.17
19802361--19802589	18	12.5	19	70	16	80	34	1	5	59	1.28
19803068--19803097	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
19803637--19803732	47	2.0	47	100	0	192	48	9	2	39	1.47
19807307--19807333	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
19812437--19812477	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
19820490--19820516	4	6.8	4	100	0	54	0	51	22	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19820854--19820890	2	18.5	2	94	0	65	2	51	0	45	1.15
19850127--19850293	35	4.6	35	83	7	183	33	23	11	31	1.90
19850122--19850293	75	2.4	73	82	8	208	33	22	11	31	1.90
19854213--19854262	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
19855407--19855497	44	2.1	44	91	0	146	57	6	1	35	1.32
19877212--19877300	7	13.3	7	73	17	64	47	2	1	49	1.21
19877212--19877300	18	4.4	20	72	17	69	47	2	1	49	1.21
19878488--19878544	22	2.6	22	83	8	80	15	22	19	42	1.89
19879148--19879173	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
19881325--19881358	12	2.9	11	87	12	50	88	0	0	11	0.52
19881325--19881357	17	1.9	17	93	0	57	87	0	0	12	0.53
19887082--19887112	9	3.3	9	91	8	53	19	3	0	77	0.90
19888907--19888955	17	2.8	16	79	14	53	61	6	0	32	1.21
19889185--19889226	22	1.9	22	95	0	75	52	2	4	40	1.35
19890800--19890833	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19891412--19891437	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
19893270--19893394	56	2.2	56	89	0	187	23	26	26	24	2.00
19894698--19894758	19	3.2	19	80	0	77	21	4	32	40	1.74
19898600--19898625	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19898942--19898969	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19902499--19902570	3	23.3	3	83	10	92	33	2	2	61	1.25
19903829--19903909	40	2.0	40	82	0	99	39	9	12	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19904116--19904227	45	2.5	45	88	1	172	22	16	17	42	1.88
19904083--19904227	44	3.0	49	76	12	138	22	16	18	42	1.89
19904116--19904212	44	2.2	44	92	1	158	23	17	17	41	1.90
19904205--19904248	6	7.2	6	79	5	52	18	18	15	47	1.83
19907270--19907297	6	4.7	6	100	0	56	0	67	0	32	0.91
19907752--19907784	17	2.0	16	94	5	57	30	3	0	66	1.06
19908176--19908225	23	2.2	23	85	7	66	34	8	0	58	1.28
19908159--19908225	23	2.7	26	68	20	61	32	7	2	56	1.42
19911629--19911738	55	2.0	55	98	0	211	28	11	30	29	1.92
19915476--19915505	15	2.1	15	93	6	53	10	0	0	90	0.47
19916828--19916890	30	2.1	30	82	2	74	46	4	4	44	1.45
19920284--19920317	3	11.7	3	93	6	61	32	0	0	67	0.91
19954645--19954711	21	3.1	21	81	8	71	38	1	4	55	1.29
19971829--19971957	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
19979021--19979149	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
19983921--19983957	19	1.9	19	88	0	56	56	27	0	16	1.40
19987001--19987056	15	3.7	15	78	7	60	60	3	1	33	1.24
19989364--19989398	17	2.1	17	88	0	52	62	8	0	28	1.24
19998429--19998597	89	1.9	89	86	2	241	29	18	13	38	1.89
20001508--20001565	29	2.0	29	96	0	107	36	3	3	56	1.33
20019609--20019729	53	2.3	54	94	1	208	31	11	4	52	1.59
20019759--20019791	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20021460--20021503	22	2.0	22	82	4	54	56	4	2	36	1.32
20026877--20026937	21	2.9	21	64	9	52	47	19	21	11	1.81
20032217--20032243	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20033851--20033915	34	1.9	34	83	0	85	32	4	7	55	1.49
20040965--20041005	22	1.9	22	90	5	66	63	2	0	34	1.08
20042576--20042602	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20044749--20044779	3	10.3	3	92	0	53	67	0	3	29	1.06
20047361--20047414	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
20047404--20047431	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
20049579--20049760	46	4.0	46	89	1	249	40	14	23	21	1.90
20051103--20051283	46	3.9	46	83	9	242	27	30	21	20	1.98
20054106--20054276	46	3.7	45	77	14	177	22	19	28	29	1.98
20054099--20054269	93	1.8	93	89	0	270	22	21	28	28	1.99
20062822--20062854	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
20065730--20065765	18	1.9	19	88	5	56	55	5	0	38	1.23
20065730--20065768	19	2.1	19	85	9	53	53	5	0	41	1.23
20066936--20066970	17	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
20067087--20067141	20	2.7	19	80	8	56	38	0	0	61	0.96
20067176--20067208	15	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
20067284--20067325	15	2.8	15	88	0	57	40	16	2	40	1.62
20095715--20095744	15	1.9	16	93	6	53	60	3	6	30	1.39
20097457--20097584	56	2.3	56	100	0	256	31	16	0	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20116262--20116335	27	2.7	27	82	0	85	20	22	44	12	1.84
20116333--20116361	13	2.1	14	93	6	51	65	0	34	0	0.93
20117060--20117084	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
20117669--20117714	24	1.9	24	82	8	58	41	2	2	54	1.25
20125396--20125559	40	4.1	40	79	6	179	25	21	27	26	1.99
20125396--20125559	80	2.0	80	83	2	204	25	21	27	26	1.99
20128433--20128484	25	2.2	24	86	6	70	69	0	30	0	0.89
20130760--20130790	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
20134697--20134729	15	2.1	16	88	11	50	75	0	0	24	0.80
20138896--20138944	15	3.5	15	72	16	50	12	57	0	30	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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