genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86075093--86075167	19	4.2	19	88	10	95	38	10	13	37	1.79
86075093--86075167	36	2.1	36	87	9	109	38	10	13	37	1.79
86075101--86075173	36	2.0	37	91	5	121	39	8	15	36	1.77
86075152--86075196	23	2.0	23	86	4	65	42	2	17	37	1.62
86075101--86075173	19	3.9	19	91	7	123	39	8	15	36	1.77
86075165--86075207	22	1.9	23	85	4	61	39	0	13	46	1.44
86075463--86075499	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
86078095--86078684	220	2.7	220	92	0	946	31	19	22	26	1.97
86078641--86078920	78	3.6	78	90	1	445	32	18	23	25	1.97
86079334--86079374	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
86081761--86081868	39	2.8	39	92	0	180	19	23	29	27	1.98
86081852--86081884	16	2.1	16	88	11	50	24	27	36	12	1.91
86081813--86081923	55	2.0	55	92	0	186	20	25	31	22	1.98
86081868--86081950	39	2.1	39	90	0	130	18	21	31	28	1.97
86081774--86081950	94	1.9	94	91	2	293	19	23	30	27	1.98
86083034--86083148	27	4.3	26	86	5	140	36	23	22	17	1.95
86083034--86083148	54	2.1	54	87	3	160	36	23	22	17	1.95
86084763--86084847	26	3.3	26	96	0	152	36	24	4	34	1.77
86087365--86087513	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
86087406--86087513	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
86096470--86096618	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
86096511--86096618	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86101210--86101324	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
86101210--86101324	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
86102943--86103027	26	3.3	26	96	0	152	36	24	4	34	1.77
86105171--86105261	35	2.6	35	83	13	116	38	10	14	36	1.81
86105183--86105254	19	3.9	19	87	10	114	37	11	15	36	1.83
86108274--86108455	41	4.4	41	82	1	204	20	22	28	29	1.98
86108319--86108473	82	1.9	82	82	5	197	20	18	27	33	1.96
86115310--86115348	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
86119754--86119826	36	2.0	36	100	0	146	36	16	5	41	1.72
86120140--86120198	23	2.5	24	82	17	72	44	1	1	52	1.21
86122970--86123153	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
86123010--86123198	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
86131080--86131263	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
86131120--86131308	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
86134245--86134310	27	2.4	28	94	2	116	30	13	25	30	1.94
86142153--86142216	25	2.4	26	89	7	94	31	14	25	29	1.94
86146925--86146972	21	2.3	20	82	6	60	60	2	2	35	1.20
86147225--86147287	12	4.8	12	76	16	63	76	0	11	12	1.03
86147662--86147742	40	2.0	40	97	0	153	43	20	4	30	1.73
86166502--86166539	19	2.0	19	90	10	60	18	21	36	23	1.95
86175439--86175522	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
86186150--86186201	19	2.7	19	80	13	63	13	9	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86186481--86186527	21	2.2	21	88	7	69	36	4	2	57	1.30
86188647--86188863	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
86188613--86188897	136	2.1	136	97	0	534	32	25	17	24	1.97
86188904--86188951	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
86189153--86189208	26	2.2	26	83	3	69	30	14	19	35	1.91
86189161--86189236	26	2.8	27	80	7	84	28	13	21	36	1.91
86189163--86189236	28	2.8	26	79	8	78	29	10	21	37	1.88
86190682--86190817	26	5.2	26	92	0	227	36	25	5	32	1.78
86193763--86193796	6	5.7	6	100	0	68	85	0	0	14	0.60
86193919--86193997	19	4.2	19	90	9	117	39	10	15	35	1.81
86193909--86193986	36	2.2	37	83	6	106	37	11	14	37	1.82
86195664--86195715	17	2.9	18	83	11	63	23	5	0	71	1.07
86195748--86195867	3	39.0	3	68	17	59	30	4	5	60	1.39
86195809--86195865	16	3.6	17	79	11	68	26	3	7	63	1.36
86195840--86195878	18	2.2	18	85	0	51	35	2	2	58	1.25
86196050--86196076	12	2.2	12	100	0	54	33	7	0	59	1.25
86196099--86196181	33	2.5	33	81	11	100	32	2	3	61	1.26
86196111--86196144	17	1.9	18	94	5	61	29	2	2	64	1.22
86196105--86196176	17	4.2	17	74	20	53	31	2	4	61	1.29
86196120--86196200	22	3.5	22	72	20	76	34	1	4	59	1.27
86196333--86196380	25	1.9	25	83	8	62	39	4	8	47	1.53
86207891--86207972	42	2.0	41	85	7	112	48	15	23	12	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86208788--86209090	71	4.2	72	80	8	351	31	16	18	33	1.93
86209075--86209108	14	2.4	14	95	0	59	17	17	5	58	1.57
86209016--86209182	88	1.9	87	86	1	235	28	17	19	34	1.95
86209562--86209664	44	2.3	43	82	9	120	34	14	19	31	1.92
86215760--86215843	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
86218036--86218124	46	2.0	46	84	4	119	41	7	2	48	1.45
86223005--86223045	21	2.0	21	90	0	64	63	2	2	31	1.20
86223123--86223208	42	2.0	42	100	0	172	27	23	11	37	1.89
86224903--86224989	45	1.9	45	88	0	129	37	10	32	19	1.86
86225518--86225556	16	2.4	16	86	0	51	28	15	5	51	1.64
86233817--86233874	9	5.8	9	74	21	53	31	27	0	41	1.56
86233812--86233880	30	2.3	30	92	0	120	30	28	2	37	1.72
86233842--86233885	21	2.1	21	82	0	52	31	25	2	40	1.68
86235604--86235647	18	2.4	18	92	0	70	20	27	6	45	1.76
86236066--86236121	24	2.4	22	78	21	60	42	0	3	53	1.18
86239207--86239262	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
86240723--86240775	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
86250565--86250739	92	1.9	93	91	1	289	28	17	18	35	1.94
86250657--86250913	126	2.0	126	85	4	340	28	17	16	37	1.91
86250994--86251119	34	3.8	33	75	5	110	42	13	1	42	1.53
86256533--86256601	30	2.3	30	94	0	120	30	26	1	42	1.64
86258327--86258369	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86259712--86259750	19	2.1	19	100	0	78	28	25	15	30	1.96
86263027--86263189	40	4.1	40	96	0	299	28	29	19	22	1.98
86265289--86265810	126	4.2	126	84	3	615	29	17	15	36	1.92
86265292--86265783	250	2.0	252	85	3	679	28	17	16	37	1.92
86265890--86265976	38	2.3	38	80	7	97	36	13	3	45	1.61
86269202--86269247	10	4.6	10	91	5	58	26	6	2	65	1.28
86269968--86270001	17	1.9	18	94	5	61	26	8	5	58	1.51
86272929--86272958	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
86272929--86272982	18	2.9	18	78	10	56	20	3	0	75	0.95
86275386--86275419	18	1.9	18	88	5	52	29	8	2	58	1.43
86279501--86279526	8	3.2	8	100	0	52	42	11	0	46	1.40
86284371--86284396	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
86285339--86285389	24	2.1	24	92	0	84	56	7	1	33	1.39
86288294--86288375	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
86295097--86295149	26	2.0	26	100	0	106	39	26	3	30	1.74
86297415--86297484	26	2.7	26	93	2	97	25	14	20	40	1.90
86298964--86299045	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
86300706--86301450	205	3.7	205	92	1	1205	30	17	22	29	1.97
86302080--86302189	18	6.5	15	82	17	87	37	10	15	36	1.83
86302078--86302203	35	3.5	36	87	11	195	37	11	15	36	1.83
86302078--86302203	54	2.3	54	100	0	252	37	11	15	36	1.83
86302078--86302203	19	6.9	19	89	10	210	37	11	15	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86302078--86302226	19	7.8	22	86	11	103	36	10	15	37	1.81
86302686--86302742	17	3.5	16	77	15	55	35	1	0	63	1.05
86312895--86313179	136	2.1	136	94	1	500	31	25	18	24	1.97
86313427--86313475	25	1.9	26	83	4	64	24	14	22	38	1.91
86314953--86315036	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
86318744--86319028	136	2.1	136	95	1	509	31	24	18	24	1.97
86320807--86320888	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
86322548--86323292	205	3.7	205	92	1	1223	30	17	22	29	1.97
86323362--86323526	87	1.9	86	81	7	199	32	17	22	27	1.96
86323150--86323638	260	1.9	260	87	3	723	32	17	23	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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