genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73767628--73767774	48	2.9	51	80	11	176	30	16	18	34	1.93
73768479--73768584	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
73768987--73769061	33	2.3	33	86	6	100	64	18	5	12	1.46
73769324--73769373	22	2.3	22	86	6	66	0	54	0	46	1.00
73769882--73770008	22	5.2	23	68	19	89	38	4	5	51	1.46
73769875--73769933	2	31.0	2	80	10	61	40	0	6	52	1.28
73770097--73770149	2	26.5	2	92	0	88	47	1	1	49	1.23
73771859--73771906	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
73774364--73774419	23	2.5	22	79	5	67	66	1	0	32	1.03
73779598--73779652	23	2.3	23	81	9	67	65	1	1	30	1.13
73779602--73779641	8	5.3	7	85	14	53	65	2	0	32	1.06
73779602--73779648	16	3.1	15	87	9	60	63	2	2	31	1.18
73779598--73779648	8	6.5	8	84	8	52	64	1	1	31	1.15
73779803--73779867	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
73779890--73779951	14	4.6	14	75	16	60	59	0	3	37	1.13
73779981--73780026	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
73779892--73780026	51	2.8	49	72	18	120	57	2	4	35	1.31
73780511--73780645	30	4.5	30	86	1	157	22	3	47	26	1.68
73781428--73781979	78	7.0	77	73	14	342	32	19	17	30	1.95
73781467--73781683	77	2.7	78	86	5	276	33	17	18	30	1.94
73781523--73781829	171	1.8	168	87	3	463	30	20	18	29	1.97
73781357--73781926	250	2.3	247	84	6	725	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73781677--73781979	78	4.0	75	87	5	385	32	19	16	31	1.95
73781909--73782273	140	2.6	138	85	3	455	37	19	15	27	1.92
73782423--73782757	86	4.0	86	77	15	329	35	21	15	27	1.94
73782663--73782888	75	3.0	73	85	3	301	31	21	17	29	1.96
73782899--73782927	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
73782510--73783128	244	2.6	242	94	2	1086	32	21	16	28	1.96
73782748--73783199	169	2.8	168	81	11	515	32	21	16	28	1.96
73782907--73783199	144	2.0	147	87	4	423	33	21	17	27	1.96
73782907--73783199	73	4.0	73	90	3	421	33	21	17	27	1.96
73793071--73793118	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
73793067--73793118	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
73793066--73793122	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
73793274--73793338	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
73793363--73793498	25	5.6	25	69	17	81	58	2	4	35	1.31
73794026--73794116	30	3.0	30	93	0	146	21	3	47	27	1.67
73794844--73794970	46	2.8	45	83	9	150	19	21	31	27	1.97
73806145--73806378	40	5.9	41	91	3	302	24	26	21	27	1.99
73806145--73806368	80	2.8	80	91	2	344	24	25	21	27	1.99
73806145--73806368	120	1.9	120	87	3	335	24	25	21	27	1.99
73808228--73808338	43	2.5	44	79	5	118	38	17	17	27	1.91
73810314--73810352	17	2.4	17	86	4	53	23	0	2	74	0.94
73813927--73813977	20	2.7	18	81	6	57	37	27	13	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73813976--73814036	22	2.7	22	82	10	61	37	6	11	44	1.67
73813976--73814027	22	2.3	23	83	12	63	38	7	7	46	1.61
73814970--73815077	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
73825441--73825487	24	2.0	24	83	4	60	38	12	10	38	1.78
73832353--73832450	40	2.5	40	91	0	169	23	18	26	31	1.97
73837789--73837933	73	2.0	73	87	2	211	41	13	18	26	1.87
73840650--73840692	22	2.0	21	86	4	59	48	0	0	51	1.00
73840662--73840705	13	3.3	14	81	6	56	54	0	0	45	0.99
73843183--73843240	30	2.0	29	82	3	71	34	22	5	37	1.76
73843407--73843532	27	4.8	27	78	6	107	33	23	20	22	1.97
73843428--73843525	27	3.8	26	83	5	110	32	24	17	25	1.97
73845844--73846066	47	4.8	47	72	12	147	23	28	19	28	1.98
73845892--73846106	46	4.6	45	76	10	155	23	27	20	28	1.99
73849714--73849912	99	2.0	99	94	1	346	31	24	19	24	1.98
73853502--73853535	18	1.9	18	88	5	52	23	11	17	47	1.81
73854544--73854571	14	2.0	14	100	0	56	28	50	7	14	1.69
73860974--73861015	15	2.8	15	81	0	57	57	4	14	23	1.56
73861004--73861038	15	2.3	15	95	0	61	48	0	14	37	1.44
73864917--73864966	9	5.6	9	87	0	73	46	18	10	26	1.80
73864986--73865026	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
73871889--73871925	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
73875230--73875268	20	2.0	20	89	0	60	38	15	12	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73875594--73875856	47	5.6	48	75	10	208	28	19	29	22	1.98
73882284--73882322	20	2.0	20	89	0	60	38	15	12	33	1.85
73882663--73882929	47	5.7	46	73	12	179	26	19	31	22	1.98
73887437--73887537	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
73895393--73895493	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
73899705--73899805	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
73903159--73903254	48	2.0	48	100	0	192	35	8	16	39	1.79
73906410--73906523	28	4.0	28	79	2	102	27	13	29	29	1.94
73906423--73906532	28	3.9	28	79	1	112	25	12	32	29	1.93
73911379--73911600	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.91
73911559--73911709	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
73911596--73911725	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
73911558--73911725	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
73915844--73915934	37	2.4	37	90	1	146	24	32	19	23	1.97
73916030--73916146	49	2.4	49	89	0	180	28	32	11	28	1.91
73918424--73918500	40	1.9	39	84	2	100	31	31	20	16	1.95
73918581--73918736	47	3.3	46	77	2	134	26	30	10	32	1.91
73922555--73922874	40	8.0	40	93	0	496	25	28	21	24	1.99
73939392--73939545	47	3.3	47	80	4	152	26	30	9	33	1.89
73942832--73942893	29	2.2	29	82	2	72	32	16	24	27	1.96
73942845--73942935	29	3.2	29	83	7	114	26	15	28	29	1.96
73957331--73957366	18	2.0	18	94	0	63	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73960377--73960525	17	8.5	18	65	21	59	49	4	3	42	1.38
73961549--73961656	26	4.2	26	91	0	171	31	4	26	37	1.77
73964861--73964935	36	2.1	36	100	0	150	42	18	14	24	1.88
73965255--73965285	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
73970321--73970362	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
73971318--73971389	16	4.4	16	71	10	65	50	5	1	43	1.34
73971427--73971533	37	2.9	35	74	16	92	50	1	1	45	1.23
73973143--73973176	16	2.1	16	94	0	59	70	2	5	20	1.21
73976678--73976983	103	3.0	103	83	3	400	29	20	20	28	1.98
73978907--73978957	18	2.6	20	79	20	63	49	0	11	39	1.40
73989859--73989934	36	2.2	35	83	4	91	39	13	11	35	1.81
73990771--73990795	12	2.1	12	100	0	50	32	12	8	48	1.69
73990805--73990879	23	3.3	23	86	0	105	37	0	13	49	1.42
73998750--73998808	22	2.8	21	82	7	75	50	0	0	49	1.00
74005112--74005174	32	2.0	32	100	0	126	26	12	12	47	1.78
74008366--74008399	17	1.9	18	94	5	61	32	0	2	64	1.08
74015231--74015381	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
74015268--74015397	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
74016794--74016874	38	2.1	40	95	4	148	23	28	20	27	1.99
74024797--74025006	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
74030568--74030747	47	3.8	49	79	15	200	28	29	20	21	1.98
74030576--74030747	94	1.8	93	93	1	299	28	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74033377--74033484	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
74034087--74034131	22	2.0	22	100	0	90	46	4	26	22	1.70
74040467--74040574	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
74046342--74046524	79	2.3	81	84	7	232	24	21	27	26	1.99
74046343--74046526	40	4.6	39	80	9	194	23	21	28	26	1.99
74046397--74046559	79	2.1	79	82	6	197	25	20	28	25	1.99
74054288--74054499	48	4.4	47	80	6	214	35	28	19	16	1.94
74058924--74059031	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
74067770--74067817	25	1.9	25	91	0	78	45	18	14	20	1.85
74067772--74067837	25	2.6	25	80	4	69	40	24	15	19	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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