genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85004573--85004617	22	2.0	22	86	0	63	13	24	42	20	1.87
85004628--85004684	27	2.1	27	93	0	96	10	40	29	19	1.85
85005791--85005848	27	2.2	26	81	9	71	46	8	15	29	1.75
85006194--85006235	21	2.0	22	90	4	68	54	2	0	42	1.13
85010299--85010330	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
85014676--85014712	19	2.1	18	85	14	51	27	10	8	54	1.63
85015394--85015435	21	2.0	21	85	0	57	45	2	14	38	1.58
85016492--85016540	25	1.9	26	83	4	64	32	0	4	63	1.13
85017688--85017735	24	2.0	24	83	0	60	27	33	0	39	1.57
85021525--85021561	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
85021831--85021882	20	2.7	20	78	3	61	65	0	0	34	0.93
85023574--85023606	17	1.9	17	100	0	66	57	0	0	42	0.98
85025125--85025199	29	2.6	29	76	2	87	45	5	2	46	1.40
85025755--85025813	22	2.6	22	82	12	59	59	3	1	35	1.24
85027363--85027468	29	3.7	28	80	2	113	47	28	7	16	1.74
85028248--85028351	54	1.9	54	90	0	163	30	25	9	33	1.88
85036333--85036366	15	2.3	15	89	0	50	23	8	8	58	1.56
85038624--85038681	29	1.9	31	86	6	84	20	29	27	22	1.99
85043741--85043783	22	2.1	20	83	12	52	76	2	16	4	1.05
85049838--85049874	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
85050762--85050797	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
85052556--85052769	77	2.8	77	78	5	191	30	16	13	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85053038--85053189	75	2.0	75	100	0	304	33	7	10	48	1.67
85056887--85056926	15	2.6	16	81	18	50	30	0	2	67	1.04
85068267--85068401	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
85076220--85076354	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
85078157--85078205	24	2.0	24	92	0	80	14	10	34	40	1.79
85080975--85081075	21	4.8	21	91	0	121	19	31	25	22	1.98
85084918--85084962	23	2.0	23	86	0	63	17	35	31	15	1.92
85087341--85087405	32	2.0	32	100	0	130	33	6	21	38	1.78
85088934--85088986	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
85091180--85091217	10	3.7	10	86	13	51	23	7	0	68	1.16
85091175--85091227	20	2.7	20	80	13	65	26	5	3	64	1.33
85093039--85093091	26	2.0	26	96	0	97	26	26	16	30	1.97
85094739--85094772	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
85095363--85095529	88	1.9	86	83	2	217	40	19	6	32	1.78
85095787--85095831	21	2.1	22	84	8	58	28	11	2	57	1.45
85095825--85095858	17	2.0	17	88	11	52	32	2	0	64	1.08
85096616--85096653	11	3.5	11	100	0	76	34	18	0	47	1.49
85099537--85099681	60	2.4	60	91	0	227	35	13	25	25	1.92
85099895--85100137	76	3.2	74	78	6	265	29	10	18	41	1.84
85103311--85103360	16	3.6	16	65	34	51	28	22	8	42	1.81
85103306--85103358	25	2.1	25	100	0	106	28	20	7	43	1.79
85106444--85106475	16	2.0	16	93	0	55	31	0	3	65	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85109387--85109415	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
85114718--85114751	16	2.2	16	94	5	61	26	5	14	52	1.64
85114996--85115028	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
85117306--85117365	16	3.7	16	70	12	50	51	3	3	41	1.35
85119063--85119113	25	2.0	25	92	0	84	49	13	11	25	1.76
85124363--85124411	23	2.2	21	85	7	62	42	2	4	51	1.32
85124628--85124674	22	2.1	22	84	0	58	27	4	10	57	1.51
85127020--85127055	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
85127019--85127070	10	5.6	9	80	13	52	50	1	1	46	1.23
85143967--85144221	138	1.8	138	88	1	395	40	9	5	44	1.61
85144078--85144371	150	2.0	150	90	0	471	41	8	4	45	1.55
85144442--85144473	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
85146727--85146820	28	3.4	28	92	0	143	22	15	35	26	1.94
85147136--85147632	27	18.6	27	84	5	561	38	19	10	31	1.86
85147586--85147677	27	3.4	27	78	3	78	36	21	16	25	1.94
85156351--85156385	17	2.1	17	94	0	61	22	25	20	31	1.98
85156376--85156475	28	3.6	28	72	5	85	25	29	17	29	1.97
85170035--85170200	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
85170035--85170205	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
85174179--85174276	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
85181856--85181953	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
85183834--85183979	40	3.8	39	80	4	147	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85191844--85191985	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
85191883--85191995	40	2.8	39	85	7	138	23	24	28	23	2.00
85195371--85195420	26	1.9	26	87	0	73	46	2	12	40	1.52
85199539--85199604	24	2.8	24	79	11	64	28	6	0	65	1.17
85199589--85199667	38	2.1	35	82	13	88	34	3	1	60	1.23
85199636--85199676	17	2.3	18	91	4	66	36	2	0	60	1.10
85199757--85199804	25	2.0	25	88	8	73	39	6	0	54	1.26
85205570--85206139	282	2.0	281	89	2	885	33	19	11	35	1.87
85206237--85206286	26	1.9	26	91	0	82	44	8	10	38	1.68
85209245--85209359	24	5.0	24	69	18	75	33	5	2	58	1.34
85209410--85209510	14	7.4	14	70	18	79	36	0	2	59	1.19
85209441--85209495	31	1.9	28	75	17	51	32	1	1	63	1.15
85209394--85209488	42	2.2	42	85	12	122	35	3	2	58	1.25
85209417--85209509	42	2.2	42	83	11	109	35	1	3	60	1.20
85211350--85211389	19	2.1	19	95	0	71	40	5	12	42	1.64
85213625--85213674	15	3.5	15	84	15	70	22	24	10	44	1.83
85218937--85219105	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
85224868--85225463	175	3.4	175	87	2	806	33	17	19	29	1.95
85226817--85226876	16	3.2	20	65	29	60	30	13	3	53	1.56
85226804--85226883	35	2.3	34	91	4	133	30	12	2	55	1.50
85227114--85227266	26	5.7	26	67	15	80	29	4	1	64	1.25
85227137--85227272	24	5.7	24	69	20	65	30	5	2	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85227158--85227246	33	2.6	33	70	12	81	32	5	3	58	1.38
85227201--85227286	24	3.4	24	70	22	61	31	5	0	62	1.18
85227344--85227444	28	3.7	28	74	18	88	36	0	2	59	1.19
85227719--85227769	22	2.4	21	78	12	59	25	5	13	54	1.61
85234114--85234249	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
85237915--85238197	134	2.1	136	95	2	516	31	24	19	24	1.98
85238445--85238498	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
85239982--85240117	26	5.2	26	94	0	227	36	24	5	34	1.78
85240560--85240609	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
85247944--85247995	26	2.0	26	92	0	86	42	7	11	38	1.70
85250492--85250561	26	2.7	26	80	8	72	41	20	18	20	1.91
85250585--85250632	20	2.4	20	89	0	69	35	29	25	10	1.89
85251310--85251346	16	2.3	16	95	0	65	16	24	10	48	1.77
85254418--85254619	79	2.5	79	91	2	316	26	26	22	24	2.00
85254418--85254619	40	5.1	40	90	3	311	26	26	22	24	2.00
85260009--85260213	40	5.2	40	91	1	315	26	25	23	24	2.00
85265602--85265778	40	4.4	40	90	3	243	24	25	23	25	2.00
85275168--85275220	18	2.9	18	81	10	72	41	15	9	33	1.79
85282453--85282611	27	5.9	27	80	11	175	35	23	23	18	1.96
85282471--85282611	54	2.6	54	92	2	230	35	24	22	17	1.95
85287828--85287866	12	3.2	12	88	0	60	15	46	25	12	1.81
85289334--85289471	27	5.1	28	77	11	128	36	20	22	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85289334--85289471	54	2.6	54	85	2	179	36	20	22	21	1.95
85291075--85291179	26	4.0	26	91	0	174	35	23	7	33	1.83
85291196--85291245	26	1.9	26	91	0	82	36	22	8	34	1.83
85294476--85294679	40	5.1	40	88	2	259	23	24	28	23	2.00
85294472--85294679	80	2.6	79	86	6	285	24	24	27	23	2.00
85301235--85301388	27	5.9	26	75	13	129	33	21	24	21	1.97
85301288--85301385	50	2.0	50	93	0	169	32	23	23	20	1.98
85302984--85303091	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
85307039--85307116	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
85307038--85307373	47	7.1	47	92	2	528	31	12	30	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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