genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92940401--92940445	19	2.4	19	88	3	65	57	4	6	31	1.44
92940412--92940467	22	2.7	20	78	18	60	60	3	1	33	1.24
92940481--92940614	3	43.0	3	70	22	73	61	2	3	32	1.25
92940480--92940614	22	6.3	21	71	24	79	62	2	3	31	1.25
92940481--92940633	34	4.7	33	73	18	106	60	1	3	33	1.24
92948288--92948329	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
92950659--92950805	47	3.1	47	88	0	222	32	11	28	27	1.91
92950775--92950963	48	3.8	48	85	10	281	35	6	25	31	1.83
92950776--92950963	102	1.9	96	89	8	288	36	6	26	30	1.83
92951109--92951217	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
92952483--92952794	40	7.8	40	97	0	570	22	22	30	25	1.99
92954559--92954600	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
92956919--92957062	46	3.1	46	87	3	218	33	10	28	27	1.90
92956936--92957018	23	3.6	22	68	20	62	31	10	30	27	1.91
92957032--92957217	48	3.8	48	86	9	286	36	6	25	31	1.83
92957033--92957217	99	1.9	95	91	6	300	36	7	25	30	1.83
92957064--92957257	99	2.0	98	84	3	255	34	8	26	29	1.87
92957363--92957470	37	2.9	37	94	1	182	23	18	31	26	1.97
92963243--92963295	21	2.6	19	77	13	52	26	45	13	15	1.82
92965397--92965654	131	2.0	131	92	1	428	27	17	18	36	1.94
92966306--92966339	16	2.1	16	100	0	68	38	11	0	50	1.39
92967127--92967459	130	2.6	129	85	4	426	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92969391--92969738	64	5.2	64	61	21	163	30	25	18	25	1.98
92969357--92969780	137	3.1	137	99	0	830	31	25	19	24	1.98
92970028--92970081	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
92971565--92971726	26	6.2	26	93	2	263	38	24	4	32	1.77
92979062--92979409	64	5.2	64	62	21	163	30	25	18	25	1.98
92979028--92979451	137	3.1	137	98	0	803	31	24	18	25	1.98
92979699--92979752	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
92981234--92981393	26	6.2	26	89	4	218	37	23	6	32	1.80
92981234--92981393	52	3.1	52	89	5	245	37	23	6	32	1.80
92981234--92981393	78	2.1	76	90	4	250	37	23	6	32	1.80
92982126--92982170	21	2.1	21	83	0	54	57	0	2	40	1.11
92987725--92987767	20	2.2	20	95	0	77	25	9	11	53	1.67
92987785--92987834	20	2.5	20	96	0	91	44	12	16	28	1.83
92988896--92989058	85	1.9	85	96	0	299	28	6	30	34	1.82
92990277--92990324	11	4.2	11	74	10	51	35	2	0	62	1.07
92992404--92992621	46	4.7	46	90	1	321	38	14	24	22	1.91
92992892--92992938	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
92993245--92993317	16	4.4	16	69	6	65	71	21	2	4	1.16
92993245--92993352	50	2.1	51	93	1	182	73	18	4	3	1.16
92993820--92993875	28	2.0	29	82	10	71	23	8	7	60	1.51
92994120--92994149	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
92998346--92998381	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93009705--93009812	26	4.2	25	94	4	180	33	5	24	37	1.79
93015452--93015560	26	4.2	26	92	1	175	33	5	23	36	1.78
93017103--93017145	21	2.1	20	87	12	61	18	11	20	48	1.79
93022218--93022257	19	2.0	20	90	4	64	45	7	0	47	1.31
93023741--93023794	26	2.1	26	96	0	99	29	7	5	57	1.49
93024546--93024778	128	1.8	128	86	0	340	30	17	17	35	1.92
93025291--93025352	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
93029249--93029297	14	3.4	14	81	10	55	36	4	0	59	1.17
93029257--93029303	10	4.9	10	75	19	55	38	2	0	59	1.09
93029257--93029305	13	3.6	14	83	10	50	36	4	0	59	1.17
93029395--93029514	3	39.7	3	81	5	125	33	7	0	58	1.32
93029454--93029519	23	2.9	22	78	17	64	34	13	1	50	1.51
93032904--93033018	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
93032904--93033018	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
93034627--93034736	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
93050329--93050488	19	8.9	19	85	13	223	36	13	11	38	1.81
93050329--93050488	68	2.2	72	89	8	247	36	13	11	38	1.81
93050890--93051598	207	3.4	207	93	0	1186	29	23	17	29	1.97
93051727--93052013	84	3.4	83	79	7	308	25	20	22	31	1.98
93052959--93053028	7	9.6	7	79	17	56	0	15	0	84	0.63
93052959--93053027	16	4.3	16	82	10	88	0	15	0	84	0.63
93052959--93053027	31	2.2	33	89	5	106	0	15	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93055570--93055594	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
93058386--93058450	29	2.3	27	82	12	69	60	3	4	32	1.33
93058768--93058858	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
93058768--93058858	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
93058782--93058837	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
93058975--93059015	22	1.9	21	85	5	55	9	2	14	73	1.19
93063562--93063717	20	8.1	20	85	7	178	38	27	20	13	1.90
93063583--93063715	20	6.9	20	87	8	186	39	27	18	13	1.89
93063583--93063715	39	3.5	39	91	2	207	39	27	18	13	1.89
93063990--93064043	27	2.0	28	85	7	76	31	18	20	29	1.96
93067608--93067637	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
93068269--93068401	54	2.4	54	81	11	144	31	24	16	27	1.96
93073860--93073889	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
93073867--93073916	22	2.3	20	86	10	64	68	2	0	30	1.01
93074124--93074156	17	2.0	17	88	5	50	36	0	3	60	1.12
93074094--93074156	16	3.8	17	72	16	51	39	1	1	57	1.18
93076725--93076771	23	2.0	23	100	0	94	44	0	29	25	1.54
93084734--93084764	6	5.2	6	92	0	53	54	12	0	32	1.38
93085605--93085756	43	3.6	43	78	6	150	33	21	23	21	1.97
93090851--93090945	21	4.7	20	71	19	65	54	2	6	36	1.38
93090889--93090929	22	1.9	21	85	5	55	56	2	7	34	1.40
93091714--93091743	15	2.1	15	93	6	53	56	0	43	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93092495--93092539	23	2.0	23	86	8	65	15	4	42	37	1.67
93093033--93093057	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
93093155--93093188	13	2.6	13	85	0	50	67	2	8	20	1.31
93093191--93093440	71	3.5	70	80	6	257	31	21	15	31	1.95
93093192--93093693	160	3.2	150	87	5	516	33	20	16	30	1.94
93093308--93093693	160	2.4	159	95	0	673	33	20	16	29	1.94
93093467--93093600	71	1.9	71	85	0	187	31	22	14	31	1.94
93105904--93106037	26	5.2	26	90	3	218	33	2	23	39	1.70
93109235--93109277	12	3.6	12	100	0	86	9	25	51	13	1.71
93114100--93114234	26	5.2	26	90	0	218	33	2	23	40	1.70
93117023--93117053	16	2.0	15	93	6	53	54	12	0	32	1.38
93117259--93117372	21	5.3	20	74	17	81	55	2	6	35	1.39
93117337--93117378	10	3.8	12	81	12	54	59	0	0	40	0.97
93117279--93117372	43	2.2	43	81	14	115	56	2	5	36	1.34
93118924--93118972	23	2.2	22	85	10	64	14	4	40	40	1.64
93121657--93121719	26	2.4	26	94	0	108	42	0	9	47	1.36
93123208--93123252	22	2.0	24	83	16	60	42	0	2	55	1.12
93126853--93126881	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
93127172--93127211	21	1.9	21	89	0	62	50	25	0	25	1.50
93127206--93127280	34	2.2	34	95	0	132	37	36	8	18	1.80
93134415--93134449	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
93138770--93138858	3	29.7	3	100	0	178	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93142285--93142350	31	2.1	31	88	5	98	39	9	12	39	1.74
93142468--93142498	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
93147719--93147743	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
93153873--93154002	42	3.1	42	86	7	183	43	14	22	19	1.87
93153983--93154025	21	2.0	21	86	8	61	48	16	16	18	1.81
93154072--93154118	24	2.0	24	95	0	85	19	25	10	44	1.82
93163740--93163777	16	2.4	16	83	12	51	31	0	2	65	1.06
93167107--93167184	38	2.1	38	83	9	97	42	1	2	53	1.22
93167107--93167191	39	2.2	37	81	12	91	42	1	2	54	1.21
93169922--93169954	16	2.1	16	88	11	50	60	12	6	21	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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