genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3632907--3632962	23	2.5	23	91	2	87	58	1	17	21	1.47
3639356--3639385	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
3640454--3640479	7	3.7	7	100	0	52	15	0	23	61	1.33
3646260--3646369	46	2.4	47	83	7	145	35	23	15	25	1.94
3656522--3656560	13	3.0	13	96	0	69	56	0	0	43	0.99
3656568--3656608	13	3.2	13	90	10	59	80	0	9	9	0.91
3663671--3663965	46	6.4	46	91	1	430	41	13	23	21	1.89
3663661--3664140	138	3.3	137	77	15	480	41	14	23	20	1.88
3663945--3663987	22	2.0	22	95	0	77	48	9	23	18	1.76
3663813--3664125	160	2.0	160	91	1	511	42	14	24	18	1.88
3663898--3664033	68	2.0	68	95	0	245	43	12	25	19	1.85
3663966--3664140	46	3.8	46	86	0	233	41	15	23	19	1.89
3663760--3664140	206	1.8	206	88	1	575	41	14	23	19	1.89
3663852--3664079	114	2.0	114	92	0	375	42	13	25	19	1.87
3667658--3667699	13	3.2	13	89	3	57	78	2	9	9	1.05
3668649--3668690	22	2.0	20	86	13	59	26	45	9	19	1.80
3671268--3671633	131	2.8	131	81	2	412	30	19	18	31	1.96
3673903--3673932	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
3674069--3674632	46	12.2	46	91	2	808	22	23	14	39	1.91
3675734--3675772	19	2.1	19	90	9	62	0	20	0	79	0.73
3676849--3676900	20	2.6	20	87	0	77	21	36	28	13	1.91
3678066--3678126	19	3.2	19	66	25	56	49	14	8	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3678419--3678482	18	3.6	18	81	8	76	32	14	14	39	1.85
3678861--3678912	20	2.7	19	83	13	70	36	11	5	46	1.64
3679361--3679410	19	2.9	18	82	14	61	58	4	0	38	1.17
3681728--3681811	38	2.2	38	83	6	100	19	16	36	27	1.93
3684068--3684106	6	6.5	6	87	0	51	33	20	25	20	1.97
3684516--3684563	4	12.0	4	95	0	87	25	2	25	47	1.62
3685300--3685353	20	2.8	19	81	18	58	55	0	3	40	1.17
3690942--3690984	17	2.5	17	76	0	50	37	13	11	37	1.82
3691869--3691910	16	2.6	17	85	11	61	42	9	4	42	1.58
3692657--3692685	15	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
3698442--3698478	17	2.1	19	85	10	51	2	45	0	51	1.15
3698442--3698479	19	2.1	19	85	5	51	2	44	0	52	1.14
3704677--3704710	15	2.1	16	89	10	52	50	0	0	50	1.00
3705253--3705288	15	2.5	15	90	4	56	58	0	0	41	0.98
3705268--3705306	20	2.0	20	90	5	62	53	2	0	43	1.14
3705372--3705420	23	2.2	22	86	13	66	71	2	0	26	0.97
3705385--3705420	11	3.2	11	84	7	54	75	0	0	25	0.81
3705385--3705420	12	3.1	12	84	8	56	75	0	0	25	0.81
3705385--3705432	23	2.1	22	88	3	69	72	2	0	25	0.95
3706831--3706873	23	1.9	23	85	4	61	48	6	2	41	1.43
3711700--3711732	11	2.8	12	86	13	50	48	36	0	15	1.45
3713234--3713266	14	2.4	14	94	0	57	45	0	9	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3713809--3713851	21	2.0	21	86	0	59	30	13	2	53	1.53
3714056--3714103	24	2.0	24	100	0	96	29	16	8	45	1.76
3715650--3715700	25	2.1	24	85	10	68	49	13	17	19	1.80
3718035--3718072	19	1.9	19	89	5	58	50	2	13	34	1.55
3718449--3718505	24	2.2	28	81	18	86	75	15	5	3	1.12
3718448--3718525	25	3.2	24	86	13	106	71	20	3	3	1.17
3720045--3720080	17	2.1	17	100	0	72	16	36	27	19	1.93
3721032--3721067	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
3729525--3729759	72	3.3	71	80	4	247	25	16	21	36	1.94
3729687--3730009	88	3.8	88	86	6	436	27	17	21	33	1.96
3729866--3730182	165	2.0	160	83	7	405	29	18	20	31	1.96
3729866--3730082	74	2.8	77	85	7	307	29	20	22	28	1.98
3730287--3730459	72	2.4	73	83	2	217	26	17	23	32	1.97
3730490--3730822	87	3.8	87	88	5	463	25	16	22	35	1.95
3730717--3730751	14	2.5	14	90	0	52	17	14	5	62	1.49
3730732--3730893	74	2.1	78	85	5	215	29	18	20	31	1.97
3729682--3731700	811	2.5	811	89	6	3022	27	17	21	33	1.95
3731406--3731914	153	3.2	152	81	9	440	30	17	20	31	1.96
3731100--3731786	74	9.0	77	76	9	572	28	17	21	31	1.96
3731387--3732162	228	3.2	228	81	10	818	29	16	19	34	1.94
3731766--3731792	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
3731767--3731800	14	2.4	14	90	0	50	20	17	5	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3731708--3731879	93	1.8	93	87	2	256	28	19	19	33	1.96
3731779--3732373	88	7.2	79	70	15	314	28	15	18	37	1.92
3731606--3732373	244	3.1	242	83	8	896	28	16	19	36	1.93
3732144--3732204	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
3731606--3732373	253	3.1	246	83	7	802	28	16	19	36	1.93
3733032--3733104	25	3.0	25	90	7	114	72	17	4	5	1.20
3734702--3734825	3	40.3	3	72	18	87	62	1	6	29	1.30
3739848--3739914	33	2.0	33	88	0	98	8	23	22	44	1.81
3745165--3745640	131	3.6	130	82	5	528	26	18	19	35	1.95
3747205--3747255	18	2.7	18	80	17	50	33	5	1	58	1.33
3749337--3749523	49	3.8	49	82	7	245	27	19	24	28	1.98
3749332--3749518	100	1.9	99	95	1	338	26	20	24	28	1.99
3761334--3761374	15	2.6	16	81	18	50	65	4	0	29	1.13
3765603--3765644	23	1.9	21	85	9	57	35	7	14	42	1.73
3766927--3766972	22	2.0	22	87	4	65	30	4	32	32	1.77
3766934--3766983	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
3767590--3767744	79	2.0	79	92	2	258	47	3	20	29	1.66
3767590--3767744	39	3.9	40	92	0	242	47	3	20	29	1.66
3775745--3775811	30	2.2	31	81	5	75	50	8	1	38	1.43
3780918--3780960	21	2.0	21	100	0	86	53	27	4	13	1.60
3784419--3784468	21	2.5	20	83	3	55	34	2	6	58	1.34
3794350--3794506	78	2.0	78	86	0	215	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3794649--3794716	34	2.0	34	100	0	136	29	17	23	29	1.97
3796278--3796472	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
3796505--3796538	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
3796509--3796548	17	2.3	18	83	12	57	45	5	2	47	1.38
3796628--3796762	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
3796504--3796722	120	1.8	119	88	6	336	39	3	6	50	1.46
3796730--3796771	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
3796721--3797018	154	1.9	156	95	2	546	47	5	3	44	1.41
3796871--3796905	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
3797138--3797176	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
3797151--3797207	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
3797485--3797525	19	2.2	20	91	8	68	26	7	14	51	1.69
3797602--3797673	36	2.0	36	86	10	103	40	4	1	54	1.28
3814234--3814273	21	1.9	21	84	0	53	72	2	2	22	1.09
3818767--3818825	29	2.0	30	83	3	75	28	5	15	50	1.65
3820258--3820284	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
3820328--3820994	221	3.0	221	99	0	1325	32	23	13	30	1.93
3824804--3824929	62	2.0	63	96	1	236	53	11	7	26	1.63
3847449--3847475	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
3847841--3847875	18	1.9	18	88	11	54	31	5	5	57	1.46
3848045--3848140	47	2.0	47	90	4	149	19	16	9	54	1.69
3848151--3848185	12	3.0	12	87	4	54	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3848179--3848216	15	2.5	15	83	8	51	47	0	7	44	1.32
3849576--3849636	31	2.0	31	83	0	77	39	6	11	42	1.67
3850214--3850245	12	2.7	12	100	0	64	53	0	0	46	1.00
3854412--3854437	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
3858928--3859481	113	4.9	113	92	1	892	25	20	26	26	1.99
3858928--3859481	227	2.4	228	91	2	889	25	20	26	26	1.99
3859381--3859539	73	2.2	73	89	0	237	25	21	24	28	1.99
3859893--3859936	17	2.7	17	89	6	65	29	0	27	43	1.55
3860217--3860254	14	2.7	15	84	12	53	26	0	28	44	1.54
3860284--3860332	14	3.4	14	81	13	64	24	2	40	32	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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