genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90665221--90665334	44	2.6	42	74	19	108	64	2	1	31	1.18
90666296--90666322	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
90668737--90668794	27	2.1	27	87	0	80	43	15	22	18	1.88
90668737--90668801	27	2.4	27	84	0	67	43	16	21	18	1.88
90675861--90675910	25	2.0	25	100	0	100	28	12	20	40	1.87
90679201--90679244	11	3.8	11	85	14	54	31	0	0	68	0.90
90679199--90679245	13	3.7	13	94	2	78	34	0	0	65	0.93
90679256--90679300	18	2.5	18	82	10	56	40	2	2	55	1.24
90679263--90679300	19	2.1	18	90	5	58	36	2	2	57	1.26
90679360--90679393	9	3.6	9	92	8	50	41	0	0	58	0.98
90679460--90679496	17	2.2	16	90	4	56	43	5	0	51	1.24
90679437--90679531	10	9.2	10	70	21	54	32	7	0	60	1.25
90691388--90691961	219	2.6	219	89	3	854	32	16	22	28	1.96
90691872--90692233	44	8.2	44	85	1	458	31	14	25	29	1.94
90691872--90692263	132	3.0	132	85	3	522	31	14	26	28	1.94
90693810--90693856	25	1.9	25	86	4	69	31	4	2	61	1.27
90693821--90693908	19	4.6	19	68	13	56	36	3	2	57	1.28
90694053--90694107	17	3.4	16	80	9	67	36	3	0	60	1.15
90697558--90697603	21	2.1	21	84	4	56	34	8	13	43	1.74
90701925--90702115	103	1.9	103	83	6	253	35	13	23	27	1.92
90705669--90705707	21	1.9	20	84	5	51	46	10	28	15	1.78
90705964--90706082	41	2.9	41	85	8	143	28	16	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90713989--90714018	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
90714286--90714547	139	1.9	139	92	1	445	33	20	6	38	1.79
90718629--90718681	28	2.0	26	85	7	70	30	15	7	47	1.73
90720301--90720380	31	2.5	32	89	2	117	47	16	3	32	1.64
90720630--90720677	22	2.2	22	100	0	96	37	16	25	20	1.93
90723815--90723839	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90726329--90726391	32	2.0	32	100	0	126	33	25	9	31	1.88
90734383--90734462	39	2.1	39	92	0	133	20	3	27	48	1.66
90746136--90746353	46	4.7	45	72	17	144	29	19	27	23	1.98
90746133--90746353	94	2.4	94	79	9	222	28	19	27	23	1.99
90747796--90747946	74	2.0	74	89	0	230	27	13	14	44	1.82
90748844--90749116	27	10.1	27	81	3	271	29	20	8	42	1.80
90749121--90749316	54	3.6	54	86	2	268	35	18	19	26	1.95
90749121--90749316	27	7.3	27	87	0	239	35	18	19	26	1.95
90749515--90749600	26	3.3	26	86	3	118	17	23	23	36	1.95
90749718--90749873	6	25.8	6	74	15	135	20	16	13	50	1.78
90749721--90749850	30	4.5	30	79	13	155	20	16	13	49	1.79
90753362--90753579	41	5.4	41	91	1	323	34	24	22	19	1.96
90753988--90754041	25	2.2	25	100	0	108	27	7	24	40	1.81
90754637--90754667	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
90765713--90765948	43	5.5	43	81	0	256	27	19	21	32	1.97
90765713--90765948	86	2.7	86	84	2	305	27	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90769137--90769263	46	2.7	46	82	11	152	27	17	29	25	1.97
90771851--90771898	25	2.0	24	84	12	62	8	10	4	77	1.12
90772749--90772817	24	2.8	23	84	8	75	31	18	24	24	1.98
90775720--90775789	22	3.2	22	72	0	59	38	8	18	34	1.81
90776668--90776719	22	2.3	23	93	3	88	30	1	15	51	1.54
90779017--90779076	22	2.7	22	87	5	77	36	8	18	36	1.81
90779913--90779939	11	2.5	11	100	0	54	29	0	14	55	1.40
90780716--90780771	25	2.2	25	100	0	112	30	35	0	33	1.58
90782642--90782666	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
90787067--90787131	28	2.3	28	83	0	85	32	27	7	32	1.85
90787237--90787299	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
90787249--90787310	28	2.2	28	82	2	70	27	25	16	30	1.96
90787762--90787800	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
90794885--90794949	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
90795055--90795117	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
90795065--90795128	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
90795581--90795619	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
90802394--90802426	17	1.9	17	93	0	57	36	0	3	60	1.12
90802741--90802823	3	28.3	3	73	16	59	27	3	2	66	1.21
90802750--90802823	22	3.3	22	74	12	62	28	4	1	66	1.18
90802741--90802800	19	3.2	19	81	11	63	25	0	3	71	1.01
90802965--90803029	27	2.4	27	80	14	64	26	4	3	66	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90803057--90803081	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
90815240--90815378	75	1.9	75	90	0	224	31	15	20	31	1.94
90815369--90815401	15	2.2	15	94	0	57	21	9	0	69	1.15
90815315--90815531	88	2.5	88	78	10	223	29	14	18	37	1.91
90820836--90820882	20	2.4	19	82	6	67	48	0	0	51	1.00
90822045--90822074	4	7.5	4	92	0	51	23	50	3	23	1.64
90823872--90823995	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
90823882--90823989	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
90828563--90828686	30	4.1	30	91	1	194	26	23	6	43	1.78
90834848--90834948	3	33.0	3	75	11	89	61	1	5	30	1.31
90834848--90834957	41	2.8	37	75	12	94	62	1	5	30	1.28
90838824--90839589	389	2.0	388	87	2	1110	37	16	14	31	1.88
90843932--90843978	11	4.3	11	73	10	51	44	6	0	48	1.28
90848676--90848748	32	2.3	31	83	2	83	54	13	2	28	1.53
90851166--90851240	31	2.3	32	88	4	107	60	21	6	12	1.55
90851936--90851964	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
90857017--90857113	9	11.0	9	72	6	65	35	1	16	47	1.54
90856992--90857113	43	2.8	42	75	10	113	35	0	16	47	1.52
90857399--90857423	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
90857399--90858161	104	7.7	105	80	11	871	57	3	5	34	1.38
90857598--90857649	11	4.3	13	80	20	60	67	1	0	30	1.02
90857667--90857815	43	3.3	43	68	14	129	59	3	5	31	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90857795--90857836	14	3.4	13	81	18	54	66	0	0	33	0.92
90857795--90857846	12	4.3	12	77	15	54	63	1	0	34	1.06
90857330--90858161	301	2.8	289	87	9	1151	56	3	5	34	1.39
90857862--90858004	43	3.3	43	71	13	150	58	4	5	32	1.41
90857861--90857999	38	3.4	37	68	25	111	56	4	5	33	1.42
90857820--90858161	85	3.6	86	76	20	294	56	3	5	34	1.40
90857984--90858025	14	3.4	13	81	18	54	69	0	0	30	0.89
90860568--90860606	20	2.0	20	89	0	60	58	10	10	20	1.59
90860632--90860670	21	1.9	21	89	5	62	25	25	46	2	1.66
90861037--90861081	19	2.3	19	84	3	63	20	2	4	73	1.11
90861133--90861169	13	2.7	14	87	8	58	54	5	0	40	1.24
90861305--90861391	7	12.4	7	72	9	54	40	40	3	16	1.65
90861308--90861347	13	2.9	14	85	7	64	47	37	0	15	1.45
90861395--90861449	23	2.4	23	78	3	67	43	29	3	23	1.71
90861588--90861667	7	11.3	7	78	6	54	41	37	1	20	1.60
90862022--90862053	16	2.0	16	93	0	55	40	40	0	18	1.51
90862063--90862103	21	1.9	22	90	5	66	41	31	0	26	1.56
90862070--90862121	14	3.7	14	79	7	52	46	28	0	25	1.53
90863577--90863656	31	2.5	32	90	6	119	48	16	2	32	1.59
90870609--90870671	32	2.0	32	96	0	117	34	25	9	30	1.88
90872887--90872956	22	3.2	22	82	9	81	2	20	5	71	1.19
90872893--90872963	23	3.1	23	82	9	83	2	18	8	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90878734--90878906	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
90878731--90878901	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
90879130--90879167	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
90886309--90886433	46	2.7	46	91	1	198	21	20	27	30	1.98
90886656--90886693	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
90888942--90889018	39	2.0	39	97	0	145	20	3	32	42	1.70
90891584--90891655	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
90891789--90891894	48	2.2	48	91	0	167	33	26	5	34	1.80
90898416--90898488	22	3.3	22	90	0	110	34	4	20	41	1.72
90898416--90898500	44	1.9	44	80	4	100	34	7	18	40	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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